2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...
超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...
“破解蛋白质惊人结构密码”,2024年诺贝尔化学奖颁给了他们
通俗上说,这项研究像是对蛋白质施上“魔法”,能将蛋白质“变形”、拆解,这些研究使我们能更好地解答生命运作的规律,一些疾病发病的原理,此外,创造具有新功能的蛋白质会促使新的纳米材料、靶向药品、疫苗等得到更快发展。自1901年以来,诺贝尔化学奖已授予116次,共计197位研究者荣获此殊荣。本次获奖的三位...
为什么诺贝尔化学奖又被人工智能学者拿了:阿尔法折叠,蛋白质结构...
由于深度学习能海量、高效解析蛋白质的结构,它大幅度降低了蛋白质结构的难度、人力和财力成本,使得大多数蛋白质结构的预测变得简单快捷,仅留少量仍需通过实验来探索。它的意义在于,生命科学家们今后可以将重心从蛋白质结构的预测,转到蛋白质的功能预测上。这对于探索人类和其他生物的生命密码尤其重要。当然,AlphaFold...
...颁给AI?万字专题详解:计算和人工智能颠覆我们对蛋白质的理解方式
现在,时间已经过去了三年半,他这个问题终于能得到回应了。毫无疑问,AlphaFold2确实改变了生物学家研究蛋白质的方式。然而,尽管AlphaFold2是强大的预测工具,但它并非无所不能。它非常巧妙地使用不同于科学家的方法解决了一部分蛋白质结构预测问题,却无法取代生物实验,反而更加凸显了实验的必要性。
蛋白质设计师David Baker:我喜欢做那些“魔法”般的事
蛋白质是生命活动的直接执行者,其结构与功能由氨基酸一级序列所决定(www.e993.com)2024年10月17日。由Baker研究组开发的Rosetta软件包可以对蛋白质结构进行计算预测与设计。能够从零开始设计蛋白质结构和功能,意味着我们可以创造出具有各种功能的全新的生命活动执行者,并将其应用于生物医学研究的方方面面。
2024年诺贝尔化学奖揭晓!揭开蛋白质折叠的秘密
尽管缺乏足够的理论支持,但是戴维·贝克采取了“近似”的策略,构建了一个复杂的“虚能量函数”,并在2003年成功地开发了蛋白质结构预测软件Rosetta。该软件虽然不能准确计算蛋白质折叠过程中的能量变化,但是仍旧能在相当一部分蛋白质上比较准确地计算得到折叠后可能采取的三维结构。
实现蛋白质动态对接预测!上海交大/星药科技/中山大学等联合推出...
上述结果证明了DynamicBind能够捕获配体特异性的构象变化。也就是说,即使特定构象与初始提供的蛋白质结构不同,DynamicBind也能识别出能与蛋白质的其他可能构象进行很好结合的化合物。DynamicBind涵盖了多尺度的蛋白质构象变化研究人员使用从皮秒级到毫秒级的6个不同类型的跨尺度构象变化对DynamicBind进行...
诺贝尔化学奖颁给DeepMind,AI是如何终结蛋白质研究的?
AlphaFold2“将会改变一切”的说法占据了各大新闻的头版头条。那些毕生致力于研究单个蛋白质结构的蛋白质生物学家担心自己会丢掉饭碗。还有人声称,AlphaFold2将彻底改变药物研发,因为生物学家可以快速了解蛋白质的结构,从而更高效地研发出以蛋白质为靶点的新药。其他人则反驳说,这些结果大多是炒作,不会带来实质性改变。
不只是AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生:从“不可能”到...
图|蛋白质是具有数亿种不同形状的分子。从在血液中携带氧气到引发化学反应,每一种蛋白质都具有特定的生物功能。功能通常由其形状或结构来定义。(来源:RCSBPDB)当谷歌将这一消息推向世界时,媒体为之疯狂。头条新闻宣称AlphaFold2“将改变一切”。那些毕生致力于研究单个蛋白质结构的蛋白质生物学家担心自己会失业...