AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
人类现在已知组成蛋白质的氨基酸有20余种,如果它们可以以任意顺序和长度链接、并折叠形成不同的蛋白质,那么理论上可能存在的蛋白质数量会达到约101300,比整个宇宙中的原子数量还要多很多倍,功能更是因此丰富而复杂。换言之,理想的情况下,如果我们可以测清氨基酸在组成蛋白质时折叠构成的三维结构,就可以了解清楚蛋白质...
上海交大周冰心博士:锚定稀缺生物数据挑战,图神经网络重塑蛋白质...
第二个工作,如下图所示,在不严格限制氨基酸骨架结构的情况下,根据二级结构自主决定氨基酸的填充数量及位置。相比较基于骨架的生成方式,这种更加粗粒度的生成条件能够为生成序列引入序列多样性,也能满足改造和全新设计蛋白质的具体需求(如对于跨膜蛋白质而言,仅约束跨膜部分为helix结构,但不严格限制这部分的长度和具体...
计算蛋白质工程最新SOTA方法,牛津团队用密码子训练大语言模型
研究人员建议使用cDNA而不是简单的氨基酸序列来训练蛋白质语言模型,这为改进计算蛋白质工程提供了一条明确的途径。密码子语言模型还可以为无需比对的蛋白质结构预测,提供有价值的进化信号,特别是在依赖语言模型来预测蛋白质各部分之间关系的ESMfold和OmegaFold等方法中。基于cDNA的模型可以恢复更广泛的进化...
万字长文:人工智能终结了蛋白质研究吗?| 追问观察
基于这一发现,Anfinsen提出了一个假设:应该有一种方法可以根据氨基酸序列预测蛋白质的结构——这就是后来广为人知的蛋白质折叠问题。一旦多肽链组装完成,它们就能在千分之一秒内折叠成正确的结构,速度之快令分子生物学家CyrusLevinthal咋舌。在1969年发表的论文《如何优雅地折叠》(HowtoFoldGraciously)中,Levintha...
井喷!浙大四项重磅科研成果发表,发现全新长寿基因,抗衰老能力显著
已有研究表明,自然生命体的翻译系统通过识别通用的64个三联遗传“密码子”,按照基因编码的信息,将20种天然氨基酸聚合成蛋白质,进而不断演化成为复杂的生命体。自从发现了生命体的翻译规律,科学家们就一直在探索,能否通过改写遗传密码表,从而使得生命体能够编码20种氨基酸以外的非天然氨基酸?
周耀旗:AlphaFold 3的优势和短板在哪里?
从化学组成来讲,蛋白质是一个非常简单的线性高分子,由20个氨基酸排列组合而成,不同氨基酸排列就构成了不同功能的蛋白质(www.e993.com)2024年9月27日。这跟我们的英语单词很相似,每个字是20个字母所组成,不同数量字母的组合,形成不同意义的单词。跟英语单词不一样的地方是,蛋白质之所以能够具有各种各样的功能,是因为多数蛋白质能够自己折叠成...
最高人民法院知识产权法庭裁判要旨摘要(2023)
11.特定氨基酸序列限定的蛋白质发明专利权利要求能否得到说明书支持的判断案号(2021)最高法知行终448号裁判要旨对于限定特定氨基酸序列的蛋白质发明专利的权利要求,如果说明书中的实施方式系以经过糖基化修饰的蛋白质完成,对在此情况下取得的实验数据能否支持权利要求限定的氨基酸序列的蛋白质的审查,需结合蛋...
听课笔记 | 2023李曼大会分会3-饲料管理论坛
低蛋白日粮技术:日粮粗蛋白质水平按畜禽营养需要推荐标准降低2%~4%,适当添加氨基酸达到理想氨基酸平衡,从而提高蛋白质利用率。如果畜禽日粮粗蛋白水平降低2%,整个日粮折算豆粕约为5%,即每吨日粮少加50kg豆粕。每年中国生产3亿吨商品饲料,如果都采用低蛋白日粮,我国每年会少进口1500万吨豆粕,约占从美国进口大豆的...
蛋白质氨基酸组成测定
这个百分比,有时被称为摩尔百分比,是用22种标准氨基酸中的每一种氨基酸数除以蛋白质链或蛋白质分子中氨基酸的总数来计算的。蛋白质氨基酸组成分析氨基酸的组成是多肽和蛋白质的特征之一。氨基酸组成分析是一种经典的蛋白质分析技术,可用于评估蛋白质水平、鉴定蛋白质,以及作为肽质量指纹图谱或串联质谱测序的补充方法...
乔治·丘奇实验室再拆新公司获拜耳投资,利用非天然氨基酸优化蛋白...
虽然目前有先进的计算技术辅助推进蛋白质药物的设计和开发,但即使是最先进的技术,也受限于构成大部分蛋白质的20种标准氨基酸。几十年里,科学家们为了在蛋白质中加入非天然氨基酸进行了各种尝试,基因密码子拓展技术就是其中一种探索,通过定点插入非天然氨基酸,可以拓展药物设计空间,可以突破传统大分子药物研发的现有模...