...| 周永锋团队系统研究葡萄无核性状的多基因遗传基础,并构建其...

该研究利用比较基因组学、群体遗传学、数量遗传学和整合基因组学等方法探索了无核葡萄重要的结构变异、进化起源和多基因遗传基础,并构建了一套基于机器学习的无核性状全基因组选择育种体系,有效提高选育效率、降低育种成本、缩短育种年限,为无核葡萄育种开辟了捷径。图形摘要:整合基因组学揭示葡萄无核性状的多基因基础...

我国科学家构建目前最大活跃DNA转座子数据集

据了解，DNA转座子也称跳跃基因，可被用作基因工程工具。DNA转座子约占人类基因组的2%，是一种天然的可以自主移动的DNA序列，可以演化为功能性基因或调控元件。130个新型DNA转座子和20个已知活跃DNA转座子的进化树。图据中国科学院DNA转座子跳跃是物种进化的重要动力，有助于宿主适应恶劣环境。然而，在长期演化...

“分子化石”追溯地球之花“家谱”,18亿遗传密码重建开花植物进化树

开放共享进化树“果实”构建开花植物进化树对生物多样性研究具有重要意义。就像人们可根据元素在元素周期表中的位置来预测其属性一样，物种在进化树中的位置也可让人们预测其属性。因此，进化树包含的新数据有助促进许多科学领域的发展。此次研究利用到的数据中，有1900多个物种是此前公开的，这正是开放科学方法对基因...

迄今最大规模!科学家成功构建→

近日,中国科学院动物研究所张勇和王皓毅研究组开展了迄今为止最大规模的DNA转座子活性筛选,构建了目前最大的活跃DNA转座子数据集,极大扩展了基于DNA转座子的基因工程工具箱。相关研究成果5日在线发表于《细胞》杂志。130个新型DNA转座子和20个已知活跃DNA转座子的进化树。图片来源:中国科学院动物研究所DNA转座子...

18亿遗传密码重建开花植物进化树

构建开花植物进化树对生物多样性研究具有重要意义。就像人们可根据元素在元素周期表中的位置来预测其属性一样,物种在进化树中的位置也可让人们预测其属性。因此,进化树包含的新数据有助促进许多科学领域的发展。此次研究利用到的数据中,有1900多个物种是此前公开的,这正是开放科学方法对基因组研究的价值。

植物基因组只做组装和注释发不了好文章

比较基因组分析是基因组研究的重要组成部分,在完成组装和注释后,通过全基因组比对、基因家族聚类、系统进化树构建等方法,可以挖掘物种特有基因,探究特有基因与特殊生物学性状的关系(www.e993.com)2024年11月23日。同时还能够推断物种进化地位,追溯物种乃至整个分支的基因组进化历史等。比较基因组分析既可以为后续研究奠定坚实的基础,同时也是物种基因...

分子生物学既能重构物种的演化规律,还能洞察人类的生老病死

我们可以推算出来,在群体比较大的情况下祖先有多大性能,它有可能是随机的分选到后续产生的物种里面,由于遗传漂变,使得有些物种丢失,有些物种保留下来,最后基因型所构建出来进化树,实际上跟物种树可能是不一样的。当然还有一些复杂的现象,物种形成之后,它可能会跟另外物种存在杂交的现象,比如说我们熟知的现代人类,跟...

描述进化树的若干基本概念

通过Bootstrap检验,可产生Bootstrap值/自举值/支持值/自展值/自助值,来评估进化树分枝(二分叉)的可信度。该值>70%(有时写为70,即百分数)时可靠,否则其拓扑结构可能有误或不可靠。检验的原理是:根据数据情况选择合适的构树方法和模型后,将序列位点重排,并用完全相同的方法构树;使模型重复计算若干次(e.g.100...

群体遗传进化专题之进化树

构建进化树可以是蛋白序列也可以是核酸序列,用类似树状分支的图表示各种(类)物种之间亲缘关系,并推测物种的进化历史。构树三种方法:1.邻接(邻位)法(NJ,Neighbor-joining):适用于大样本量,快速构建进化树。代表软件MEGA。2.极大似然法(ML,Maximumlikelihood):代表软件RAxml,RAxml可间接利用测序数据得到的vcf...

科学家发现人类最古老基因数据

Cappellini和同事在预印本中写到,根据这些古老遗骸的基因数据构建进化树,“可以被认为是古人类学的一个潜在变革性突破”。他们补充道,古老的蛋白质研究可以提高人们对非洲南方古猿等物种在人类家谱中位置的理解。其他科学家表示,古老蛋白质是否有助于对古人类进化的图景达成共识,目前尚无定论。如今古人类进化的图景主...