Cell | TEX264驱动的选择性自噬促进DNA修复和细胞存活
结果表明,溶酶体中分离的DNA片段主要来自核内DNA,且大部分来自内含子和着丝粒区域,表明溶酶体可以清除整个TOP1cc损伤,包括其蛋白质部分和相关的DNA片段。使用TOP1cc特异性抗体和LysoIP等技术证实了TOP1cc在低剂量CPT处理后在细胞质中的存在。这表明TOP1cc可以从核内被运送到细胞质,并被溶酶体降解。图1TEX...
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
在此基础上,我们发展了单结构域蛋白质的拓扑改造方法,实现了一系列单结构域蛋白质拓扑异构体的选择性合成,并初步探讨了拓扑对构效关系的影响。结果表明,拓扑结构可显著提升蛋白的稳定性和耐酶切稳定性、抗变性、抗聚集能力,提示其在蛋白质药物和工业酶等方面具有广泛的应用前景。进一步地,我们认为可能存在着与目前线...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
short-read测序是检测和定量转录组范围基因表达的最常见方式,部分原因是因为它比表达芯片更便宜、更易于应用,但更主要的是它可以获得全转录组水平高质量的表达数据。采用Illumina的short-read测序做DGE分析的核心步骤包括RNA提取,cDNA合成,接头连接,PCR扩增,测序和数据分析(图一)。由于mRNA片段化和基于beads的文库纯化过...
理不辨不明:关于胶原蛋白的技术探讨(上)
目前市面上能批量购买到的作为化妆品原料的重组胶原蛋白,并不是全长的三螺旋的完整结构蛋白,而是从其中一条肽链中选择具有生物活性的某一片段‘重组”合成的。其中很多片段的氨基酸序列并不长,所以我们可以理解为都是“肽”。4、胶原蛋白肽一般意义上的“胶原蛋白肽”有两种:1)比如深海鱼胶原这种大胶原的水解...
【Cell Chemical Biology】非降解型分子胶的分子机制
C-RAF选择性片段(片段7)的结合模式如下图所示。值得注意的是,14-3-3/客户蛋白的多样性导致了命中化合物的多样性,适合进一步的结构优化。发现非选择性片段(片段1)可以稳定14-3-3σ/ERα和14-3-3σ/CRAF复合物,并且对C-RAF具有更强的偏好。片段1被用作通过结构引导优化开发14-3-3σ/ERα复合物的不...
《科学》:125个最具挑战性的科学难题
例如,与目前非选择性地增强或抑制整个免疫系统不同,未来我们可能能够重新平衡失调的免疫系统(www.e993.com)2024年10月17日。在人类和动物模型中进行的研究几乎涉及了免疫反应的每个方面,并检查了许多免疫细胞群,但仍有一些未解决的问题。基因组学、蛋白质组学和其他组学数据是有用的。但是人类免疫系统是动态的,非常个性化的,因此动物模型的使用有限...
当达尔文遇见拉马克——达尔文学说2.0|《信息、生命与物理学》
DNA是一种物理对象,在复制过程中必定会产生随机性错误,这为遗传变异提供了机制,自然选择也会借机发挥作用。将所有基因和基因编码的蛋白质功能罗列出来,并不算大功告成,我们还需要了解更多的细节。大约20年前,这种过分简单化的演化论观点开始消亡。生命从一份罗列出各类蛋白质的清单到一幅功能性三维解剖结构图,走过...
综述| NAT REV MICROBIOL:微生物群落中的水平基因转移分析
不同环境的MGEs具有不同的GC含量百分比、k-mer组成和基因内容。例如,与携带抗生素抗性基因的质粒相比,携带杀虫剂抗性或金属抗性基因的质粒往往更大,更有可能携带毒素-抗毒素系统,这可能反映了不同环境中的潜在选择压力。如果有更好的基因转移分析方法,我们很快就能回答以下问题:HGT在微生物群落的弹性和适应性方面的...
哲夫:试转一下转基因的基因
这是真正意义上的人文蛋白的生命基因。6、狗猛酒酸的基因我注意到,中科大单革教授实验室发现一类新型环状非编码RNA,被称为生命体小宇宙非编码"暗物质"。环形非编码RNA有别于线形RNA,环序列两端经常会有互补的重复序列存在。成果发表在国际知名杂志《自然·结构和分子生物学》。所以我想,分子小宇宙还有多少编外...
药品开发的新视角:G-四链体与膳食黄酮类化合物的相互作用
基因启动子序列中G-四链体DNA配体介导的结构调控或可控制有害基因表达。增加G-四链体DNA的产生和稳定性的研究显示,基于G-四链体DNA与转录调节蛋白的关联可进行转录调控。不论是化学荧光团还是金属复合物,G-四链体DNA结构稳定的化学物质的配体都可以作为G-四链体-DNA构象的探针。G-四链体DNA相互作用后,探针的...