祖先序列重构拓展三萜2"-O-糖基化酶底物谱| 清华大学李春联合北...
具体而言,RTAS突变体与底物形成了更多的氢键和疏水相互作用(图5a);在UGT91H8_6mu的模拟体系中,S212与二糖上的鼠李糖单元形成稳定的氢键,而野生型酶无法形成这一关键相互作用(图5b);RTAS突变体与底物17和UDP-鼠李糖的结合能显著低于野生型酶(图5c)。InthecomplexofUGT91H8_6mu,nineresidu...
中国科大解析Lon蛋白酶的完整三维结构并揭示其底物识别与转移的...
AAA+蛋白酶与底物结合的核苷酸结合状态比较顶部视图显示了核苷酸和底物的结合状态。与底物结合的原体呈不同深浅的绿色。然而到目前为止,Lon六聚体的现有报道的所有结构中没有包含N端区域,Lon如何选择蛋白质靶标作为底物、控制底物进入AAA+结构域、并介导底物去折叠的机制尚不清楚。10月15日,合作团队在期刊Sciences...
中国农业科学院毕金峰研究员等:桃酶促褐变机理与调控技术研究进展
PPO分子主要由铜离子辅酶区与主酶区构成,其中铜离子辅酶区为主要活性功能区域。活性区域中有2个铜离子活性位点CuA区域和CuB区域,其中CuA区域含3个保守组氨酸残基和1个半胱氨酸残基,CuB区域含3个或4个保守组氨酸残基。根据其催化反应类型的不同,可以将PPO分为单酚氧化酶、双酚氧化酶与漆酶。桃果实中的PPO会随着桃...
结构微调,让古老酶种也能“吃”塑料
郭瑞庭介绍:“通过比对IsPETase与角质酶的蛋白质结构,我们发现角质酶的底物结合区较为狭窄,比较适合作用于形状细长的角质,而不利于作用在构造较为宽大的PET上。”“制造”高效降解塑料的酶为寻找更多具有降解PET活性的酶,团队发现,IsPETase底物结合区的组成与角质酶是一样的,但IsPETase底物结合区的W185(色氨酸)可...
《自然》深度:细胞外靶向蛋白降解如何为新药研发开辟新途径
在这些抗体中,一个臂结合到E3连接酶的细胞外结构域,而另一个臂结合到跨膜POI的细胞外结构域。这些构建物被称为基于抗体的蛋白降解靶向嵌合体(AbTACs)、蛋白降解靶向抗体(PROTABs)或通过E3泛素连接酶招募的受体消除(REULR)。此方法通过将降解剂与POI靠近,触发POI的细胞内结构域泛素化,并将其定向至溶酶体或蛋白...
作为丝氨酸蛋白酶中的一个家族,颗粒酶具有哪些特性?
颗粒酶只在人类和啮齿动物中有很好的特征,根据底物特异性可以分为三个亚科:具有酶活性的颗粒酶家族成员,类似于丝氨酸蛋白酶糜蛋白酶,由一个称为“糜酶位点”的基因簇编码;具有胰蛋白酶样特异性的颗粒酶由“胰蛋白酶位点”编码;第三个亚家族在无分支的疏水残基,特别是蛋氨酸,由“Met-ase位点”编码(www.e993.com)2024年9月1日。
中国科大张凯铭团队解析人源m6A甲基化酶复合物冷冻电镜结构
再通过调低冷冻电镜密度阈值,借助已解析的METTL3/14核心晶体结构和锌指溶液结构1-4,搭建出了MAC-MACOM复合物中两个亚基的相对空间关系(图3b,同时通过分析s4U标记的RNA底物与MAC-MACOM复合物的交联质谱结果,确定了RNA底物在MAC-MACOM复合物上的结合区域,提出了可能的m6A甲基化酶复合物修饰RNA底物的作用模型(图3c)。
AI4S价值实例:分子之心蛋白大模型产业落地,解决超高难度问题
目前,分子之心已经将NewOrigin大模型广泛应用于创新药研发、材料、食品、化工、农业等领域,在大分子药物设计、极端环境下蛋白质稳定性优化、酶活性优化、酶-特定底物对接、蛋白质从头设计等多类型的高难度产业任务上取得重大突破,并在真实的生产体系中获得验证。为加速产业应用,分子之心基于产业项目经验,针对创新药研发...
...哈尔滨工业大学王振宇教授等:食源性蛋白酪氨酸磷酸酶1B抑制剂...
此外,第三个作用位点是距催化活性区域约20??处的C端变构位点。PTP1B的A位点是由8个氨基酸残基(His214、Cys215、Ser216、Ala217、Gly218、Ile219、Gly220、Arg221)形成的刚性环状结构,被称为磷酸结合环——P环(P-loop),该位点中的亲核半胱氨酸残基Cys215在PTP1B催化过程中至关重要,是高度保守催化中心...
真的假的?构建质粒这些知道的越少,成功率越高
解决方法:每μg的DNA至少使用3~5单位的酶。可能原因4:DNA被抑制剂污染解决方法:小量制备的DNA尤其容易受到污染物的影响,推荐使用质量有保证的DNA纯化试剂盒;或者增大反应体系以稀释污染物。胶中出现多余的条带可能原因1:如果胶中发现比预期更大的条带,这可能是由于酶与底物结合...