iMeta | 高颜值高被引绘图网站ImageGP 2.0在线发表

除了数据转换功能外,该版本还引入了10种新的生物信息学分析工具,包括WGCNA、limma差异表达分析、多序列比对、FATSA序列反向互补、RNA翻译、基序(motif)搜索、FASTA提取、区域的点检测、GXF(GTF,GFF)到BED的转换以及从GXF文件中提取CDS/蛋白质序列。此外,还整合了三个交互式绘图工具(交互式环形进化树、交互式水...

浅谈CsLAZY1介导,了解茶树的地上部向,以及重力和分枝角

很明显,CsLAZY1与其他木本植物的LAZY1基因具有更高的序列相似性,表明CsLAZY1在木本植物的进化过程中更具有更高的保守性。为了进一步了解它们的序列同源性和潜在的生物学功能,我们分析了包含来自32种植物的所有LAZY基因家族成员的进化树。包括水稻,拟南芥,茄子,毛白杨,葡萄,李子,中华猕猴桃和山茶花。完整的LAZY基因...

用一颗1000年前的古老种子,培育出“神秘树”?

这颗古老种子培育出的神秘树，就像一把打开古代植物基因大门的钥匙。科学家通过深入研究这棵神秘树，能够直接获取千年前植物基因的详细情况，包括基因结构（从编码区到非编码区）、组成成分（碱基排列顺序、基因家族构成等），从而填补植物进化历史中的基因信息空白。在探究植物从古代到现代的基因演变时，古老基因就像神奇...

PCR技术:科研与应用领域的坚实伙伴

这一过程为后续的基因测序、基因结构分析等工作奠定了坚实基础,让我们能够深入探究基因的奥秘,如基因的表达调控机制、基因突变位点的确定等。(二)物种进化研究的得力助手PCR在物种进化研究方面也贡献卓越。通过对不同物种间同源基因的扩增和对比分析,研究人员可以清晰地构建物种进化树,揭示物种间的亲缘关系。从远古微...

秘籍|整合公共数据,深入挖掘关键基因家族功能信息

目前已经有参考基因组的硅藻有4种(包括P.tricornutum),在其他三种硅藻中同样比对到RGQ1的同源基因,并对这些基因构建了进化树分析。通过序列同源性分析发现,该家族蛋白都有保守的RING和GAF结构域。我们还对其他20种硅藻依据转录组数据拼接的基因组进行了RGQ1的同源序列比对,发现了48个RGQ-like蛋白。这些结果说明在...

斜纹夜蛾基因组研究揭示其食性和耐药性机制

利用各自基因家族含有的特异性motif序列或者特异的氨基酸序列进行HMMER,Genewise进行BLASTN(BLASTP)比对筛选,结合GenBank等数据库注释(www.e993.com)2024年11月24日。具体方法见原文。2.4CYP、COE、GST、APN和ABC系统发育分析鳞翅目基因组中每个基因家族的氨基酸序列进行Mafft(version7)比对,保守的区域留下进行下一步进化树构建,软件为MEGA(vers...

iMeta|兰州大学张东青年研究员:使用PhyloSuite进行分子系统发育及...

PhyloSuite分子系统发育树分析教程全文解读引言分子系统发生学旨在利用遗传标记(例如核苷酸和氨基酸序列)重建生物的进化史,被广泛应用于生命科学的各个领域。组学时代的到来推进了分子系统发生学在系统分类、种群遗传、分子定年以及物种适应性进化研究等方面的应用。例如,多基因联合系统发育分析(联合多个基因推导系统发育树...

iMeta|兰州大学张东青年研究员:使用PhyloSuite进行分子系统发育及...

PhyloSuite分子系统发育树分析教程全文解读引言分子系统发生学旨在利用遗传标记(例如核苷酸和氨基酸序列)重建生物的进化史,被广泛应用于生命科学的各个领域。组学时代的到来推进了分子系统发生学在系统分类、种群遗传、分子定年以及物种适应性进化研究等方面的应用。例如,多基因联合系统发育分析(联合多个基因推导系统发育树...

iMeta | 高被引分子系统发育树分析教程PhyloSuite

多基因联合系统发育分析主要包括以下步骤:序列下载及筛选、序列提取、序列比对、序列修剪(可选)、基因串联、最优分区策略和进化模型的选择、系统发育树重建及美化等。除了步骤较多外,每个步骤还有多种软件可以选择。例如,MAFFT、MUSCLE、PRANK等均可用于序列比对,IQ-TREE、RAxML、MrBayes等软件均可用于系统发育树推导。

【科技前沿】PNAS | 贾大/苏昭铭团队揭示高等生物中RAB7 GTPase...

复杂的基因结构是单细胞生物和后生动物最显著的差异之一,更多的基因数量和基因调控机制使得后生动物进化出了更复杂的神经系统、适应性更强的躯体、更强大的消化器官和更有竞争力的繁殖能力。RMC1是一个特异存在于后生动物中的保守蛋白。在细胞中敲除RMC1会造成严重的溶酶体功能损伤1:如细胞自噬障碍,胆固醇转运失常...