...| GenBase:汇交、存储、管理与共享核酸和蛋白质序列的基因序列...

提交的数据中,62,988条核酸序列(93%)和613,351条注释蛋白质序列(90%)已释放。值得注意的是,在54,884条提交的具有标准化注释的SARS-CoV-2基因组序列中,已有52,147条被发布。图3GenBase数据统计(截至2024年4月16日)检索和下载在GenBase中,用户可以使用具有31个搜索字段的高级搜索功能进行检索,同时,高级...

Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

第一种方法是将测序读数精确地映射到一组已知的、有注释的参考基因组序列上,以提供已知生物、基因和潜在功能的快速概览。MG-RAST就是擅长这类分析的系统之一。在第二种方法中,将大量读数从头组装为contigs/scaffolds,可以为了解以前未被描述的生物体及其基因构成提供宝贵的信息。最近在组装和分选工具方面取得的技术进步...

蛋白质氨基酸序列测定方法

1、质谱法近年来,串联质谱已经成为蛋白质序列分析的主要手段。通过质谱,可以快速地确定蛋白质切片的质量,从而推测其氨基酸组成。2、DNA序列信息如果已知蛋白质编码的基因的DNA序列,那么可以直接从DNA序列推断蛋白质的氨基酸序列。3、数据库搜索对于已知的蛋白质,可以使用质谱数据或蛋白质片段的序列信息与数据库中...

...基因组吗?首次由AI从头设计的基因编辑器成功编辑人类细胞中DNA

CRISPR-Cas9基因编辑系统的核心组成部分是Cas9蛋白,它是一种RNA引导的核酸酶,可以搜索人类基因组中的全部30亿个核苷酸,并仅在一个特定位点进行切割。这种核酸酶与单向导RNA(sgRNA)结合在一起,sgRNA由一个支架组成,它在结构上与蛋白质相互作用,间隔序列可以被编程为靶向基因组中的任何位置。CRISPR-Ca...

全球首个核苷酸序列!江苏泰州发现罕见小p血型,我国仅记录10余人

此次曹国平发现的特殊基因序列的P表型血，属于人类第三个被发现的血型系统。这种血是P血型系统中一种极其罕见的血型，为常染色体隐性遗传。P血型1927年由奥地利生物学家兰德斯泰纳发现。目前P血型共有7个分型(P1、P2、LEK+、LEK-、P、P1K、P2K)，前4种在人群中常见，后3种则罕见。其中小p血型红细胞上缺乏所有...

新物种、新 CRISPR 系统!Evo 大模型突破全基因组生成,创造生物大...

通常,发现新的CRISPR系统需要在自然基因组中搜索已验证功能的相似序列(www.e993.com)2024年11月20日。相反,Evo通过直接从生成模型中生成序列,为获得生物多样性序列开辟了新的途径,这是创建新形式的基因组编辑工具的一个激动人心的前沿。图示:CRISPR-Cas分子复合物的生成设计。(来源:Arc官网)...

当达尔文遇见拉马克——达尔文学说2.0|《信息、生命与物理学》|...

其中一项研究被称为“逆转录”,即从DNA转录基因序列的RNA,有时能将它的序列逆转录为DNA。在RNA从DNA转录信息之后,有许多修饰RNA序列的机制,所以逆转录为细胞通过修饰RNA来改变自身的DNA开辟了道路。一种已得到详尽研究的特异逆转录基因是BC1RNA(大脑细胞质RNA1),它在啮齿动物的神经系统中发挥着重要作用。

AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?|序列|算法|氨基酸|...

接下来,这个输入序列被转换成两种不同的信息,传入后面的神经网络进行迭代和学习。第一个信息,上面的“MSA”是多序列对比(MutipleSequenceAlignment)的缩写,意思是说,我们从一个现有的基因数据库中搜索出与当前输入序列最接近的一些序列进行对比。当然,搜出来的这些序列不一定是存在于人体中的,图中就举例了三个类似...

Nature Methods | 超过AlphaFold2精度,蛋白质互作结构预测新工具

其中DeepMSA2可用于从宏基因序列数据库中搜索提取多序列比对和蛋白质互作共进化信息,而DMFold则用于从MSA和共进化数据中构造蛋白质复合物三维结构模型。实验表明,DeepMSA2算法可以显著提高蛋白质复合物结构预测的准确性。与现有的MSA构建方法相比,DeepMSA2的一大优势在于迭代搜索和基于深度学习模型的预选策略,这种快速迭代...

瑞丽疫情基因序列与Delta高度同源怎么回事 什么是Delta

7月7日,记者从瑞丽市新冠肺炎疫情防控新闻发布会(第三场)上获悉,为加快基因测序速度,云南省疾控中心紧急调运一台基因测序设备到瑞丽,设立临时基因测序实验室,并派出专业技术人员对检出的阳性样本进行新冠肺炎基因测序。目前,已完成7份阳性样本测序,结果表明,基因组序列与德尔塔(Delta)变异株高度同源,与相邻境外流行株...