...解析由非洲猪瘟病毒编码的全长II型DNA拓扑异构酶的多构象结构
II型DNA拓扑异构酶是一种普遍存在的酶,在调控双链DNA的拓扑结构中起着关键作用,参与了一系列最基本的DNA代谢过程,包括DNA复制、转录及重组等,并在原核和真核生物中得到了广泛的研究——它们被分类为IIA型(包括gyrase,topoIV和topoII)和IIB型(topoVI),虽然两类的结构不同,催化机制却是相似的——通过切割“...
...解析由非洲猪瘟病毒编码的全长II型DNA拓扑异构酶的多构象结构
II型DNA拓扑异构酶是一种普遍存在的酶,在调控双链DNA的拓扑结构中起着关键作用,参与了一系列最基本的DNA代谢过程,包括DNA复制、转录及重组等,并在原核和真核生物中得到了广泛的研究--它们被分类为IIA型(包括gyrase,topoIV和topoII)和IIB型(topoVI),虽然两类的结构不同,催化机制却是相似的--通过切割"G-s...
Nature | 钙感受器的双重游戏:揭秘其对G蛋白选择性和异构体调节的...
CaSR属于C家族GPCR,该家族还包括调节神经传递的γ-氨基丁酸B(GABAB)和代谢性谷氨酸(mGlu)受体(mGlu1-mGlu8)。家族CGPCR的功能是专性同源或异源二聚体,内源性配体参与远离膜平面的细胞外结构域(ECD),通常包括一个配体结合的Venusflytrap结构域(VFT),在大多数情况下,通过一个富含半胱氨酸的结构域(CRD)连接到...
...王明教授课题组:具有紧密堆积特点的三明治形多色团超分子结构…
作者又通过核磁和质谱的表征,并没有发现单组分配位寡聚物或异构体的生成。同时,晶体结构中观察到了四苯乙烯的两种旋转构象。图2.Zn4LGLB2和Zn4LGLC2的单晶结构之后,作者研究了组装体的光物理性质(图3)。双齿配体的荧光的发射与四齿配体的吸收光谱有重叠,由于这种紧密的发色团排列方式,实现了高效的荧光共...
贵州大学Nat. Commun.:硫族元素键引导的构象异构化实现亚砜的动态...
在这项工作中,作者研究了ChB在亚磺酰基二苯甲醛化合物的反应性中的作用,主要是通过分子ChB引导的底物构象异构化来实现NHC催化氧化亚砜的动态动力学拆分(fig.1d),从而合成了一系列的手性亚砜化合物。作者通过1a的固态X-射线结构分析揭示了底物中硫和氧原子之间存在ChB,而ChB破坏了1a的对称性,因此使1a这种对称的...
Science速递:强化学习自上而下设计蛋白质结构
作为进化选择的结果,自然产生的蛋白质组件亚基经常通过大量的互补形状结合在一起,以当前设计方法无法实现的方式产生功能最优的结构(www.e993.com)2024年7月28日。这篇发表在Science上的文章描述了一种“自上而下”的基于强化学习的设计方法,使用蒙特卡罗树搜索(MCTS,MonteCarlotreesearch)在整体架构和指定功能约束的背景下对蛋白质构象异构体进行...
悲剧or春天?AlphaFold究竟给结构生物学家带来了什么?
这些数据通常可以用不同的方式来解释,尤其是当涉及到构造的微妙细节时。注意,这里所说的「微妙」并非微不足道,有时候一些微小的东西可以对蛋白质功能产生重大影响,比如脯氨酰异构酶,它的任务是使脯氨酸残基在整个链中以顺式或反式的构象存在。有了这类经过良好验证的结构模型之后,X射线数据的处理方式也发生...
【学术前沿】Cell Res | 北京大学王继纵/邓兴旺揭示植物远红光...
AtphyA-Pr中PSM构象、PSM–PAS2相互作用和HKRD–PSM相互作用的差异是否有助于其Pfr稳定性仍有待研究。显然,phy蛋白在其Pfr构象中的结构将为其光谱特征提供进一步的机制见解。值得一提的是,除了构象稳定性外,phy蛋白的丰度、亚细胞定位和半衰期在这方面也很重要。
从沙格列净谈手性杂质控制的一般思路
从结构式可知沙格列汀结构中含有4个手型中心,理论上可产生16个异构体,由于环丙基上的两个手性中心只能产生2种构象,因此实际上包括沙格列汀在内总共有8个异构体,见图2。图2沙格列汀及其异构体5.1杂质溯源与风险分析文献报道的沙格列汀合成路线有很多,本文参考原研公司发表的经改进的工艺路线对沙格列汀中异...
Nature一周论文导读|2023年5月25日
(导读阿金)细胞过程是生物分子之间互作的产物,与生物活性复合物的形成相关。本研究系统上改变并确定了形成HIV-1TARRNA蛋白质结合构象倾向的特征,可从定量角度预测TAR与Tat蛋白质RNA结合区域的结合亲和力,以及细胞中HIV-1Tat依赖性反式激活的程度。结果揭示了由意外罕见的短暂RNA构象状态驱动的细胞过程。]...