AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?
当不同的氨基酸连成一串的时候,它们会脱水形成肽链,也就是蛋白质的一级结构;而这样的一级结构是不稳定的,受到疏水作用、氢键和范德华力等影响,肽链最终会折叠成一个非常复杂而稳定的三维结构。图1是一个蛋白质折叠前后对比的例子。图1:蛋白质折叠示意图丨图源:wiki蛋白质折叠成何种结构决定了它将具有何种功能,...
《食品科学》:西南民族大学郝刚副教授等:低盐环境下蛋白质氧化对...
通过改变肉的pH值,发现空白组的蒸煮损失在pH8.0时较pH5.0低,这与离心损失的变化趋势一致,这可能是因为pH8.0远离蛋白等电点使其静电斥力增加,从而增加其容水空间,另外带电荷的蛋白与肌肉中的游离水紧密结合使其持水能力增加。7不同氧化条件下T2的变化由图7可知,图谱中共有3个峰,其中T20.285...
科学家从头设计酸碱响应性自组装螺旋蛋白质纤维,在高分辨率结构...
据了解,该团队在设计自组装螺旋蛋白质纤维时,蛋白界的AI还未兴起,因此他们主要用Rosetta基于物理能量和统计能量计算方式。沈浩指出,目前,AI对于螺旋对称性的预测还不准确,未来会引入AI方法到课题的不同方面。该课题组的下一步计划,是研究纤维在酸碱度响应下组装的材料性质。例如,对溶液黏稠度,以及对生...
诺奖剑指AI?谷歌蛋白质结构预测模型获2023年拉斯克奖
蛋白质在细胞内扮演关键角色,其功能与三维结构紧密相关。虽然60多年前科学家确定氨基酸序列编码蛋白质结构,但由于构象多样性,尝试所有可能的结构排列几乎不可能。为克服挑战,科学家采用多种方法,包括使用蛋白质数据库片段来预测局部结构,但存在限制。2018年,科学家开始引入机器学习到蛋白质结构预测,不同于传统方法...
新一代蛋白质预测模型登上《自然》杂志,让生物世界更“高清...
在蛋白质结构生成中,将会出现两类潜在问题:一方面,针对天然无序蛋白,“阿尔法折叠3”可能会生成误导性的结构信息;另一方面,针对由多个无序区链接不同结构域的蛋白,“幻觉”可能会导致不同结构域的相对位置异常。研究者采用了一些方法来降低“幻觉”带来的影响,但风险依旧存在。
AlphaFold3问世,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构
但是,目前用户对AlphaFoldServer的访问次数是有限的(www.e993.com)2024年7月10日。当前,科学家每天只能进行10次预测,这不太可能获得与可能的药物结合的蛋白质结构。以下视频来源于XOmics视频链接:httpsmp.weixin.qq/s/IcKOIAqEM4B2fdOsE5cfVAAlphaFoldServer:httpsgolgi.sandbox.google/about...
《自然》重磅!AlphaFold 3不止预测蛋白质结构,还可以…
重要的是,AlphaFold3所预测的结合模式几乎与实验中的晶体结构完全一致,而所预测的无配体结构则显示了一个呈扁平和开放状态的不同口袋构象。AlphaFold3在蛋白质有无配体的状态下显示不同的结构预测,表明它能够根据其他分子的存在,情境性地调整蛋白质结构。
新算法揭示蛋白质进化秘密
一个国际科研团队在9月13日出版的《自然》杂志上刊发论文称,他们开发出一种新算法,来比较“阿尔法折叠”数据库中所有已预测蛋白质的结构,揭示了不同物种蛋白质之间的相似性。最新研究结果有助科学家理解蛋白质的进化历程,并为人类免疫蛋白质的起源提供了新见解。
大型语言模型的下一个前沿——生物学
在预测蛋白质三维结构方面,ESM-2/ESMFold与AlphaFold一样准确。但与AlphaFold不同的是,它能够根据单个蛋白质序列生成结构,而不需要输入任何结构信息。因此,它比AlphaFold快60倍。当研究人员希望在蛋白质工程工作流程中同时筛选数百万个蛋白质序列时,这种速度优势就会产生巨大的不同。对于缺乏进化相似类似物的孤儿蛋白,ESM...
...张文涛博士等:超声功率对牛肉干品质及牛肉肌原纤维蛋白结构的...
这说明超声处理破坏了肌原纤维蛋白的结构,促使其结构展开,暴露出更多疏水基团,在有效改善牛肉干嫩度的同时,也增加了水分的保持,加快了食盐渗透,进而提高了牛肉干的保水性和盐含量。但超声功率过高引起的高pH值和水分含量不利于牛肉干的贮藏,另外,过高的功率还会增加蛋白过度氧化的风险及额外的能源消耗。综上,结合感官...