...深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据直接鉴别RNA编辑与DNA...
DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误(图1a),然后将获得的高可信度(DNA和RNA)突变位点信息作为输入,通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分(图1b)。在DeepDDR模型的训练过程中,研究团队从403个配套的RNA测序和DNA测序数据集中提取了122,872个高可信度的RNA编辑...
Nat Cell Biol:单细胞新RNA测序在单次转录爆发层面上揭示了转录原理
研究结果显示,大多数基因的转录爆发是独立进行的,只有少数基因对,特别是那些位于基因组近端的同源基因对,表现出轻微的协同爆发现象。图2:基因组区域中两个相邻基因:如果所有等位基因和基因都是独立转录的,在四个细胞中获得的新RNA的示意图(左),如果相邻基因从同一个等位基因协同爆发,在四个细胞中获得的新RNA的示...
国产基因测序仪,在夹缝中爆发
基因测序的读长,是指在一次测序反应中能够测得的DNA序列的长度。在二代测序中,单个DNA分子需要扩增成基因簇进行同步复制,以增强荧光信号强度从而读出DNA序列,因为读长较短,往往在50bp~300bp之间,而纳米孔测序技术获得的测序读长则相对较长。2023年以来,国内纳米孔测序仪市场也悄然爆发。其中,齐碳科技的QNome-3841...
中科院动物所金坚石组综述16S rRNA基因扩增子测序技术的前世今生
他们针对16SrRNA基因的可变区之间的保守区域设计了DNA探针并通过探针杂交进行16SrRNA基因的纯化富集,然后通过DNA克隆扩增和Sanger测序进行测序分析;中间无需培养细菌。1990年,更高效的16SrRNA基因PCR扩增富集法取代了DNA探针杂交富集法,即使用针对16SrRNA基因保守区域设计的引物特异性PCR扩增16SrRNA基因。这一富...
华大纳米孔测序仪全球首发:引领全读长时代新纪元|追寻新质生产力
“从激发光测序仪到自发光测序仪,再到今天公布的不发光测序仪,三类机器,三种不同原理、不同测序方式结合在一块,我们是全世界唯一的一家。在下一个生命时代,我们绝对不能亦步亦趋,要走出一个新的路子,换一种交通方式。我们要飞起来,让‘旋风’旋起来,在未来以大数据为基础的生命科学发展、生物经济发展上...
新型纳米孔测序仪产品面世,华大智造手握全球经销权
“从激发光测序仪到自发光测序仪,再到今天公布的不发光测序仪,三类机器,三种不同原理、不同测序方式结合在一块,我们是全世界唯一的一家(www.e993.com)2024年10月19日。”华大集团联合创始人、董事长汪建在发布会致辞中表示。生命科学“光刻机”基因测序仪又称DNA测序仪,是测定DNA片段的碱基顺序、种类和定量的仪器。“生命科学领域的‘光刻...
华大集团发布纳米孔基因测序仪,成全球唯一拥有三种不同技术路径...
导读:长宽高都不到20厘米,类似一个金属质感的小型音箱,科技感强,小巧方正;3公斤多重,10分钟至72小时内完成测序………2024年9月9日,华大集团在25周岁生日到来之际,向全球发布最新测序技术——CycloneSEQ测序技术,两款小而美、小而优,拥有自主产权的新型基因测序仪——纳米孔测序仪CycloneSEQ-WT02(以下简称“WT...
...Biol | 单细胞新RNA测序在单次转录爆发层面上揭示了转录原理
实时成像实验和单细胞RNA测序(scRNA-seq)提供了转录爆发的直接证据2,3。然而,现有方法在推断转录动力学参数时存在局限性4,尤其是难以区分合成率和转录关停率(synthesisandclosingrates)。合成率决定了每次转录爆发期间产生的RNA分子数量,即爆发的规模(burstsize);而转录关停率影响的是转录的静止期持续时...
“杀不死”的水熊虫竟是个基因“小偷”?(组图)
在这个过程中,爱丁堡小组发现有些测序片段数量尤其罕见,而另一些测序片段的数量却高达它们的10倍。对此,艾云灿教授的看法是,从生物学上来看,差异如此大的这些片段不太可能来自同一个基因组。艾教授说:“爱丁堡小组的论文分析更充分,结论更合理,而北卡小组的论文存在技术熟练度不够的问题。比如,怎样区别和排除水熊虫...
精准医学点亮生命美好时刻
这种技术巧妙地利用了准线性扩增原理,只需要一个单细胞就能完成高精度、高覆盖度的全基因组测序。利用该技术,他们尝试对人类单倍体的生殖细胞样品进行单细胞基因组测序和分析。最初的样品来自一位教授,他的学生比导师本人更关心导师精子的健康。通过与生物医学前沿创新中心当时的研究员李瑞强合作,研究团队发现,同正常...