细菌基因组框架图+比较基因组学分析助力细菌耐药和毒力研究

图1:MLST进化树基因家族分析为了进一步研究H.pylori的遗传多样性与临床结果的关系,故进行了基因家族分析。此次分析使用了112株H.pylori分离株+10株NCBI上的参考基因组,进而确定哪些基因是核心基因,哪些基因可归类为临床结果相关基因。结果发现这些群体总共由2866个基因组成,其中有1146个基因家族(1839个基因)属于核心基...

“分子化石”追溯地球之花“家谱”,18亿遗传密码重建开花植物进化树

开花植物的种系进化树,就像人类家谱一样,能使人们了解不同物种之间的关系。通过比较不同物种之间的DNA序列来发现进化树,以识别随着时间推移而积累的变化(突变),就像考证“分子化石”记录。随着DNA测序技术进步,人们对进化树的了解也在迅速提高。在这项研究中,团队开发了新的基因组技术,可从每个样本中获得数百个基...

一文读懂进化树

2、进化树着色,按照iTOL的要求,填写一个颜色配置文件,填写方法如该链接的说明httpsitol.embl.de/help/colors_styles_template.txt,给末端分枝着色的配置文件填写如下图,[2,branch,#984EA3,normal,1]中2为样本ID,branch表示给树枝上色,#984EA3为16进制颜色代码,normal表示线条的样式为正常的实线,1表示枝条的...

颠覆“出非洲说”的DNA进化树——古人类化石DNA来作证

出非洲说的DNA进化树是有前提条件的,首先它是依赖于"分子钟假说"和"中性理论"建立的,其次是根据当代人的DNA基因序列分布情况,依据一定的假设前提建立的DNA进化树。所以出非洲说的DNA进化树正确与否,首先它的假设条件"分子钟假说"和"中性理论"必须是正确的;其次把这个DNA进化树应用于古人类的DNA去检验,看看古人类...

群体遗传进化专题之进化树

构建进化树可以是蛋白序列也可以是核酸序列,用类似树状分支的图表示各种(类)物种之间亲缘关系,并推测物种的进化历史。构树三种方法:1.邻接(邻位)法(NJ,Neighbor-joining):适用于大样本量,快速构建进化树。代表软件MEGA。2.极大似然法(ML,Maximumlikelihood):代表软件RAxml,RAxml可间接利用测序数据得到的vcf...

猴痘病毒基因测序最新进展:指向同一源头,病毒突变数超预期

图一:葡萄牙约翰.保罗.戈麦斯团队绘制的猴痘病毒基因进化树团队表示,通过对样本基因组序列在病毒基因进化树上的定位,可以确认,本轮暴发的猴痘病毒属于较温和的西非分支,与2018年和2019年从尼日利亚向多个国家(英国、以色列和新加坡)输出的猴痘病毒关系最为密切(www.e993.com)2024年11月23日。然而,值得担忧的是,此次暴发的猴痘病毒基因组与2018-2019...

猴痘病毒最新基因测序:温和西非株系,与三年前英国毒株相近

随后，研究者在OxfordNanopore的minION平台上使用非靶向宏基因组学方法获得猴痘病毒全基因组序列数据，重构了98.9%的基因组，平均测序深度为18.9倍。图二：比利时团队公布的猴痘病毒基因进化树研究者称，通过对新测序基因组与此前公开基因组的蛋白质编码区的核心区域进行快速比对，他们发现，比利时猴痘病毒基因组（...

基因测序证实猴痘已大规模社区传播,多国卫生官员为6月拉响警报

荷兰的研究团队在此前一天,公布了首份荷兰猴痘病毒样本基因组序列报告,团队使用了Nanopore基因测序平台,测序深度为10倍。研究者在报告中称,病毒在进化树上与此前葡萄牙团队公布的基因组样本极为相似,与关系最为密切的一份葡萄牙样本相比,只出现了2个单核苷酸多样性位点(SNPs)。

细菌基因组基本概念(一)

系统发育树(Phylogenetictrees)。由于无性繁殖(Asexualreproduction),水平基因转移(HGT)的频繁发生,物种的传统概念并不能很好地适用于微生物(Notreadilyapplicabletomicrobes)。系统发育树/系统发生树/进化树能最好地反映生物的进化相关性(Evolutionaryrelatedness)。

猴痘病毒最新基因测序结果公布,近似于英国三年前毒株

图4猴痘病毒基因进化树(图源:Virological)3美国公布第3份猴痘病毒基因组测序报告(MA001)当地时间5月20日,美国的研究团队公布了5月18日在美国马塞诸塞州确诊的猴痘患者所携带病毒的基因测序结果,初步显示同属于温和的西非株系。该项数据结果暂未公开发表,目前仅公布于国家医学医学图书馆的数据库中[3]。