Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(spatialomics)也在积极研究中。通过结合新兴的三代长读长long-read和directRNA-seq技术,以及更好的计算分析工具,RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从...
复旦上医团队系统描绘DNA转录成RNA起始连续动态全程
启动子逃逸是转录从起始到延伸的关键转折步骤,在这一过程中RNA聚合酶II的构象需要发生变化,在生成RNA产物的同时解离通用转录因子。长期以来,这一过程一直蒙着神秘面纱。中国科学院生物物理研究所研究员朱冰点评认为,“揭示启动子逃逸过程”是领域中一个长期未能解决的问题,“因为这是一个快速的动态事件,RNA聚合酶II...
Nat Methods丨scNanoSeq-CUT&Tag技术:可精准检测单细胞基因组复杂...
基于二代测序平台检测方法的另一个主要局限在于无法在单细胞水平上直接检测同一条DNA分子上相邻调控元件(例如相邻的启动子和增强子)是否存在相同组蛋白修饰或相同转录因子的共占位事件。此外,短读段也限制了其对染色质修饰进行单倍型分析的能力,而单倍型分析对于探究二倍体细胞中等位基因上调控元件间的相互作用及深入理解...
RNA靶向基因激活疗法
启动子区和增强子的双向转录分别产生非编码启动子RNA(pRNA)和增强子RNA(eRNA)。从蛋白质编码基因座、反式作用的长非编码RNA(lncRNA)、pRNA和eRNA的反义链转录的天然反义转录物(NAT)可以对靶基因进行表观遗传修饰和转录调控。NAT的一个关键特征是,它们可以特异性地以顺式或反式的方式调节其正义基因的转录、RNA加...
Nature | 端粒酶的非经典功能——TERT增强干细胞的竞争能力
端粒酶由端粒逆转录酶(TERT)和端粒酶RNA组件(TERC)组成,其中TERT是端粒酶的催化亚单位,具有逆转录酶的活性,能够将RNA模板逆转录成DNA,而TERC是一个小的非编码RNA支架,能够作为端粒酶的RNA模板,提供延长端粒所需的模板序列1。传统的端粒酶研究主要集中在TERT的催化功能,即通过延长端粒来维持细胞的增殖能力。
张锋最新Science论文:发现“隐藏基因”,揭开全新遗传调控方式
这两项研究进一步确定,该启动子驱动了mRNA转录,而这个mRNA反过来编码了一种蛋白质,从串联的cDNA转录的mRNA不包含任何终止密码子,由于该蛋白质可能会非常长(取决于cDNA中的重复次数),张锋团队和SamuelSternberg团队都将其命名为Neo,意为“永无止境的开放阅读框”(Never-EndingOpenreadingframe),这一命名也致敬...
2024合成生物学竞赛常规赛队伍专题之CPI团队丨启动子:生命活动...
启动子运行机制对于一个细胞来说,位于染色体上的基因就像是它的大脑,蕴藏各种各样的策划方案,策划方案是由原料四个代表名:A、T、E、C通过不断地排列组合成一段段命令构成的一个秘密文件,基因通过传达指导合成特定蛋白质或RNA的指令,指挥细胞行使正常的功能。基因的正常表达需要工人(各种酶)以策划方案为行动指南,...
RNA-seq如何助力血液肿瘤精准诊疗?
目前,基于NGS技术的血液肿瘤基因检测技术主要包括:全基因组测序(WGS)、全外显子测序(WES)、DNA靶向测序、转录组测序(RNA-seq)等。其中,基于靶向DNA测序技术的大panel最为常用,通常覆盖多基因的全外显子、局部内含子与部分启动子,能够有效地检出包含融合基因在内的多种变异类型。然而,这种基于DNA检测基因融合的方法...
国自然撰写:经典分子机制研究(一)|位点|质粒|扩增|dna|rna|聚合酶...
真核细胞RNA聚合酶自身对启动子并无特殊亲和力,单独不能进行转录,也就是说基因是无活性的。因此,转录需要众多的转录因子和辅助转录因子形成复杂的转录装置。在基因转录起始阶段,通用转录因子协助RNA聚合酶与启动子结合,但其作用很弱,不能高效率地启动转录。只有在反式作用因子(基因特异性转录因子)的协助下,...
Nature子刊:仁济医院王博石团队揭示转座元件助力肝癌研究
TE可以作为启动子发挥作用,驱动癌基因表达和肿瘤发生,从而促进肿瘤的发生和维持。它们可以建立涉及KRAB锌指蛋白家族的调节回路,来抑制肿瘤。此外,TE可以与表观遗传事件(如DNA甲基化和组蛋白修饰)相互作用,以调节基因表达模式,并促进肿瘤生长。TE参与肿瘤表观遗传调控,代表了TE沉默,以维持基因组稳定性的结果。抑制TE的...