基因工厂云探秘系列2--免费序列优化,提升载体构建成功率 解锁高效...
因此,直接使用未优化的基因序列可能导致外源基因在宿主,特别是异源宿主中的表达效率低下。密码子优化(codonoptimization)是在不改变基因编码蛋白质的前提下,通过调整基因编码序列中的密码子使用频率,使用物种偏好密码子并避免稀有密码子得到优化序列,来提高外源基因在宿主细胞中表达水平的技术[2]。对于自己构建载体的...
中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
这种序列聚类法基于的理论假设是相同分类细菌具有相似的16SrRNA基因序列,并且测序以及扩增出现的序列错误概率较低。因为序列聚类法需要对序列进行聚类,所以无法区分序列相近的16SrRNA基因。据我们所知,序列聚类法于1995年被首次使用,并从1999年后被广泛沿用至今。一开始,不同文献采用不同的术语来描述序列聚类得到的...
"基因敲除狗"是怎么造出来的
在细菌的基因组上,存在着串联间隔排列的“重复序列”,这些重复序列相对保守,我们称之为CRISPR序列(ClusteredRegularlyInterspersedShortPalindromicRepeats—成簇的规律间隔的短回文重复序列)。1.“记录”入侵者档案其中的“间隔序列”来源于病毒或外源质粒的一小段DNA,是细菌对这些外来入侵者的“记录”。(如图A...
算力+存力:优化基因测序的关键所在
完整的DNA测序样本在进行测序前会被用超声波击碎为上千万条(根据DNA链条长度不同,有时会高达上亿条)DNA片段。随后由基因测序仪将上千万条DNA片段中的序列内容解读出来,并将解读结果写入到FASTQ文件中。这些结果数据在FASTQ文件中是乱序写入的,要得到按照测序样本DNA链条的正确基因序列排列的数据还需要在二级分析中完...
重大成果!西南大学科学家首次获得家蚕W染色体完整基因组序列
重庆科学家在家蚕基因组研究上再获重大成果。6月27日,西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室主任代方银教授发布消息称,该团队在全球率先获得了家蚕W染色体完整基因组序列,并首次在家蚕性染色体W上发现蛋白编码基因,将为家蚕分子育种带来新的前景。家蚕雄性个体较雌性个体具有生命力强、料丝转化率高、蚕丝净度...
蚕“姑娘”终于有了完整的基因组序列
通过对W染色体注释,他们发现,家蚕W染色体的重复序列约占其总序列的87%;家蚕W染色体含有137个Fem拷贝,并且这些Fem拷贝主要以串联重复形式排布,这解释了为什么通过基因组敲除Fem无法完全实现雌性向雄性转变,因为基因组操作很难将W染色体上数目众多的Fem拷贝完全敲除(www.e993.com)2024年10月17日。
...SeekRNA 要掀起 DNA 工程革命:精确切割靶点插入序列
和CRISPR的不同之处在于,SeekRNA不需要剪切任何额外的成分并粘贴到基因序列中,SeekRNA是一种独立的剪贴工具,具有更高的准确性。CRISPR另一个不足之处在于依赖目标DNA,会导致两条链(即通常描述DNA序列的双螺旋链)上造成断裂。虽然CRISPR本身确实令人印象深刻,但它需要使用蛋白质或DNA修复机制将新的...
Science:利用人工智能确定人类基因组转录起始的序列基础
Puffin程序显示,根据这些序列模式的排列方式,它们可以激活或抑制基因的转录。它还能预测这些序列模式的排列如何引导RNA聚合酶优先转录DNA的单链或同时向相反方向转录两条链。这种双向转录在人类基因中很常见。Puffin程序进一步表明,小鼠和其他哺乳动物都有类似的启动子运行规则。此外,它还能让这些作者预测如果启动子...
Science科学壮举:分析人脑细胞中超过10万个序列,解码发育中的大脑...
“我们的类器官与人脑相比非常好,随着我们的工作扩展到测试其他神经发育疾病的更多序列,我们现在知道类器官是理解基因调控活动的一个很好的模型。”Ahituv说。其次,通过向机器学习模型提供大量DNA序列数据和基因调控活动,该团队能够训练计算机成功预测给定序列的活动。这种类型的程序可以实现“计算机”实验,使研究人员能够在...
不改变DNA序列即可实现精准基因调控,一文了解表观遗传编辑技术的...
表观遗传学指的是一种可逆的遗传机制,它可以在不改变DNA序列的情况下,通过对DNA与组蛋白(histone)的修饰来影响基因表达,这是控制细胞分化和胚胎发育等关键生物过程的重要机制。在不同类型的表观遗传修饰当中,DNA甲基化(methylation)是其中最被广为研究的机制之一。基因启动子区域上的特定DNA甲基化会抑制该基因的转录...