中药多组学思路1区: 北中医揭示虎杖苷调节糖尿病大鼠肝脏糖脂代谢...
4.正离子模式下的代谢组学分析。5.负离子模式下的代谢组学分析。6.所选关键差异代谢物的相对丰度。7.转录组分析。8.转录组WGCNA分析。9.基于模型组、对照组和虎杖苷组转录组学的GSEA。10.转录组学和代谢组学的相关性分析。11.代谢物和基因的富集分析。12.iPath路径图分析。13.通过qPCR分析关键...
Fruit Res 编委动态 通过调控苯甲醛代谢可以增强果实香气和抗性
通过采用转录组和代谢组联合分析的WGCNA分析方法,筛选到参与苯甲醛形成的糖苷水解酶候选基因。过量表达PpGH28BG1显著减少桃和番茄果实的BAld-H含量;沉默PpGH28BG1则显著促进了桃果实的BAld-H积累,但不影响其他VOCs-H含量。为了探究PpGH28BG1的作用底物,对重组蛋白进行体外酶活检测。虽然已有报道显示扁桃苷、野黑...
iMeta | 东北林业大学冯富娟组发现丛枝菌根真菌诱导削弱镉的迁移
根代谢物质的组成在不同处理下表现显著差异(P<0.05,图S7A),其中CdvsAMCd处理组差异最大(包含301种差异代谢物),AMvsAMCd次之(包含235种差异代谢物)。基于BrayCurtis和ANOSIM差异分析可知,AMF是造成代谢物质差异的主要因素(BrayCurtis排名最大,图S7B),其可能是通过上调黄酮合成、氨基酸代谢、苯丙素...
...Physiol | 浙江大学果实品质生物学团队发现通过调控苯甲醛代谢...
该研究发现,BAld-H是桃果实挥发性化合物糖苷前体(VOCs-H)中含量最高的物质,是游离态苯甲醛含量的100多倍。通过采用转录组和代谢组联合分析的WGCNA分析方法,筛选到参与苯甲醛形成的糖苷水解酶候选基因。过量表达PpGH28BG1显著减少桃和番茄果实的BAld-H含量;沉默PpGH28BG1则显著促进了桃果实的BAld-H积累,但不影响其...
特别关注|非酒精性脂肪性肝病多组学研究现状
非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)是与肥胖和代谢综合征密切相关的代谢应激性肝病,疾病谱包括单纯性脂肪肝、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)及其相关肝硬化和肝细胞癌(HCC)。单一组学数据仅能分析NAFLD与某种特征性生化指标之间的关联,但无法说明其中复杂的因果关系。随着基因组学、转录组学、表观组学、蛋白质组学及代谢组学等的...
整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理
生命组学(基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等的集合)的海量数据如何帮助我们揭示宇宙中最复杂的物质系统——“人体”的构成原理和设计原理?阐释人类发育、衰老和重大疾病的发生机制?本文是国家蛋白质科学中心(北京)谢林海博士撰写的对转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学、空间转录组学的概念、数据、方法...
年终盘点 | 华大科技代谢组全年回顾
代谢组回顾2022年,华大代谢组学研究始终以技术为驱动,不断攀升科研新高度。在这一年,非靶向代谢组学、脂质组学完成多项升级,高通量靶向代谢组学、靶向代谢组学和空间代谢组学等新品持续推出,代谢组学产品实现Dr.Tom系统交付及相关多组学关联分析升级等。
8+!单细胞测序与代谢组学破译脓毒症免疫相关脂质代谢基因~
为了验证唯一参与脓毒症中所有单核细胞分化状态的枢纽基因MAPK14的作用,本研究采用UHPLC-MS系统进行代谢组学研究。PCA得分图表明两组样本具有显著差异,并且基本处于95%置信区间内(图7A)。然后建立正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)以识别两组的模式并探索差异表达的代谢物(DEM)(图7B)。共获得449个...
百趣代谢组学文献分享:间歇性禁食调节糖尿病脑损伤多组学研究
3.代谢组学分享—IF对线粒体功能相关基因、肠道菌群和代谢物的影响RNA-seq分析发现1181个在db/db-IF组中增加的基因,这些基因中大部分富集于线粒体相关的GO;KEGG通路分析发现,IF通过调节线粒体基因表达增加与氧化磷酸化相关基因的表达;进一步的WGCNA分析发现与IF相关的49个hub基因,而这些基因大部分富集于线粒体和...
Science子刊:肺纤维化新的治疗前沿—纤维化代谢组学
纤维化背景下的复杂的多向代谢网络需要动态的,多层次的代谢组学方法的应用。在癌症中,体外体内使用稳定同位素标记的代谢物(如13C标记的葡萄糖)结合计算机模型,集中于代谢途径和代谢网络的整合方法,例如,权重基因共表达网络分析(WGCNA),揭示了肿瘤发生过程中不同代谢物的效用性,可在识别代谢物靶向治疗方面具有变革性...