最完整海洋微生物 基因数据库出炉

记者从近日举办的“千种海洋生物基因测序项目”暨全球海洋微生物基因库建设及应用成果联合发布会上获悉,华大生命科学研究院联合山东大学、英国东安格利亚大学等机构,构建了迄今为止最完整的海洋微生物基因数据库,并从中发现大量具有应用潜力的基因资源。该研究为开发抗菌肽、新型基因编辑工具、PET塑料降解酶等提供了新思路。

解码“基因宝藏”!科学家构建迄今最完整海洋微生物基因数据库

#科学家构建迄今最完整海洋微生物基因数据库##科技新突破#华大生命科学研究院联合@山东大学和英国东安格利亚大学等机构,成功构建了目前最完整的海洋微生物基因数据库GOMC。该数据库拥有超过4.31万个海洋微生物基因组和24.58亿个基因序列,包含从南极到北极、从近海到深远海、从表层海洋到万米超深渊等多样化的海洋生态...

iMeta | 华北理工宋小明组开发植物激素相关基因数据库PHGD

收集拟南芥激素基因和469个物种的基因组数据从文献和TAIR数据库(httpsarabidopsis/index.jsp)中人工筛选了所有拟南芥激素相关的基因。首先,使用“AUX”、“ABA”、“planthormone”、“phytohormone”、“Arabidopsis”和“phytohormonepathway”等关键词在PubMed、WebofScience和GoogleScholar上进行了全...

解码“基因宝藏”:最全海洋微生物基因数据库出炉

“研究团队建立的数据库是已公开报道的海洋基因组数据库TaraOcean的3倍、蛋白序列库的60倍。在该数据库中,我们发现有2万多个微生物是潜在的新发现物种,首次发现近1万个在深海等独特生境中的微生物。”文章共同第一作者、华大生命科学研究院专项科学家陈建威博士介绍。据了解,研究团队使用了宏基因组分箱技术对...

Nature Methods | 基因变异与蛋白质功能的动态链接:G2P平台推动...

模块划分:G2P平台由两个主要模块组成:“基因/蛋白质查询”(Gene/ProteinLookup)和“交互映射”(InteractiveMapping)。这两个模块通过内部API(G2P3DAPI)实现了从基因到蛋白质的动态映射。数据整合:平台整合了多个数据库的数据资源,如gnomAD、ClinVar和HGMD,用于对基因变异的映射。同时,平台动态检索了UniProtKB...

乙肝发展为肝硬化及肝癌的最新机制,这个基因竟是关键

1.NAC1可能是影响HBV感染后肝硬化和HCC发生发展的关键基因基于TCGA数据库配对样本的差异表达分析(图1),发现TOP2A,CDC20,AURKA,TRAF2和NAC1是差异表达最显著的基因(www.e993.com)2024年11月20日。此外,通过PubMed数据库筛选了上述预后基因与HCC相关的文献,结果显示NAC1与HCC的发生发展密切相关。

985大学果树学博士,分享7个实用的植物单细胞研究数据库!

数据库链接:httpsbiobigdata.nju.edu/scplantdb/home数据库覆盖:17个物种,67个数据集,约250万个细胞,259个细胞类型,约23万个marker基因功能:浏览与搜索、多个数据集比较分析、BLAST、细胞类型对比、细胞类型预测开发团队:南京大学生命科学学院陈迪俊课题组...

基于影像多组学数据库的无创可视化新方法,揭示乳腺癌肿瘤内异质性...

将IITH与基因组肿瘤异质性和细胞形态肿瘤异质性相关联,从多层次的异质性验证以确认IITH的可靠性。探索高IITH且预后不良患者的分子特征和潜在治疗选择。图1.研究示意图本研究建立了一个包含三个独立数据集的大型多中心乳腺癌影像组学数据库(n=1474),分别为复旦大学附属肿瘤医院(FUSCC)队列(队列1,n=711)、美...

NAR | 华大和上海师范大学合作开发的全基因组选择平台CropGS-Hub

CropGS-Hub是一个综合数据库/一站式平台,包含主要作物的基因型、表型和基因组关联分析信号,并提供了内置算法用于基因组预测和杂交设计。具体而言,数据库包含了来自7个主要作物(水稻、玉米、大豆、棉花、谷子、鹰嘴豆、油菜),14个代表性群体,3000多个个体,2240亿个基因型数据点,43.4万个表型数据点,166641个GWAS关...

迄今最大规模的单细胞蛋白质组数据库SPDB

SPDB是为单细胞蛋白质组学数据量身定制的最大规模的综合数据库,将为促进单细胞蛋白质组学在癌症研究和药物发现领域的广泛应用奠定坚实的基础。未来,利用SPDB中存储的大量单细胞蛋白质组学数据,该研究团队计划开发针对单细胞蛋白质组学的专门计算工具,例如细胞类型注释、数据集成和drop-outimputation方法,并将新开发的...