清初恢复农业生产的举措：兴修水利
在着力调整土地关系和整顿赋役制度的同时，清初统治者为了巩固统治秩序、恢复农业生产，还采取了其他一些相关举措，其中以康熙年间兴修水利和指导农业生产的成效最为显著。
兴修水利，治理河道
水利是农业的命脉，直接关系着农业生产的发展水平，清初最重要的水利工程莫过于治理黄、淮河道。黄河自明万历年间整治以后，因长期战乱失修，导致黄、淮合流，河道堵塞不畅，下游频频决口，不断地造成洪涝灾害，既影响农业生产的发展，又影响漕运的畅通。为了加强对河道的治理，清朝自顺治元年起即沿袭明制，设立河道总督掌治河渠。康熙帝亲政以后更将河务与三藩、漕运列为亟待解决的“三大事”，并“夙夜廑念，曾书而悬之宫中柱上”，可见他对于河务的重视。康熙十六年（1677年），平定三藩的战争还未结束，康熙帝就任命靳辅为河道总督，展开了大规模的治河工程。靳辅和他的得力幕僚陈潢不辞辛苦，用开引河和筑减水坝的办法减杀水势，仅仅五六年的功夫就成功堵塞了下游大小决口，修治了河、运堤防，使黄、淮重归故道，大片被淹没的土地重新涸出。此后，靳辅又命人在上游两岸筑堤束水，防水冲刷；还在黄河北岸张庄运口到清河仲家庄之间开挖中河一道，使漕船出清口仅二十里就能驶入中河，无须再借黄运行，避免了黄河“一百八十里波涛之险”。靳辅之后，王新命、于成龙等人相继担任河督，他们遵循靳辅的治河方针，进一步巩固了河防和漕粮运道，使黄河在数十年间没有发生大的决口。
康熙年间还对京畿浑河进行了修治。浑河从山西北部黄土高原携带大量泥沙而下，不时与畿南诸水合流，泛滥成灾，素有“小黄河”之称。康熙帝把治理浑河视作治黄以外的另一大工程，曾多次亲往督修。康熙三十七年（1698年），从良乡张家庄到东安郎神河之间长达二百余里的新河道竣工，两岸束以长堤，浑河自此得以安定，易名“永定河”。
除此以外，顺、康年间清政府还组织了疏浚苏松河道、开直隶水利营田以及开凿宁夏水渠等大型水利工程。这些水利工程不但有效地减轻了水患，同时使大量农田得到灌溉，促进了农业生产的发展。
指导农业生产
清代初期，统治者积极筹划发展农业生产的具体措施，从皇帝到地方官员都对指导农业生产做过一些具体切实的工作。康熙帝曾亲自在宫中和西郊种植水稻、改良品种，后来发展成著名的京西稻，他还批准地方官员在天津等地试种双季稻。雍正帝即位后进一步设置官居，在直隶各地兴办营田水利，推广种稻。这些措施对水稻栽培向北方扩展起到了重要的推动作用。此外，清初南方一些地区推广双季稻种植、引进北方旱地杂粮作物，南北各地推广番薯等高产粮食作物，以及山东、陕西、福建、贵州等地发展种桑养蚕的做法，也都与皇帝和地方官员的提倡密不可分。雍正年间，清廷还制定了“举老农”等奖农、劝农的政策措施，试图通过奖励榜样的办法推动农民勤于农事。这些举措对于农业的恢复都具有积极作用。
在清政府的政策支持和广大农民的辛勤劳作下，历经顺、康、雍三朝近百年的努力，全国的农业生产情况得到了很大程度的恢复和发展，具体表现在以下三个方面：
一是全国的耕地面积和人口迅速增长。据《清实录》等史籍记载，顺治末（1661年）全国耕地总面积为五亿二千万亩，而经过数十年间农业的恢复和发展，到康熙二十四年（1685年）增至五亿九千万亩。康熙后期，耕地面积急剧上升，康熙五十五年（1716年）超过七亿亩，康熙六十一年（1722年）突破八亿亩，而到了雍正初年（1724年）更已增至八亿九千万亩。随着耕地面积的扩大，清初的人口数也不断增长。有学者推算，康熙年间全国人口数迅速增长，至康熙四十七年（1708年）人口已经超过一亿。清初耕地面积和人口的迅速增长，是当时社会生产力发展的主要标志。
二是粮食产量普遍增长。由于清初重视兴修水利工程并采取精耕细作的生产方式，使粮食作物的单位面积产量有了明显提高。南方的水稻产地，一般亩产二三石，多者达到亩产五六石甚至七八石。在南方，江南地区试种双季稻以后，亩产提高几乎一倍；而在北方，随着康熙年间种稻技术的推广，水稻产量也不断提高。此外，甘薯和玉米等高产作物在清初得到普遍种植，成为我国广大劳动人民的主要食粮，对于提高粮食产量同样具有积极作用。
三是经济作物的种植更加广泛。清代初期种植的经济作物主要是棉花、烟草、茶树和甘蔗。康熙年间，棉花种植遍及全国各地，长江三角洲地区、钱塘江沿岸地区，以及北方的河南、直隶等地成为重要产棉区；烟草的栽培最初在福建一省，此后不断扩展至广西、陕西、湖南和湖北等地；清初茶树种植也更加广泛，据史料记载，广东珠江以南的村庄“多产艺茶”，安徽霍山县城周围百里以内的山区农民，大都以种茶为生；甘蔗的种植主要集中在广东地区，其中番禺、东莞、增城、阳春等县蔗田与禾田几乎相等，可见甘蔗的种植面积之广。清初经济作物的广泛种植，在一定程度上提高了广大劳动者的物质生活水平。
康熙视察永定河碑——此碑矗立在卢沟桥西桥头，刻有康熙四十年（1701年）十一月御笔《察永定河诗》左普摄影
作者：李起