刷新认知!3篇《自然》齐发,破解奇特环状DNA促癌之谜

除了细菌,近些年的一些研究发现癌细胞也具备类似的特殊DNA,被称作染色体外DNA(ecDNA),通常以环状的形式游离在细胞核内部或外部,它们并不遵守常规的染色体分离机制。更加值得关注的是,这种奇怪的DNA分子似乎对癌细胞的生存格外有利,例如胶质母细胞瘤的EGFR基因过度活跃,这些基因就倾向于形成环状ecDNA,来增加EGFR的水平。

这个“酿酒”细菌有望成为下一个“细胞工厂”

加快“细胞工厂”选育进程基因组突变和环境胁迫(如乙酸和呋喃甲醛)究竟是如何对运动发酵单胞菌三维染色体构象产生影响的?论文共同第一作者、沼科所副研究员吴波介绍,在三维基因组研究中,通常把DNA一维水平上相距几百kb的位点之间的互作称为长距互作,而把相距几十kb甚至更小距离的互作称为短距互作。“我们的研究...

Cell:一个人仅从母亲继承了3个单位的线粒体DNA?

线粒体是细胞中的“能量工厂”,此外,它们还有着自己的基因组——线粒体DNA(mtDNA),mtDNA通常只通过卵子从母亲那里传递下来。每个个体在开始时都有数十万个mtDNA拷贝,这些拷贝来自母体携带的原始mtDNA的一小部分,这一过程通过所谓的“种系瓶颈”(germlinebottleneck)机制实现,即在卵子产生过程中,只有一小部分原始mtDNA...

AI 成功改写人类 DNA:全球首个基因编辑器开源,近 5 倍蛋白质宇宙...

并且,基因编辑器在人类细胞中显示出了与SpCas9(一个示例基因编辑器)相当或更好的活性和特异性,同时距离超过400个突变。这也就意味着,我们掌握了自己的基因组密码。未来的科学家,会比今天更精确、更快速地对抗疾病。而且,公司还决定,会在OpenCRISPR协议下,自由释放这些DNA分子。▲OpenCRISPR-1的物...

AI成功改写人类DNA,全球首个基因编辑器震撼开源!近5倍蛋白质宇宙...

就像ChatGPT能生成诗歌一样,Profluent这个全新的AI系统,可以让我们编辑自己DNA的微观机制生成蓝图。在迄今最广泛的基于CRISPR的基因编辑系统数据集上,研究者训练了LLM。这些LLM产生的蛋白质,将几乎所有天然存在的CRISPR-Cas家族的多样性,扩大了4.8倍!并且,基因编辑器在人类细胞中显示出了与SpCas9(一个示例基因编辑器...

...基因组吗?首次由AI从头设计的基因编辑器成功编辑人类细胞中DNA

然后,从这些生成的序列中选择了48个,用于对人类细胞进行严格的功能表征(www.e993.com)2024年12月19日。OpenCRISPR-1在靶标位点上的活性与SpCas9相当(OpenCRISPR-1的编辑为55.7%,SpCas9的编辑为48.3%),但令人惊讶的是,脱靶位点的编辑减少了95%(OpenCRISPR-1的编辑率为0.32%,而SpCas9的编辑率为6.1%)。

追问weekly | 过去一周,脑科学领域有哪些新发现?

这项技术使研究人员能够捕捉到214,516种独特的异构体,其中72.6%是新发现的。这些异构体主要通过选择性剪接(alternativesplicing)产生,这一过程在大脑中高度普遍并有助于大脑广泛的蛋白质和特性多样性。研究发现,基因异构体的表达水平变化对神经发生、细胞分化和细胞命运的决定至关重要。在脑发育过程中,数千种异构体...

HIV-1感染机制新发现!mBio:衣壳蛋白协助DNA整合

HIV-1的核心包含两个副本线性单链病毒RNA基因组,以及其他一些在感染后步骤中所需的关键病毒和细胞因子。病毒核心的细胞质释放与逆转录步骤一致,在逆转录阶段,包括病毒逆转录酶(RT)在内的逆转录复合体(RTC)开始将病毒单链RNA转录成双链DNA拷贝。RTC将转变为前整合复合体(PIC),其中包含病毒DNA和相关的细胞及病毒...

Nature | 怀孕与逆龄的奇妙联系:科学揭示生育对DNA的年轻化效应

DNA甲基化是细胞调控基因表达的一种关键表观遗传机制。通过在DNA序列中的特定位点添加甲基团(一个碳原子和三个氢原子组成的基团),细胞能够控制基因的活性,而不改变DNA序列本身。这一过程对于正常的细胞发育、分化以及多种生理过程至关重要。DNA甲基化通常发生在胞嘧啶核苷酸的5位碳上,形成5-甲基胞嘧啶。这种化学修...

进化史上最幸运的8项基因突变

有研究发现:对Y染色体的DNA序列分析透露,人类基因从上一代传递到下一代,每次会累积100到200个新的突变。这一数字是人类基因突变率的首次直接测量——它相当于每3千万碱基对中有一个突变。但是基因突变并不是产生表型(就是表现出来和突变前不一样)充分条件。其中一些对人类有益有:...