CRISPR干预的CHO细胞系开发方法

图1利用具有同源臂(HAs)特异性的引物或限制性酶的聚合酶链反应(PCR)体外切割含有长同源臂的转基因,以构建不含任何非同源序列的供体。尽管通过将供体连接到sgRNA或Cas9内切核酸酶以增加转基因浓度到核中已被广泛认识可以提高基于CRISPR的KI效率,但这种方法主要适用于使用单链寡核苷酸(ssODNs)向基因组中插入少量核苷...

疫苗前沿 | 甲型流感病毒的反向疫苗学:从基因组测序到疫苗设计

应用工作流程鉴定潜在的抗甲型流感病毒多表位疫苗的第一步是从国家生物技术信息中心数据库收集的HA和NA蛋白序列。3.3.多序列比对需要对选定的序列进行多序列比对(MSA)。MSA的目的是分析所有被调查序列之间的同源性和相关水平,以获得一致的序列,包括残基、氨基酸和核苷酸。3.4.表位预测通过应用NetCTL1.2预测细胞...

Nat Methods | 克服PCR扩增误差:利用同源三聚体核苷酸提高测序...

结果显示,无论是短读序列还是长读序列的测序平台,同源三聚体UMI设计均能提供高度一致和准确的数据。特别是在长读序列测序中,同源三聚体UMI的优势更为明显,能够有效克服长读序列固有的高错误率问题,提高测序结果的可信度。该研究通过采用同源三聚体核苷酸块设计的独特分子标识符(UMI),显著提高了PCR扩增过程中序列分析...

Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这

基于PacBio技术的Iso-Seq能够检测长达15kb的全长转录本cDNAreads,这有助于发现大量先前未注释的转录本,并通过全长测序确认了早期基于跨物种同源序列的基因预测结果。在标准的Iso-Seq实验流程中,模板置换逆转录酶可以将高质量RNA转化为用来测序的全长cDNA。然后将得到的cDNA进行PCR扩增,并构建PacBio单分子实时(sing...

Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...

BAP1的标准转录本(ENST00000460680.6)有17个外显子,由于寡核苷酸合成长度有限,研究设计了22个≤245bp的SGE靶区段,以饱和所有编码序列,以及20-90bp的外显子-内含子边界序列(内含子、5′UTR、3′UTR)。对于较大的外显子,设计了部分重叠的区段。所有HDR模板文库都使用VaLiAnT设计,这些文库包含两个不同的同义...

张友明:同源重组酶介导的DNA编辑技术

该水平决定重组效率,还有适配水平的影响,我们就用核苷酸还原酶来表达水平决定dNTP水平(www.e993.com)2024年11月14日。通过这个改造以后,我们在大肠杆菌里面能实现4个位置的操纵,也可以消除这几个位置不同的基因,这就非常有用了,就是我们在微生物基因组里面多位点的操纵可以解决很多的问题。后来我们不仅仅4个,在另外一个序列进行了5个操纵,效果...

美迪西核酸药物评价能力_手机新浪网

凭借健全的生物学分析能力,美迪西深入助力靶点表达分析、靶点序列分析、脱靶效应分析以及核苷酸序列设计,确保核酸药物研发的精准性和有效性。靶点表达分析组织特异性表达分析同源异构体分析靶点序列分析物种间序列同源性分析单核苷酸多态性分析脱靶效应分析saRNA-样转录激活Seed...

2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜

通过将let-7microRNA序列与核苷酸数据库进行比较,发现其在人类和果蝇中都有匹配的序列(Pasquinelli等,2000)。let-7在线虫中的一个已知靶标是lin-41蛋白,而其同源蛋白在斑马鱼和果蝇中也存在。令人放心的是,斑马鱼和果蝇的lin-41同源蛋白的3’UTR同样与let-7具有互补性(Pasquinelli等,2000)。此外,let-7micro...

AlphaFold 3不开源,统一生物语言大模型阿里云先开了

因此,LucaOne的预训练数据不仅包含DNA、RNA、蛋白质这三类分子的序列(核苷酸序列或者氨基酸序列)数据,同时还使用了这些分子的注释信息。总共涵盖了169861个物种的核酸和蛋白质序列和注释信息,分为两部分:核酸数据集来自RefSeq,包括核酸序列及注释;蛋白质数据集来自InterPro、UniProt、ColabFold、RCSB-PDB、AlphaFold2,包...

【云飞杂记】真菌传之基因组

因为一部分人类遗传疾病是由三核苷酸重复数目的变化所引起的。还有更多的DNA序列彼此间具有较高的同源性,这些DNA序列被称为遗传冗余。酵母多条染色体末端具有长度超过几十个kb的高度同源区,它们是遗传丰余的主要区域,这些区域至今仍然在发生着频繁的DNA重组过程。遗传冗余的另一种形式是单个基因重复,其中以分散类型最为...