OpenAI GPT-4 AI 模型潜力挖掘:高精度建模基础蛋白质结构
IT之家8月22日消息,科技媒体TheDecoder昨日(8月21日)发布博文,报道称罗格斯大学的一项研究表明,OpenAI公司的GPT-4语言模型能高精度模拟简单的氨基酸和蛋白质结构。相关研究成果发表在《ScientificReports》上,该科研团队使用GPT-4AI语言模型,探索其在基本结构生物学任务中的表现,结果发现该...
AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!|蛋白|蛋白质|多肽...
此次推出的AlphaFold3是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻...
蛋白质集合生成-VAE
尽管在过去几年中,AlphaFold和RoseTTAFold等单态原生蛋白质结构预测方面取得了相当大的进展,但生成可信的结构集合,以便在小分子结合或蛋白质功能过程中出现,仍然是一个尚未解决的问题-AlphaFold和RoseTTAFold只生成单个结构,而不是结构集合。分子动力学(MD)轨迹通过模拟蛋白质在原生结构周围的运动来生成蛋白质集合,并且...
从头设计蛋白的“上帝之手 ”David Baker,极大地推动了蛋白质结构...
为了评估软件预测蛋白质结构的能力,马里兰大学的JohnMoult教授在1994年创办了一个比赛——蛋白质结构预测技术的关键评估(theCriticalAssessmentofTechniquesforProteinStructurePrediction),简称CASP。此后这个比赛每两年举行一次,参赛者被邀请参加一个盲测,即只使用蛋白序列来预测结构,这些蛋白已通过传统方法解析过...
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
??考虑到比较系统使用已知的蛋白质结构作为基础,AlphaFold3在配体对接的准确性方面,优于开源分子建模模拟软件AutoDockVina等传统系统;??与AlphaFold2.3相比,AlphaFold3在预测蛋白质-蛋白质结构方面,抗体结合结构显著增强;??此在蛋白质-核酸相互作用方面,AlphaFold3优于其他竞争方法,如RoseTTA2FoldNA...
AI药物设计新突破|菲鹏数辉发布AI蛋白质动态构象模型DeepConformer
DeepConformer最具突破性的是以扩散模型(diffusionmodel)作为生成式AI框架,从蛋白质序列出发,直接预测蛋白质三维结构的多种动态构象和动态关联(www.e993.com)2024年9月16日。这一预测方法仅通过公开的蛋白质结构数据库,就能训练出不依赖于分子动力学模拟的蛋白质构象数据,结果与分子动力学模拟结果相近。菲鹏数辉创始人兼首席科学官马步勇教授(右)...
近岸蛋白2023年年度董事会经营评述
酶是具有特定催化活性的蛋白质,公司利用Legotein蛋白工程平台和蛋白分子进化平台,基于计算机系统辅助模拟结构分析,对酶的功能域进行拆分、重组或进化,再通过已有的蛋白质表达生产平台,开发出具有高活性、高稳定性等特点的优质酶,酶加上辅助成分即构成试剂。截至报告期末,公司酶及试剂合计692种,同比增加101种。按照应用领...
AI究竟是帮助医生还是损害医生的诊断?华人学者顶刊论文表明,这...
结合用于生成建模和序列分析的新型架构,这些方法在过去几年里显著地革新了蛋白质设计领域,提高了识别新蛋白质序列和结构的准确性和能力。深度神经网络现在能够学习和提取蛋白质结构的基本特征,预测它们与其他生物分子的相互作用,并且有潜力创造用于治疗疾病的新有效药物。深度学习在蛋白质设计领域的前沿研究主要集中在蛋白...
重大突破!谷歌AI模型登《自然》期刊
同时,研究人员表示,阿尔法折叠3在预测蛋白质及其结构方面远远优于现有的软件工具。例如,对寻找新药感兴趣的科学家通常使用一款名为docking的软件来模拟化学物质与蛋白质的结合程度,而阿尔法折叠3被证明优于这个软件,同时也被证明优于另一个名为RoseTTAFoldAll-Atom4的基于人工智能的工具。约翰·詹珀和他的同事在稍...
欧盟提出战略举措,提升欧洲在先进材料领域的全球地位
德国科研团队开发新软件可快速模拟糖蛋白结构助力药物开发据phys网3月1日消息,德国马克斯·普朗克研究所开发出新算法GlycoSHIELD,为药物和疫苗开发提供了快速、高效、更低能耗的工具。该算法通过计算和预测蛋白质表面保护性聚糖的形式和排列,可了解糖的迁移率、可变性等动态信息,以及糖层对药物分子结合的影响。此外,该...