2区-贵州中医药: 基于蛋白质组学和生信探究土茯苓治疗高血压的...

6.差异表达基因的GO和KEGG通路富集分析我们对DEPs进行了GO和KEGG富集分析。DEPs的GO注释由三个部分组成,即BP(生物过程)、MF(分子功能)和CC(细胞成分),用于分析DEPs的功能富集。BP术语显示,DEP在“小分子分解代谢过程”、“有机酸分解代谢过程和”羧酸分解代谢过程“中富集(图6A)。MF术语显示DEP富含“单加氧酶活...

会卷不如会选,肿瘤科研这么做轻松「躺赢」

最出名的就是GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库,这是目前全世界范围内最大的免费公共数据库,存储了大量的高通量基因表达数据。还有像TCGA、EMBL-EBI、NGDC等数据库,也储存了十分可观的基因组数据。数据分析流程:5大模块,看下图肿瘤科做预后研究有着天然的优势,从疾病角度看,无论什么肿瘤的预后都是全...

基因家族纯生信分析依然可以发表6分+

今天小编为大家带来一篇基因家族的单肿瘤纯生信分析文章,文章发表在Front.Oncol.上,没有补充实验验证。题目为SKA1/2/3isabiomarkerofpoorprognosisinhumanhepatocellularcarcinoma。数据介绍来自TCGA和GEO的公共数据。研究设计来自TCGA的公共数据。结果解析01SKA1-3的差异表达相邻正常组织和...

生信小白如何“白嫖”高大上的单细胞分析

第二个框是数据预处理,主要用于细胞质控,批次去除。可以默认参数,也可以根据意见调整。第三个框就是开始分群鉴定,主要细胞群图分析,寻找每个cluster的Marker基因以及细胞群重命名。最后的两个框就是根据重命名后的细胞群进行各种分析啦,比如看不同分组的细胞比例差异、某个基因在不同细胞群的表达(x基因在T细胞,B细...

m6A整合生信分析可发NAR Cancer!

数据介绍本研究共用了四个大型PCa队列,括两个TCGA队列和GEO验证群组。为了研究免疫治疗反应,本研究使用了四个队列,包括CRPC和三个黑色素瘤队列。分析流程结果解析01m6A调节因子的基因组变化对PCa的分类不清楚本研究共调查了目前已知的24个m6A调节器(9个写入器,2个擦除器和13个读取器),对24个基因的功...

GEO芯片数据下载分析全攻略需要的赶紧过来!

GEO作为生信数据挖掘最常用的公共数据库之一,储存了海量的芯片和二代测序数据,它就像一座宝藏,等待我们去发掘它们的价值,让它们发出光芒(www.e993.com)2024年11月23日。而要挖掘GEO的数据,首先就要下载到样本信息(肿瘤&正常组织)、基因表达信息和临床信息等。至于如何下载这些数据并将其为已所用,本节课程《芯片数据来源与下载》将把GEO芯片数据...

数据不够?生信分析帮你凑!学会深度挖掘快速发文章

学习哪种生信分析的工具?众所周知,R语言作为统计计算和统计制图的优秀工具,是生信分析处理里的科研全能王。1.生而为统计它可以提供一些集成的统计工具,但更多提供的是各种数学计算、统计计算的函数,从而使使用者能灵活机动的进行数据分析,甚至创造出符合需要的新的统计计算方法。

生信期刊推荐合集 5:Molecular Cancer

发表的生信文章01Correctionto:ciRS-7isaprognosticbiomarkerandpotentialgenetherapytargetforrenalcellcarcinoma更正:ciRS-7是肾细胞癌的预后生物标志物和潜在基因治疗靶点发表日期：05November2021为了鉴定参与RCC进展和转移的circRNAs，我们从GEO数据库中下载了三个GSE数据集(GSE100186、GSE...

生信科研小白想发文?一文get 6.852分“肿瘤预后”研究套路!_腾讯...

研究思路大致为:单样本基因集富集分析(SsGSEA)→缺氧相关基因预后signature筛选→预后模型构建与验证→HRS与临床病理特征分析→结合临床病理特征构建决策树及诺模图文章的数据是从GEO数据库获取1072名符合早期(I-II期)标准的LUAD患者的RNA-Seq数据和临床信息,将数据集分为训练集和验证集;...

“0代码”玩转TCGA,GEO数据库

首先选择GEO分析模块,选择数据集筛选,搜索框中直接输入心血管方向的“高血压”。右边可以选择是匹配标题还是摘要还是实验设计类型,此处我们选择标题。临床生信之家官网点击检索后,就出来匹配到的数据集,根据匹配程度排序,没接触过geo数据库的同学可能有点懵,这里稍微解释下,1.数据集:在Geo数据库中代表一个实验项目...