Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
Pull-out方法中探针是带有生物素的,然后使用链霉素包裹的磁珠从总RNA溶液中除去探针-rRNA复合物,剩余的RNA用于建库测序,试剂盒有Ribo-Zero(Illumina,USA)(生信宝典注:还是Illumina取名字霸气)和RiboMinus(ThermoFisher,USA)。RNAseH方法使用RNAseH(NEBNextRNAdepletion(NEB,USA))和RiboErase(KapaBiossyst...
华中农业大学李一博团队发现转座子插入影响水稻分蘖数和粒型的新...
该研究通过DNA免疫沉淀质谱技术(DNApulldown-MS)以及全基因组关联分析GWAS发现了一个与稻米粒型和品质相关的转录因子TCP4,粳稻品种中该基因启动子区337bp的Tourist-likeMITE插入显著抑制了TCP4基因的表达,而籼稻品种中该基因启动子区MITE却是缺失的。该基因启动子区的大片段变异能够将水稻533微核心种质显著分为...
分子互作|蛋白与蛋白、核酸、小分子互作检测技术介绍、应用及资料...
GSTpulldown技术基于GST标签和谷胱甘肽(GSH)的特异性高亲和力,将带有GST标签的目标蛋白固定于GSH琼脂糖珠上,当细胞裂解液经过该基质时,与目标蛋白有相互作用的蛋白或者大分子会被吸附,而没有被吸附的杂质则随缓冲液流出。??技术特点实验步骤相对简单,不需要用到特殊的仪器设备。实验条件温和。可以证明两个蛋白...
核酸蛋白互作:RNA/DNA pull down,CHIRP
常用于核酸与蛋白互作研究的技术包括:RNApulldown、DNApulldown、ChIRP、ChIP、reverse-ChIP、RIP等。其中,RNA/DNApulldown是研究体外条件下RNA或DNA与蛋白互作的重要技术。该技术通过体外转录目的RNA的一部分或全长,用生物素标记转录产物,再与链霉亲和素磁珠孵育使之固定在磁珠上,用以“pulldown”互作蛋...
深度综述:RNA m5C修饰的生物学及在肿瘤发生和免
RNA修饰的大部分生物学功能与识别蛋白有关。RNAm5C识别蛋白,如ALYREF和YBX1,通过识别和结合m5C位点发挥生物学作用。m5C修饰的RNA单核苷酸pull-down结合质谱分析已应用于多种m5CmRNA,并鉴定m5CmRNA的ALYREF和YBX1两种识别蛋白。总之,m5C修饰通过与多种“writers”、“erasers”、“readers”蛋白互作广泛影响基因表...
Nature Genetics深度解读丨R-loop如何影响DNA甲基化状态?
首先,ChIP实验证实,GADD45A确实只能结合到TCF21启动子的形成R-Loop结构的区域,并且这种结合在过表达RNaseH1后会显著降低(www.e993.com)2024年10月16日。第二,作者在体外合成了R-Loop的结构,使用Pull-down的方法证实了GADD45A确实能够与R-Loop结合,同时这种结合不能够被RNaseA消除,但是能够被RNaseH1消除,次外,作者还使用EMSA,northern...
Nature Plants | 何新建团队发现植物中两个GCN5组蛋白乙酰化酶...
通过酵母双杂交和pull-down实验发现,SPC在PAGA复合体中起到支架蛋白的作用,组蛋白乙酰化酶GCN5通过桥梁蛋白ADA2A被招募到SPC上,其余亚基直接结合在SPC上(图1)。生化实验结果显示,SPC不仅能够增强ING1结合甲基化H3K4多肽的能力,还能够增强GCN5-ADA2A乙酰化组蛋白H3的能力,揭示了PAGA复合体介导组蛋白乙酰化修饰...
水稻ChIP-Seq揭示转录因子ZFP36作用OsAPX1基因以抑制种子萌发
材料:水稻(OryzasativaL.sub.japonicacv.Nipponbare)的野生型(WT)种子、ZFP36过表达的ZFP36OE种子和OsLEA5沉默的OsLEA5RNAi种子。方法:1)蛋白互作实验:酵母双杂交实验(Yeasttwo-hybridassay)、双分子荧光互补实验(BiFC)、免疫共沉淀实验(Co-IP)、GSTpull-down实验。
破防!清纯小师妹深夜给师兄发信息竟遭拒:求你了!这20个实验...
3.染色质免疫共沉淀(ChIP)实验染色质免疫共沉淀可以:(1)组蛋白修饰酶的抗体作为“生物标记”;(2)转录调控分析;(3)药物开发研究;(4)DNA损失与凋亡分析。4.蛋白互作实验Co-IP、GST-pulldown等机制实验,在这份实验protocol里带你将玩转信号转导、转录调控研究!
《iMeta》综述 | 多组学在肿瘤微生物研究中的应用
ChIP技术主要用于研究胞内相互作用和对研究基因水平的表观遗传学改变;ChIP-seq结合了ChIP和二代DNA测序技术,可以有效地检测特定组蛋白修饰和转录因子的DNA结合位点。ChIP-seq的原理为:DNA片段纯化与目标蛋白质结合并通过ChIP纯化富集和免疫共沉淀,然后纯化并构建文库,富集的DNA片段通过高通量技术进行测序;借助该技术,...