华中农业大学油菜团队开发aChIP技术揭示油菜干种子表观遗传调控新...
这项研究的亮点在于开发了一种创新的aChIP技术,成功解决这些问题,绘制了多个物种和器官的组蛋白修饰和转录因子结合位点图谱,为植物重要经济器官(如油菜干种子)提供了高质量的ChIP-seq数据”。综上所述,aChIP是一种高质、高效、灵敏、稳定的植物高阶ChIP-seq技术,适用于所有测试的植物器官,特别是作物重要经济器官。
Immunity | George Sen/刘烨揭示转录因子ZNF750协同LSD1/KDM1A...
这些结果表明ZNF750能够促进皮肤的免疫耐受,具有抑制长期和过度皮肤炎症的功能。分子调控层面,作者通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)实验和转录结合位点分析发现ZNF750通过其经典的bindingmotif(CCTCAGGC)实现对PRRs和其他干扰素调节因子的调控。为了证明ZNF750通过调控PRR中的Toll样受体3(TLR3)来调节免疫...
ChIP-seq等揭示m6A修饰以促进卵巢癌发展
转录因子FoxO1与卵巢癌(OC)发生发展密切相关,但其作用和分子机制尚不清楚。本研究分析结果解释了FoxO1在OC患者的临床样本中高表达,且与预后不良显著相关。FoxO1敲低在体外和体内抑制OC细胞增殖。ChIP-seq结合GEPIA2和Kaplan-Meier数据库分析表明,4号染色体的结构维持(SMC4)是FoxO1的下游靶标,FoxO1通过与其-1400/-1390...
...热带农业科学院吕培涛团队揭示香蕉果皮软化和成熟的转录调控网络
该研究自主构建并分析了香蕉果实成熟过程果指脱落区(DZ)和中间区(CZ)果皮组织的转录组、染色质可及性、4种组蛋白(H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac和H3K27me3)修饰以及7个成熟关键转录因子的ChIP-seq/DAP-seq数据,以此构建香蕉果实成熟过程中果皮软化及脱落的精细层级调控网络。该研究发现,在未经乙烯处理的绿熟期香蕉...
上海交大章永春课题组与合作者揭示基底细胞和神经内分泌细胞命运...
该论文利用人多能干细胞和肿瘤细胞构建的3D类器官、转基因小鼠、ChIP-seq和CUT&Tag等研究手段,发现了以下关键结果:1)p63在小鼠食管发育过程中促进基底细胞特化,但是抑制神经内分泌细胞的分化;2)在人胚胎干细胞衍生的食管祖细胞和3D食管类器官中,p63在抑制神经内分泌细胞命运方面发挥了保守作用;3)在食道神经内分泌细胞...
Sci Adv丨成瘾大脑的”密码破译”:大脑中组蛋白改变如何调控成瘾...
ChIP-seq结果显示,戒断后H2A.Z在启动子和增强子区域的结合显著减少,这可能导致转录因子更容易结合并诱导基因表达(www.e993.com)2024年10月23日。在戒断后可卡因复发时上调的基因,其启动子和增强子区域的H2A.Z结合也显著减少,这些基因参与突触可塑性、跨突触信号传导和神经元突起形态发生等过程。
...团队合作发现决定人类及小鼠胎盘滋养层细胞合体化的全新转录因子
TFEB是介导自噬-溶酶体通路相关基因转录的关键转录因子2,但该研究发现其促进滋养层细胞合体化的作用并不依赖经典的自噬溶酶体通路调控活性。基于此,研究人员进一步通过TFEBChIP-seq分析寻找介导滋养层细胞合体化的关键TFEB靶基因。在众多靶基因中,研究人员将目光聚焦到一个来源于内源性逆转录病毒序列的滋养层细胞...
Cell | 双功能转录因子维持中等水平的基因表达稳定性
作者通过在小鼠胚胎干细胞中对双功能转录因子(TFs)的表达和定位进行分析,揭示了这些因子在细胞核中的特定分布模式。利用ChIP-seq技术,研究了这些TFs的染色质结合特性,发现它们与已知的转录调控因子和异染色质标记存在空间上的分离(图7D,7E)。特别是,ETV5这一双功能TF在染色质上的定位与其他因子显著不同,表明其可能...
揭秘人类大脑进化:北京大学王韵团队发现染色质结构域Y样在皮层...
为了探索CDYL和NNAT基因之间的潜在相互作用,团队进行了染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)。两个平行实验的结果一致表明,CDYL或FLAG-CDYL融合蛋白与NNAT基因的转录起始位点和外显子区域结合。CDYL中的H3K27me3水平降低。与对照组相比,CO与其他组蛋白修饰,相对保持不变。此外,CDYL的缺失对它们在整体水平上的表达,没有明...
Plant Physiol. | 中科院华南植物园段学武课题组揭示转录因子SlWO...
为了进一步表征该转录因子的功能,构建了组成型过表达以及基因敲除的稳定转基因植株。研究表明,在番茄中过量表达SlWOX13导致果实乙烯合成量和类胡萝卜素含量增加,成熟提前。而CRISPR/Cas9-slwox13基因敲除株系呈现相反趋势。进一步通过ChIP-seq与RNA-seq联合分析,并结合EMSA、ChIP-qPCR和Dual-luciferase等手段,证实了...