Nat Methods丨汤富酬组开发出scNanoSeq-CUT&Tag技术,可精准检测单...
与基因的活跃转录相关;H3K36me3主要分布在基因体区域,与基因的转录延伸过程相关,有助于维持基因表达的稳定性;H3K27me3和H3K9me3是抑制性染色质标记,其中H3K27me3主要富集在基因的启动子区域,参与基因沉默的调控,而H3K9me3则主要参与异染色质的形成和维持,抑制重复序列的转录活性,维持基因组的稳定...
Nature Methods专刊评论:序列-功能模型探究基因调控机制
序列到功能模型使用深度卷积神经网络(CNN)来学习DNA序列和分子信息(如染色质可及性、组蛋白修饰、基因表达等)在一种或几种细胞状态下的对应关系[2](图1b)。此类模型将基因型-表型问题表述为机器学习领域常见的预测问题,使计算模型能够在一个统一的框架中整合大量多模态分子信息(如表观信息,基因表达信息等等)并实现...
cfDNA甲基化在器官和组织损伤检测中的强大力量
DNMT能够与DNA结合并识别靶DNA序列,通常是CpG。一旦DNMT与靶DNA序列结合,它们就会将甲基从SAM供体转移到DNA中的胞嘧啶碱基。该过程涉及形成共价键,将甲基添加到胞嘧啶碱基的第五个碳原子上,产生5-mC。DNMT1(DNA甲基转移酶-1)作为维持DNMT,主要任务是在DNA复制和细胞分裂过程中维持DNA甲基化稳定性。DNMT1可以识别新...
阿尔茨海默症的疫苗开发,有突破吗?Vaccin:DNA疫苗 vs. mRNA疫苗...
DNA本身具备佐剂活性,无需外部辅助佐剂,这要归功于特定未甲基化的CpG位点的存在,这些位点增强了固有免疫力,在DNA疫苗中扮演内在的免疫佐剂角色。虽然DNA疫苗具有内在的免疫原性,但在人类和大型动物中,DNA疫苗的内在效力通常不足,因此需要采用不同的递送方式,包括电穿孔或粒子轰击(也称为“基因枪”),以引发接种者中...
Nature Methods | 突破传统方法:DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互...
蛋白质结构表示:图b展示了蛋白质结构的图表示方法。重原子作为顶点,每个顶点计算了一些特征(例如原子类型、电荷、半径等)。这些特征作为图卷积的输入。DNA结构表示:图c描述了对称螺旋(sym-helix)在DNA结构中的应用,通过在碱基对框架中应用对称模式,将DNA结构转化为对称螺旋,保留双螺旋形状,但去除了序列特异性。
特别关注|脂肪自噬在非酒精性脂肪性肝病防治中的作用
C9ORF72基因是由6个DNA碱基的重复序列编码,Cang等发现C9ORF72敲减可促进2型糖尿病小鼠肝细胞的脂肪自噬以缓解肝胰岛素抵抗,在肝细胞中C9ORF72与脂肪自噬呈负相关,C9ORF72与胰岛素抵抗刺激的肝细胞内细胞分裂周期蛋白42(Cdc42)相互作用并激活,进而通过促进神经Wiskott-Aldrich综合征蛋白(N-WASP)表达来抑制脂肪自噬,...
家禽中的DNA甲基化研究应用
分子遗传标记技术的成熟使畜禽数量性状图谱稳健、系统和完善,为畜禽改良提供了新的手段。DNA甲基化是一种应用广泛的表观遗传学修饰。DNA甲基化导致某些基因活性抑制,而去甲基化则诱导基因重新激活和表达。在DNA甲基转移酶的催化作用下,DNA中CG的两个核苷酸被选择性地添加甲基,形成5mC,其主要出现在5'-CG-3'基因序列...
人类基因组计划已完成二十年 DNA何时实现“随手测”
1999年9月1日,杨焕明在第五次人类基因组测序战略会议上表示,中国有能力在2000年4月完成1%的任务,并递交了已经完成的人类基因组序列的70万个碱基对测序结果,让与会者相信中国有能力参与和完成申领的任务。最终,中国得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域的测序任务。该区域约占人类整个基因组的1%。“首先...
随手丢的烟头能提取DNA吗?河南男童被烫后,用这招找到真凶
答案是肯定的。烟头上的唾液、血液或皮肤细胞等含有吸烟者的DNA信息,可以用于亲子鉴定、犯罪侦查、遗传病诊断等目的。这些DNA可以通过一些特殊的方法提取出来,比如使用酚/氯仿法或试剂盒法。提取出的DNA可以用于进行基因分型,即确定个体的遗传标记,如STR(短串联重复序列)或SNP(单核苷酸多态性)。
刘如谦团队升级基因编辑系统,整合效率提高4倍,将基因整合到30%的...
在先导编辑的帮助之下,该团队填补了DNA丝氨酸重组酶Bxb1可程式程度性较低的缺陷,从而能在人类基因组的特定位点比如AAVS1,精准地插入5.6-kb的基因序列,并能实现6.8%的效率。他们还发现:尽管Bxb1是自然界中一个衍生细菌病毒的蛋白,但是在人类细胞之中即使稳定细胞系已经包含attB/P序列,然而Bx...