...最新封面:AI大模型跨越物种边界、解码生命“密码全书”,基因组...

例如,生成CRISPR-Cas序列时会有cas基因缺失或不完整问题,生成百万碱基长的基因组序列时难以涵盖全套rRNAs等关键token基因,影响序列完整性和可用性。研究团队指出,未来将通过扩大数据集、增加模型规模、丰富训练上下文等手段提升Evo的性能。在功能拓展方面,利用基因组语言模型引导多基因系统定向进化,提...

【学术进展】基因组学再创新高,生命科学迎来颠覆性进展,解决历史...

3.基因组数据处理3.1安装并使用keras_dna处理各种基因序列数据如BED、GFF、GTF、BIGWIG、BEDGRAPH、WIG等3.2使用keras_dna设计深度学习模型3.3使用keras_dna分割训练集、测试集3.4使用keras_dna选取特定染色体的基因序列等4.深度神经网络DNN在识别基序特征中应用4.1实现单层单过滤器DNN识别基序4.2实现多层单过滤...

现生鸟类“亲戚”关系如何? 万种鸟基因组图谱提供重要线索

“新方法极大地提高了跨物种的比对效率,减少了由于与参考物种遗传距离差异引起的比对偏好和序列丢失。”冯少鸿说,比如,363只鸟类基因组构建的全基因组比对序列总长为981兆碱基对,比此前以鸡和斑胸草雀为参考基因组构建的48只鸟类全基因组比对序列在长度上提升了149%。这一全新的数据集,为全面解析鸟类遗传多样性特征...

...研究所刘毓文团队和清华倪建泉团队合作开发基于人工智能的DNA...

这些元件的序列分析表明设计序列在motif的数目,空间排布、多样性、结合力以及GC含量等方面具有与自然元件截然不同的性质。作者合成了增强子DreaMer001,通过双荧光素酶实验测定其活性达到了果蝇基因组中最强天然增强子的3.6倍,同时构建了转基因果蝇在体内测量了该元件元件的活性,结果表明该元件在果蝇体内可以提高报告基因转录...

追问|科学家如何还原和挖掘海洋微生物基因数据?

接下来，科学家们需要通过分拆比对等方式，通过重叠群序列中表现出的模式来判断这些序列是否属于一个基因组，这个过程被形象地称为“分箱”（binning）。同样的序列被归到一个“箱子”中，对应一个MAG。近年来随着高通量测序技术的发展，宏基因组数据迅速增加，该组装技术成为了探索新物种、挖掘基因数据的有力工具。

西南大学科研团队全球率先完成家蚕物种完整的基因组序列

论文第一作者、西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室副教授韩民锦介绍,团队应用二代短读长、三代长读长和Hi-C测序技术组装,获得家蚕雌性个体的染色体级别基因组,并开发了鉴定富含重复序列W染色体的工具,获得了长度约10.1Mb的家蚕W染色体序列(www.e993.com)2024年11月21日。西南大学实验室内,科研人员对家蚕进行观察研究。华龙网记者李一鸣...

古老病毒序列,竟可调控鸟类大脑基因!

在漫长的演化过程中,其中一类内源性逆转录病毒K的序列元件广泛的存在于雀形目鸟类基因组中,而且越是近期产生的物种,这类序列的拷贝数越多。“我们这次在雀形目鸟类中发现了许多内源性逆转录病毒K(ERVK)的序列元件,它们插入在了雀形目鸟类基因组的不同位置,在这类鸟的物种分化事件里不断影响着它们的基因组格...

如何理解“新物种发现”?从广西等地发现三个鱼类新物种说起:绿斑...

科学家可以在水体、土壤等环境中检测到那些难以捕捉的物种的遗传信息，从而发现新的或稀有的物种；又比如，分子生物学技术，包括基因测序和系统发育分析，利用DNA、RNA和蛋白质的序列信息来研究生物体的遗传特征和进化关系。这些技术可以通过比较物种的基因组信息，识别和分类新物种。它能帮助科学家，能够精确区分遗传相似...

科学家首次发布银鲳高质量染色体水平参考基因组

银鲳染色体水平基因组特征海洋研究所供图在以前研究基础上,研究团队综合采用相关测序技术对银鲳基因组进行了深度测序和组装,在国际上首次获得了银鲳的高质量染色体水平参考基因组,得到银鲳24条染色体单体序列,精确揭示了银鲳基因组大小为518.06兆碱基对,组装完成的基因组ContigN50长度达20.47兆碱基对,ScaffoldN50长度达22...

昆明植物所揭示竹类植物生活史转变和物种多样化遗传机制

经过综合分析,该研究在鉴定了木本竹类的A、B、C、D四套亚基因组的基础上,揭示了木本竹类二倍体祖先之间的古杂交事件。分析表明,A和D亚基因组是B和C亚基因组早期杂交形成的,并在两千二百万年前发生过A亚基因组与草本竹类祖先的基因渐渗事件,解决了困扰学界多年的木本竹类是否为单次起源的问题。虽然3次多倍化...