他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

有些蛋白质是结构性的,有些蛋白质是功能性的。结构性的蛋白质组成生物的身体——头发和指甲里的角蛋白,皮肤里的胶原蛋白,肌肉纤维里的肌球蛋白,血管里的弹性蛋白。功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质...

超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通...

2024化学诺奖专家解读:颁给蛋白质预测和AI实至名归,化学家还不会...

“从蛋白质一级结构预测高级结构是化学生物学家、结构生物学家和物理化学家都非常关心的一个重要问题。”他说，“AI确实在某种程度上解决了它。”AI只是工具：生物化学家还不会“失业”“自己辛辛苦苦花费数年解析出来的蛋白质结构被AI很快精准预测了，很多结构生物学家心里确实会不舒服。”沈琦说。不过在他看来，...

...郭增旺副教授等:乳脂肪球膜的结构特性及其体内代谢研究进展

DG具有调节血脂水平、减轻糖尿病及其并发症等生理功能。甘油一酯在乳化剂、增稠剂和生化试剂等方面有广泛应用。胆固醇是合成脂蛋白、胆汁酸、激素和钙化醇所必需的,因此是婴儿生长所必需的。近年来发现,MFGM上存在“生物膜脂筏”。生物膜脂筏是磷脂双分子层中胆固醇和SM组成的约70nm微结构域,以动态结构形式存在,...

又一突破性成果!人工智能大模型预测蛋白质结构速度再次提高数百倍!

接下来,在更大的层面上,螺旋或环又进一步折叠成一个三维空间内紧凑的结构,被称为蛋白质的三级结构(www.e993.com)2024年11月8日。所有蛋白质都有三级结构,三级结构跟蛋白质的稳定性关系最大,如果三级结构被破坏,蛋白质就会失去部分或全部功能。部分蛋白质还有四级结构,传统实验室观测蛋白质结构的方法主要有三种,即核磁共振、X射线晶体学、冷冻电...

氨基酸全序列分析是从一级和二级开始的吗?

氨基酸全序列分析通常从一级结构开始。一级结构是蛋白质的氨基酸序列,即氨基酸按照一定顺序通过肽键连接形成的多肽链。一、一级结构分析步骤分析一级结构是理解蛋白质功能和结构的基础,通常涉及以下步骤:1、氨基酸序列测定通过方法如质谱分析、Edman降解等技术确定蛋白质的氨基酸序列。

David Baker:可预测所有生物分子,生成具有高级结构的蛋白质

可模拟所有生物分子,从头合成高级功能蛋白质,已免费开源蛋白质是生命活动的物质基础,也是细胞内部的主要功能分子。公开资料显示,AlphaFold是DeepMind推出的蛋白结构预测工具;RoseTTAFold是DavidBaker实验室推出用于预测蛋白质结构的深度神经网络,RFdiffusion则是该实验室推出用于从头构建全新蛋白质的生成式AI工具...

不只是 AlphaFold!一文读懂蛋白质折叠的前世今生

类似地,一长串氨基酸分子在自发折叠成其特定形状(生物学家将其称之为结构)之前没有任何功能。蛋白质的结构决定了它如何与其他分子结合或相互作用,因此也决定了它在细胞中的作用。图|蛋白质结构水平(来源:MarkBelan)地球上已知的蛋白质有数亿种,未知的也有很多。它们承担着各种各样的功能:血红蛋白和肌红蛋白将...

模拟5亿年的进化信息,首个同时推理蛋白质序列的生物学大模型

ESM3解决具有挑战性的蛋白质设计任务的能力,会随着蛋白质规模的扩大而显现。其中一项任务是原子协调,即根据指定序列中距离较远但结构中距离较近的氨基酸原子位置的提示来设计蛋白质。这衡量了模型在结构生成中实现原子级精度的能力,这对于设计功能性蛋白质至关重要。ESM3解决这些任务的能力随着规模的扩大而提高,也...