FDA 专家会会前简报文件对基于 CRISPR 的镰状细胞基因疗法提出质疑
转自：药时代
美国FDA将于10月31日召集外部专家会，讨论Vertex和CRISPR公司是否做了足够的工作来充分测量其潜在镰状细胞基因疗法exa-cel的脱靶改变。
Exa-cel作为一次性输注剂，使用CRISPR基因编辑技术来修补镰状细胞病根源的遗传缺陷。根据10月27日发布的FDA简报文件，exa-cel的疗效对于FDA来说似乎不是问题，但FDA质疑Vertex是否为其脱靶编辑分析使用了适当的样本量。FDA正在寻求外部意见，以确定Vertex和CRISPR用于监测exa-cel长期安全性的方法是否足够，如果不足够，建议什么样的更改。
Exa-cel是利用荣获诺贝尔奖的CRISPR-Cas9技术为遗传性疾病提供功能性治疗的最先进成果。如果获得批准，这将是第一个进入市场的基于CRISPR的治疗方法。该治疗方法是通过编辑患者自身的血液干细胞来产生高水平的胎儿血红蛋白——健康的携氧形式的血红蛋白，在胎儿发育过程中产生，但通常在出生后不久就会停止。镰状细胞病患者胎儿血红蛋白水平较高与症状减轻和预后改善相关。
脱靶效应的发生是由于CRISPR的工作原理——它有一个RNA向导，针对基因组中由RNA的核苷酸串指定的位点，以及一种在该位点切割基因组的酶。但基因组中的多个位点可以具有相同的核苷酸串。因此，尽管Vertex的科学家设计了CRISPR来切割2号染色体上的特定序列，但如果相同或相似的序列出现在7号或13号染色体上，则也有可能损害这些区域。
RNA向导的设计可以最大限度地降低脱靶编辑的风险，但不能消除。因此，研究人员一直在开发方法来分析这些不需要的变化发生的频率。 这些工具大致分为三类。计算机方法，使用算法来扫描现有的DNA数据库，以找到看起来可能是罪魁祸首的相似序列。然后是生化和细胞分析，测量活细胞中实际发生编辑的情况。这些检测的运行成本可能非常昂贵，这就是为什么大多数研究人员首先使用算法来缩小实验审查范围并确定优先顺序的原因。由于这些方法本身都不完整，因此普遍认为需要将这些方法结合起来。
总而言之，这些方法应该可以很好地了解CRISPR对特定人的基因组进行无意改变的可能性有多大。但这些方法的预测能力取决于目标人群（在本例中为患有镰状细胞病的美国人）在定义脱靶搜索空间的DNA数据库中的代表性程度。FDA对Vertex的方法是否足够广泛以准确估计目标人群中患者的风险存在疑问。
FDA指出，“目前尚不清楚用于脱靶评估的有限SCD供体细胞是否能够充分告知exa-cel的潜在安全性风险。”FDA还指出，Vertex和CRISPR使用了1000基因组计划数据库，其全基因组测序（WGS）数据涉及2504个人，但在美国仅收集了61个WGS数据集，并且所有数据集都来自位于美国西南部的个体。
FDA表示，“数据中的小目标样本量（61个WGS数据集）可能不足以进行安全性评估，因为其可能无法充分捕获美国各地这一人群的变异。”
FDA还质疑Vertex和CRISPR是否收集了关于非裔美国人（主要受镰状细胞病影响的人群）脱靶效应的足够数据。根据FDA，镰状细胞病是非裔美国人中最常见的遗传性疾病，影响五分之一的人口，估计患者群体有10万人。
简报文件补充指出，“鉴于美国有大量患者是该药的预期目标人群，目前尚不清楚1000基因组计划参考数据库中捕获的有限数量个体的测序信息是否足以捕获可能导致脱靶的变异。”
Vertex和CRISPR镰状细胞病基因疗法的PDUFA目标日期为12月8日，bluebirdbio和EditasMedicine的疗法紧随其后。Bluebird是唯一一家也向FDA提交镰状细胞基因治疗申请的公司。Bluebird的lovotibeglogeneautotemcel（lovo-cel）的PDUFA日期为12月20日，在临床试验中，29名患者中有28名达到了主要终点。
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