疫苗前沿 | 1例Y群ST167型脑膜炎奈瑟菌输入病例的流行病学和病原...
5.PorA和FetA抗原分型:Zhuhai23菌株基因组序列经PubMLST数据库比对后,获得该病例菌株比对的等位基因编号结果:PorA_VR1(5-1),PorA_VR2(10-8),FetA_VR(F1-3)。6.系统发育树分析:不同地区77株Y群ST167克隆群以及本次分离的Zhuhai23菌株基因组系统发育树结果(图1)显示,本次分离的Zhuhai23菌株与上传的MLS...
《食品科学》:福建农林大学林河通教授等:基于Illumina MiSeq测序...
变形菌门主要分为α-变形菌纲、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria),厚壁菌门主要细分为梭菌纲和芽孢杆菌纲(Bacilli),拟杆菌门包括黄杆菌纲(Flavobacteriia)和鞘脂杆菌纲(Sphingobacteriia)(图5b)。
iMeta | 上海市食药检院/美吉生物-??MIST: 可交互微生物鉴定和...
扩增子测序的一个主要局限性是缺乏对近源物种的区分。基于WGS技术的微生物鉴定提供了更高的鉴别能力,并允许在物种甚至菌株水平上鉴定细菌。它还为研究功能基因(如抗生素耐药基因(ARGs)和毒力因子基因提供了强有力的方法。此外,多位点序列分型(MLST)和单核苷酸多态性(SNP)能够追踪从不同生境分离到的遗传密切相关细菌...
【Cancer Cell】首次揭示大肠杆菌素在结直肠癌中的基因突变!
最后,通过从对照和暴露于EcC的类器官中产生一系列突变样本,研究人员估计了所有菌株相对于EcC的-3-4AA基序分数,发现EcN相对于EcC菌株的-3-4AA基序分数是32.9%,19H2和2F8分别是33.7%和112.0%(图2)。图2大肠杆菌素特异性-3-4AA突变基序在四种pks+大肠杆菌菌株(包括EcN)共培养的类器官中富集3.癌症测序数据...
全基因组测序在病原菌耐药基因分型中的应用研究进展
全基因组测序在病原菌耐药基因分型中的应用在细菌全基因组水平上,利用生物信息学分析方法,研究者能在基因组水平识别细菌携带的耐药基因与毒力基因。细菌的耐药机制可分为两大类:固有耐药和获得性耐药。细菌对抗菌药物的耐药性通常是由耐药基因编码的,可通过多种机制介导,如基因的点突变、插入、丢失或通过基因水平...
快报| 全基因组测序对初治耐多药肺结核菌株耐药谱的预测:一项来自...
近日,《BMC传染病》(BMCInfectiousDiseases)杂志在线发表了同济大学附属上海市肺科医院结核科的一项使用全基因组测序(whole-genomesequencing,WGS)对由表型药物敏感性试验(DST)鉴定的初治耐多药结核分枝杆菌菌株进行耐药谱预测的研究[Predictionofdrugresistanceprofileofmultidrug-resistantMycobacteriumtuberculos...
国际乳品联合会发布 我国牵头修订的国际IDF益生菌菌株鉴定指导
不同分型方法原理和效果具有差异性,应根据菌株自身特点和应用场景选择适合的方法,结合菌株表型和基因型特征、流行病学数据等信息进行综合判断,实现益生菌鉴定溯源分析。全基因组测序分析和多组学技术为深入开展益生菌的安全性评价和功能挖掘提供了有效科学支撑。持续涌现的新技术促进了微生物鉴定检测领域的长足发展,...
全基因组测序改变细菌性传染病监测和调查模式
由于传染病能够跨地区传播,因此一方面不同地区流行的传染病在病原学上各有特征,另一方面具有共同遗传特征的暴发株可在不同地区出现,因此需要开展以病原菌基因组测序比对为技术基础的、不同地区共同参与的网络化实验室监测。目前美国的FDA、英国公共卫生署、国际病原细菌分子分型监测网络PulseNet、全球微生物识别组织(GM...
首例微生物专利侵权案件的分析和探讨
这就是为什么通常做菌株鉴定或分型还会考虑其他的分子标记物。然而需要强调的是,涉案专利说明书实施例10-11中涉及到的ITSrDNA测序鉴定和RAPD的分析其实验目的是在菌种分类学上与已知菌株进行区分,而并不是区分两株分离株。也就是说本案所关注的问题并不是分类学意义上的菌种鉴定或者亲缘关系的确定,已经进一步上升...
综述| 结核分枝杆菌全基因组测序数据分析方法与应用进展
PANPASCO软件是一种基于线性泛基因组图谱的遗传距离计算方法,能够有效减少不同谱系菌株测序数据比对的损失率,提高SNP检测的分辨率,在多个数据集测试中表现出比传统方法更好的传播探测效果,具有较好的普适性。PANPASCO也是基于Snakemake软件的开发,适用于大规模样本的传播检测。除了基于单一SNP差异阈值的菌株分型之外,Trans...