一谱识菌: MALDI-TOF MS 在病原微生物临床应用的专家共识
质谱鉴定可能出现错误,而生化鉴定技术可作为补充??[??6??]??;(2)鲍曼不动杆菌复合群内菌种,生化鉴定方法尚无法有效鉴别,MALDI-TOFMS可明确区分复合群,基因测序可准确鉴定;(3)肠道致病菌,需补充血清凝集试验实现不同血清型的鉴别。
MALDI-TOF MS鉴定病原微生物临床应用专家共识
3.进行微生物分型:(1)聚类分析。通过制造商提供的科研分析软件,可以选择聚类算法对同种不同株的谱图进行种水平以下的分析和比较,通过距离的远近衡量同种菌株之间的同源性和异质性,可用于亚种和血清型的区分、识别高毒力和耐药菌株、院感溯参考文献(略)编辑:笪文武审校:方琪...
快报| 全基因组测序比VNTR分型对结核分枝杆菌混合感染具有更高的...
将两株不同谱系(北京型+非北京型/L2+L4)和两株相同谱系(北京型+北京型/L2+L2)的结核分枝杆菌基因组DNA分别按不同比例混合,制备模拟的混合感染样本,并对模拟样本进行WGS和VNTR分型;分析2011-2015年上海市松江区结核分枝杆菌培养阳性菌株全基因组测序和VNTR(9+3位点)分型数据。将WGS变异分析结果比对到参考进化树...
全基因组测序在病原菌耐药基因分型中的应用研究进展
从全基因组测序数据中识别耐药基因主要分为2种分析模式:一种是序列组装后比对分析(assembly-based),另外一种是直接利用测序读段映射分析(read-based)。研究者可利用比对工具(例如BLAST、USEARCH或DIAMOND)将细菌基因组草图中的蛋白质编码区与耐药基因参考数据库进行比对,得到耐药基因的注释结果。不同数据库对同一耐药...
法国实验室基因测序显示:法国去年初流行的新冠毒株与中国无关
近日,欧洲精准医学平台首席执行官、免疫学家鞠丽雅在接受《欧洲时报》采访时表示,法国实验室去年的基因测序结果证明,2020年初在法国流行的新冠病毒毒株与中国毫无关系。鞠丽雅介绍说,法国巴斯德研究所曾于2020年4月报告该国新冠患者基因测序结果,结果显示法国的新冠疫情源自本土的、可能在2020年之前就流行的新冠病毒毒株,...
医药行业病毒载体专题报告:CGT关键原料,关注外包生产
腺相关病毒(AAV)最早于1965年首次在实验室的腺病毒制剂中被发现,随后科学家对其进行了多角度的研究(www.e993.com)2024年10月19日。1982年成功完成了AAV2基因组的克隆以及测序工作。1995年,AAV载体首次用于治疗人类的囊性纤维化病。进入21世纪后,科研人员发现了更多不同的AAV血清型家族,丰富了AAV载体的选择范围。2008年...
合成生物学深度报告:推陈出新,欣欣向荣
3.1合成生物学产业生态覆盖面庞大,发展阶段各有不同合成生物学产业生态覆盖面庞大,不同技术和产业落地方向多元,且都有相当的市场规模。基于不同公司在合成生物学行业中的作用,可以将整个合成生物学产业分为大致的上、中、下游。上游是技术型公司,负责使能技术的开发,包括DNA/RNA合成、测序、编辑,以及软件...
全基因组测序改变细菌性传染病监测和调查模式
由于传染病能够跨地区传播,因此一方面不同地区流行的传染病在病原学上各有特征,另一方面具有共同遗传特征的暴发株可在不同地区出现,因此需要开展以病原菌基因组测序比对为技术基础的、不同地区共同参与的网络化实验室监测。目前美国的FDA、英国公共卫生署、国际病原细菌分子分型监测网络PulseNet、全球微生物识别组织(GM...
苏珍萍 朱庆义:气单胞菌属致病性与实验室分子诊断新技术临床应用
MALDI-TOF-MS能在属水平上正确鉴定所有分离菌株,但根据种的不同,正确鉴定分离株的百分比有明显差异。对鉴定兽气单胞菌、嗜水气单胞菌、杀鲑气单胞菌、维氏气单胞菌和温和气单胞菌的鉴定效果好,准确鉴定结果可达95%以上。Shin等报告气单胞菌属可引起人类感染的主要有24种,其中嗜水气单胞菌、豚鼠气单胞菌和...
MLST:医院鉴定病原菌分型的必备方法!
PFGE和所有依赖于比较凝胶上DNA片段模式的方法的一个主要缺点是很难比较不同实验室的结果。因此,对于不同实验室所描述的EMRSA克隆的遗传相关性存在相当大的困惑,迫切需要一种方法,该方法允许在不需要交换参考菌株的情况下明确识别EMRSA和强MSSA克隆。多基因座序列分型(MLST)是一种高度区分的方法,可根据以下序列来...