...| 周永锋团队系统研究葡萄无核性状的多基因遗传基础,并构建其...

该研究利用比较基因组学、群体遗传学、数量遗传学和整合基因组学等方法探索了无核葡萄重要的结构变异、进化起源和多基因遗传基础,并构建了一套基于机器学习的无核性状全基因组选择育种体系,有效提高选育效率、降低育种成本、缩短育种年限,为无核葡萄育种开辟了捷径。图形摘要:整合基因组学揭示葡萄无核性状的多基因基础...

“分子化石”追溯地球之花“家谱”,18亿遗传密码重建开花植物进化树

开放共享进化树“果实”构建开花植物进化树对生物多样性研究具有重要意义。就像人们可根据元素在元素周期表中的位置来预测其属性一样，物种在进化树中的位置也可让人们预测其属性。因此，进化树包含的新数据有助促进许多科学领域的发展。此次研究利用到的数据中，有1900多个物种是此前公开的，这正是开放科学方法对基因...

18亿遗传密码重建开花植物进化树

开放共享进化树“果实”构建开花植物进化树对生物多样性研究具有重要意义。就像人们可根据元素在元素周期表中的位置来预测其属性一样,物种在进化树中的位置也可让人们预测其属性。因此,进化树包含的新数据有助促进许多科学领域的发展。此次研究利用到的数据中,有1900多个物种是此前公开的,这正是开放科学方法对基因...

【科技日报】我国科学家构建目前最大活跃DNA转座子数据集

130个新型DNA转座子和20个已知活跃DNA转座子的进化树。DNA转座子也称跳跃基因,可被用作基因工程工具。近日,中国科学院动物研究所张勇和王皓毅研究组开展了迄今为止最大规模的DNA转座子活性筛选,构建了目前最大的活跃DNA转座子数据集,极大扩展了基于DNA转座子的基因工程工具箱。相关研究成果5日在线发表于《细胞》...

植物基因组只做组装和注释发不了好文章

比较基因组分析是基因组研究的重要组成部分,在完成组装和注释后,通过全基因组比对、基因家族聚类、系统进化树构建等方法,可以挖掘物种特有基因,探究特有基因与特殊生物学性状的关系。同时还能够推断物种进化地位,追溯物种乃至整个分支的基因组进化历史等。比较基因组分析既可以为后续研究奠定坚实的基础,同时也是物种基因...

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(8)

树图外周的彩带代表历史上的帝国(内圈彩带)和地区分组(外圈彩带)(www.e993.com)2024年11月23日。重要节点显示:(*)99.8%,法兰西帝国-1942年;(**)84.1%,法兰西帝国-1799年;(***)85.5%,西班牙帝国-1656年。此可视化树是用“iTOL73onaPastML-annotatedtree”软件构建。

我国科学家构建目前最大活跃DNA转座子数据集

据了解，DNA转座子也称跳跃基因，可被用作基因工程工具。DNA转座子约占人类基因组的2%，是一种天然的可以自主移动的DNA序列，可以演化为功能性基因或调控元件。130个新型DNA转座子和20个已知活跃DNA转座子的进化树。图据中国科学院DNA转座子跳跃是物种进化的重要动力，有助于宿主适应恶劣环境。然而，在长期演化...

分子生物学既能重构物种的演化规律,还能洞察人类的生老病死

我们可以推算出来,在群体比较大的情况下祖先有多大性能,它有可能是随机的分选到后续产生的物种里面,由于遗传漂变,使得有些物种丢失,有些物种保留下来,最后基因型所构建出来进化树,实际上跟物种树可能是不一样的。当然还有一些复杂的现象,物种形成之后,它可能会跟另外物种存在杂交的现象,比如说我们熟知的现代人类,跟...

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)

物种注释及进化树构建常用Alpha多样性指数计算常用Beta多样性距离矩阵计算现在你可以在自己笔记本或台式机上轻松分析扩增子啦!并且支持最新的去噪生成ASV方法,想自己亲自分析的朋友,快来北京参加扩增子专题培训班吧!图7.常用宏基因组统计作图软件STAMP&LEfSe...

群体遗传进化专题之进化树

构建进化树可以是蛋白序列也可以是核酸序列,用类似树状分支的图表示各种(类)物种之间亲缘关系,并推测物种的进化历史。构树三种方法:1.邻接(邻位)法(NJ,Neighbor-joining):适用于大样本量,快速构建进化树。代表软件MEGA。2.极大似然法(ML,Maximumlikelihood):代表软件RAxml,RAxml可间接利用测序数据得到的vcf...