Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
在short-readRNA-seq建库前利用唯一分子标识符(UMI)标记cDNA分子,从而解决短读长问题做到测序全长mRNA。基于这个技术可以对长达4kb的转录本异构体进行鉴定和定量。从根本上解决short-cDNA测序固有限制的最有效的方法还是long-readcDNA测序和dRNA-seq方法。long-readcDNA测序尽管Illumina是目前主流的RNA-seq...
Science一周论文导读|2024年10月4日
本研究在研究肺炎克雷伯菌的DRT系统时发现:该细菌未被噬菌体感染时,其逆转录酶能使用非编码RNA(ncRNA)作为模板,在ncRNA分子折叠成环状的区域连续逆转录,形成多联体互补DNA(cDNA);而细菌被噬菌体感染会触发该多联体cDNA转化成双链DNA,成为一个存在于染色体之外的全新基因neo。neo编码的蛋白质产物...
Science丨挑战教科书——非编码RNA的滚环式逆转录生成毒蛋白,助...
结果显示,噬菌体侵染时,DRT2逆转录酶会以非编码RNA为模板进行滚环式逆转录和cDNA第二链合成,最终形成的双链DNA中包含有效启动子和蛋白编码序列,双链DNA经过转录翻译产生的毒性蛋白Neo能有效阻滞细菌的生长,最终抵抗噬菌体感染。前期研究证实,大肠杆菌中表达肺炎克雷伯菌的DRT2逆转录酶系统(包括280bp的ncRNA和425氨...
倒计时5天!过去10年,这些突破获得诺贝尔生理学或医学奖
KatalinKariko博士在早期研究工作中,成功地在体外合成mRNA并将其引入细胞内,让细胞产生目标蛋白质。后期她与DrewWeissman博士合作,共同克服了mRNA技术应用的关键障碍——通过修饰mRNA,避免动物免疫系统的攻击,让mRNA得以生效,此外他们还发现了另一种修饰能够提高mRNA翻译效率、产生更多蛋白。在更多科学家通过对脂质体的大...
无论你是“E人”或是“I人”,今天我们都是“P人”
定量逆转录PCR(quantitativereversetranscriptionPCR,RT-qPCR)是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。在该方法中,总RNA或信使RNA(mRNA)首先通过逆转录酶转录成互补DNA(cDNA)。随后,以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR可通过一步法或两步法来完成。一步法RT-qPCR把逆转录与PCR扩增结合在一起,...
张锋最新Science论文:发现“隐藏基因”,揭开全新遗传调控方式...
这两项研究观察到,逆转录酶(RT)使用相关非编码RNA(ncRNA)中一段特定的120个碱基作为模板来生成互补DNA(cDNA)(www.e993.com)2024年11月8日。逆转录酶在一次逆转录过程中不会停止,而是跳回到120个碱基序列的起始点,并以所谓的“滚环”(rollingcircle)反应继续进行,从而生成一个包含多个逆转录模板重复序列的长cDNA。最常见的生成的cDNA包含模板的...
颠覆教科书!张锋最新Science论文:发现“隐藏基因”,揭开全新遗传...
这两项研究观察到,逆转录酶(RT)使用相关非编码RNA(ncRNA)中一段特定的120个碱基作为模板来生成互补DNA(cDNA)。张锋团队(徐沛雨和MakotoSaito为论文共同第一作者)在Cell期刊发表了题为:StructuralInsightsintotheDiversityandDNACleavageMechanismofFanzor的研究论文1。该研究展示了Fanzor蛋白在不同...
刚发Cell,又登Science!张锋团队两大领域新突破!
这两项研究观察到,逆转录酶(RT)使用相关非编码RNA(ncRNA)中一段特定的120个碱基作为模板来生成互补DNA(cDNA)。逆转录酶在一次逆转录过程中不会停止,而是跳回到120个碱基序列的起始点,并以所谓的“滚环”(rollingcircle)反应继续进行,从而生成一个包含多个逆转录模板重复序列的长cDNA。最常见的生成的cDNA包含模板的...
Science:细菌能够在基因组外从头生成新基因,以对抗病毒感染_澎湃...
总的来说,这项颠覆性研究表明,DRT2系统执行了一种前所未有的免疫防御机制,该机制涉及通过非编码RNA(ncRNA)的滚环逆转录来指导DNA的从头合成,并通过程序化模板跳跃产生串联的cDNA重复序列。噬菌体感染触发第二链cDNA合成,导致长双链DNA(dsDNA)的产生。值得注意的是,这种DNA产物可以有效转录,产生mRNA编码无终止密码子...
江南大学杨瑞金教授等:Bifidobacterium pseudolongum JNFEN6低聚...
4I11uminaHiSeqmRNA测序及质量评估将IlluminaHiSeq测序得到的原始图像转化为序列数据。经过数据过滤后,结果如表2所示。原始碱基错误率均小于0.1%,Q20和Q30均高于90%,表明该文库碱基质量良好,可用于后续分析。饱和度曲线表示绝大多数表达基因的覆盖量,基因覆盖率分析评估所得序列的基因分布程度。如图5所示,饱...