OpenAI GPT-4 AI 模型潜力挖掘:高精度建模基础蛋白质结构
科学家们要求GPT-4建立20种标准氨基酸的三维结构模型,在反馈结果中准确地预测了原子组成、键长和角度,不过GPT-4在模拟环状结构和立体化学构型时却出现了错误。在另一项实验中,GPT-4被要求模拟常见的蛋白质结构元素--α-螺旋的结构,需要集成Wolfram插件进行数学计算,结果模型与实验确定的α-螺旋结构...
独创方法提升蛋白质结构预测精度 腾讯AI Lab联合研究登上Nature子刊
但此前,通过“从头折叠”方法预测的蛋白质结构精度不高,难以满足晶体数据解析的精度需要。而在腾讯tFold工具加持下得到的高精度“从头折叠”的结构模型,为分子置换方法提供相位,继而解析确定2.8??原子级别精度的SRD5A2晶体结构。这一结果能直接推进我们对体内SRD5A2活性失调引发的各类疾病的理解,进而为基于S...
AI填补蛋白质设计一大空白,或揭秘癌症、痴呆症发病机制,促进新药...
IDPs具有极端但通常非随机的结构异质性,不能形成稳定的折叠结构,因此与折叠蛋白质相比,IDPs的结构预测更具挑战性,其计算设计仍然受限。为此,FrancescoPesce和同事们已经解决了这个挑战。在之前发布的名为CALVADOS的计算模型的基础上,他们设计了一个通用算法来生成具有预定义全局属性的IDPs,并使用它来生产四...
Cell Research | 卢培龙/刘磊团队合作报道镜像结合蛋白的精确从头...
此外,研究人员解析了D型结合蛋白与人工设计的L型α螺旋短肽复合物的晶体结构,解析分辨率为2.0??(图2)。结构分析显示,晶体结构与设计模型的主链碳原子RMSD仅为0.6??,且相互作用界面上的氨基酸构象与设计模型高度一致。这证明了该设计具有极高的精确度。该研究同时揭示了异手性α螺旋相互作用的独特结构基础,该模...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
??仅一轮带有少量突变的大规模筛选,就足以实现结构的高精度预测。??对于实验的5个蛋白质中的4个,只进行了一轮深度突变序列的筛选,就足以使预测结构的准确度达到小于2??RMSD。其中3个蛋白质的表现甚至优于使用天然同源序列的AlphaFold2。??唯一一个预测结构RMSD大于2??(2.92??)的蛋白质,有一个完全...
《自然》重磅:阿尔茨海默病毒蛋白的真面目,终于显露了
研究结果显示,Aβ细丝排列相当“随意”,具有分支结构,其间还夹杂着细胞外囊泡、液滴、膜碎片等细胞成分;相对的,tau蛋白细丝则排列得非常整齐,能缠出这么规整“线团”的人肯定是个强迫症(www.e993.com)2024年9月7日。左Aβ(蓝绿色),右tau(橙红色)论文题图此前已经有不少通过冷冻电镜技术解析Aβ和tau结构的研究,但那些研究采用的样本普...
Nature Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构...
首先,作者开发了DeepMSA2,利用递推动态规划和隐马尔科夫模型算法,从海量宏基因组(metagenome)序列库中快速提取高质量的MSA数据。然后又利用新开发的DMFold算法构建蛋白质复合物的三维结构。实验结果显示:DMFold/DeepMSA2对蛋白质复合物的结构预测精度要显著优于AlphaFold2等算法,且在抗体-抗原复合物结构预测问题上表现尤...
...马剑鹏团队在计算生物学取得突破,实现蛋白质结构冷冻电镜解析...
该算法不但能成功解析冷冻电子显微镜(Cryo-EM)结构解析技术中因传统方法无法分辨而缺损的生物大分子(比如蛋白质、核酸或蛋白质/核酸复合物等)结构,并且能高效精准地分辨出柔性结构域在受测样品中的构象分布。这一新方法能有效建立高精度的生物大分子结构模型,帮助解决药物设计中因目标蛋白结构不准而导致的新药研发失败...
【国盛通信】Fabrinet股价背后的逻辑
据C114报道,科技媒体TheDecoder引述罗格斯大学的一项研究表明,OpenAI公司的GPT-4语言模型能高精度模拟简单的氨基酸和蛋白质结构。相关研究成果发表在《ScientificReports》上,该科研团队使用GPT-4AI语言模型,探索其在基本结构生物学任务中的表现,结果发现该AI模型可以准确预测分子结构。科学家们要求GPT-...
谷歌AI药物研发模型AlphaFold重磅升级:预测所有生命分子的结构和...
60多年前,科学家确定了氨基酸序列编码蛋白质结构,但由于构象多样性,几乎不可能尝试所有可能的结构排列。为克服挑战,科学家采用多种方法,包括使用蛋白质数据库片段来预测局部结构,但存在限制。普通的实验方法了解分子间相互作用不但耗时可能需要数年,而且成本极高。