斯坦福博士图解AlphaFold 3:超多细节+可视化还原ML工程师眼中的AF3
构象(构象异构体的简称)是分子中原子的三维排列,通过对单键的旋转角度进行采样而生成。每种氨基酸都有一个「标准」构象,但这只是该氨基酸存在的低能量构象之一,可以通过查表找到。不过,每个小分子都需要生成自己的构象,利用RDKit中的ETKDGv3算法,同时结合了实验数据和扭转角偏好来生成三维构象。然后,我们将该构...
大连理工大学2025研究生考试大纲:《894化学综合》
有机化合物的构造、构型、构象异构现象,立体异构体的结构表示、标记;烯烃、环烷烃的几何异构;含有不同手性中心的对映异构现象,对映体、非对映体、内消旋体等概念;链烷烃、环烷烃的构象异构现象,极限构象、优势构象等重要概念。三、饱和烃烷烃的结构、物理性质及其变化规律;烷烃的化学性质、自由基取代反应及其机理,...
新药研发(六)| 先导化合物下篇:药物设计之苗头化合物的改造
3D-QSAR(三维定量构效关系)则是一种基于分子的三维结构和生物活性之间的关系来预测和解释化合物的活性的方法。它通过考虑分子的空间构型、电荷分布、立体异构体等信息来构建模型。2D-QSAR的优点是计算速度快,模型构建相对简单,并且可以使用大量已知的分子信息进行预测,可以用于研究药物的ADME对活性的影响。然而,它忽...
独家原创 | 盛荣副教授:靶向核受体的抗前列腺癌小分子药物研发新...
雄激素与AR的LBD中的LBP结合后,诱导AR构象发生变化,随后,AR与HSP分离,发生同源二聚化,并易位至细胞核内,二聚化AR的DBD与DNA上的雄激素应答元件(androgenresponseelement,ARE)结合后,招募一系列转录共调节因子,进而调节近百种AR靶基因的表达,包括前列腺特异性抗原(prostate-specific...
Angew.浙大丁寒锋课题组五味子三萜Schiglautone A阻转异构体的全...
近日,浙江大学化学系丁寒锋课题组在Angew.Chem.Int.Ed.报道了五味子三萜SchiglautoneA的一个阻转异构体的全合成(DOI:10.1002/anie.201809076),该全合成关键策略有:1)通过两个连续的钛(III)催化自由基环化和同系化反应,构建反式[6,7]双环骨架以及在C10和C14上构建季碳手性中心;2)Claisen重排接闭环复...
一阴一阳之谓道:顾伟实验室总结p53基因在肿瘤代谢中的复杂作用
铁死亡(ferroptosis)是哥伦比亚大学BrentStockwell教授在2012年发现的一种细胞死亡新形式(www.e993.com)2024年7月28日。铁死亡有三个核心要素:铁、脂质和活性氧(ROS)。鉴于p53可以参与这三者的代谢调控,可以推断p53也许能够参与调节铁死亡。顾伟实验室在2015年的一篇Nature论文里首次揭示了p53可以通过促进细胞发生铁死亡从而抑制肿瘤发展。
Nature一周论文导读|2023年5月25日
(导读阿金)放射性元素钍-229拥有一种异常低激发能态的异构体,可通过激光直接操控核子状态,是下一代光学钟的理想候选粒子。本研究报告检测到钍-229低能态异构体的辐射衰变过程,通过测量嵌入到大带隙的CaF2和MgF2晶体中的钍-229的真空紫外光谱,得到8.338(24)??eV的光子能量,与最近的测量相符。嵌入到MgF2中的钍...
Science:诺奖得主半个世纪前的理论,首次被观察证实!
构象异构体可以通过围绕单个化学键的旋转相互转化。构象异构体之间的相互转化代表了许多双分子反应中的一个重要步骤,其中反应物物质不仅必须以特定的方向相遇,而且必须以特定的结构构象。此外,构象异构体动力学在大分子结构(例如,蛋白质折叠)的自排序中自然产生。然而,由于已建立的实验方法对构象异构体不敏感,因此对其飞...
香山科学会议专栏2:单分子科学的机遇与挑战——(程丽, 贾传成*...
除了传统的合成反应,单分子结也为研究光化学反应提供了崭新视角.最近,光致异构分子在光场下的构象异构反应吸引了广泛关注.基于光致异构分子构建单分子结,分析不同光照状态下的电导可获得光化学反应过程的信息.美国哥伦比亚大学Nuckolls课题组曾以单壁碳纳米管作为电极,并利用酰胺共价键与二芳烯分子相连构建了单分子结....
珈学周报|第103期:本周焦点&学情速览&《黄昏里的男孩》
本文中,他们设计了一种具有多种构象的分子前体,在不同温度下将其和对苯二胺缩聚,分别合成了不同维度的两种COF(2D-PATB-COF和3D-PATB-COF),首次报道了维度异构体。结构解析显示,2D-PATB-COF为层状堆积结构,分子构筑单元为近四边形构型;3D-PATB-COF为12重穿插dia拓扑结构,分子构筑单元为近四面体构型。此外,...