微生物组-扩增子16S分析和可视化(2024.10)
五、功能预测和机器学习学习PICRUSt分析原理、常用结果展示样式及文章解读。实战进行官网、本地、在线分析,并对结果进行整理,方便STAMP、LEfSe以及R分析。下图为预测结果经STAMP快速分析的结果展示,学员可以在老师带领下35分钟内完成以上分析。图9.功能预测结果使用STAMP统计和可视化图10.重现两篇Nature文章机器学习...
迪谱诊断参与制订《纳米孔测序在病原微生物检测中的应用专家共识》
纳米孔芯片清洗、使用应有标准化流程,应明确使用前的质控标准,依据样本类型及应用方向选择适合的数据量及测序时间等参数,测序过程中应监控测序指标,如过孔速度、测序质量、孔状态等。6由于纳米孔测序读长较长,且采用PCR-free的测序过程,提高了原始样本的序列保真度,少数序列所反映的病原检测结果的准确性相比短读长的...
贝瑞基因2024年上半年扭亏为盈强势复苏 净利同比增约110%
值得一提的是,在科研服务领域,贝瑞基因为加快科研进程,持续在第三代测序技术应用领域开拓深耕,已在动植物基因组组装、三代动植物重测序、三代人重测序、三代全基因组甲基化、Iso-seq全长转录组、Kinnex全长转录组、三代16S扩增子以及三代宏基因组等产品上开发了多种数据应用。其中,kinnex全长转录组产出及稳定性...
iMeta | 齐素华/顾兵/罗兰/王亮-揭示玛咖来源细胞外囊泡可通过脑...
我们共获得了718,971条高质量的16S核糖体RNA(rRNA)序列,平均每个样本含有59,914个reads。我们将样本稀疏到相同的测序深度(每个样本56,402个reads)后进行聚类,共得到676,824个序列,将其分成了1434个操作分类群(OTU)进行下游分析。在门水平上,Bacteroidota和Firmicutes是所有类群中数量最多的(图3A),而在属水平上,Mu...
一作解读丨中南大学湘雅三医院: III型前列腺炎也与细菌感染有关吗...
运用16SrRNA测序技术检测并分析各组EPS中的微生物组成,运用宏基因测序技术进一步探究III型前列腺炎组中差异菌的功能。采用生物信息学软件进行数据分析,以P<0.05具有统计学意义。结果表明,CP患者和健康人群的EPS中均存在大量的微生物。但是,与健康对照组相比,CP患者(包括II型和III型)EPS中Pseudomonas(假单胞菌)、...
iMeta | 徐健/姚粟/崔云龙-合作发明基于拉曼组原理的益生菌单细胞...
然后对MPP-A产品进行检测,详细步骤如下所述,MPP-A在100%D2OMRS中厌氧孵育3小时,将孵育后的样品等分成三份,其中两个等分分别进行了基于16S-rDNA的扩增子测序和宏基因组测序作为对照实验,两者测序结果表明L.plantarum为MPP-A产品主要成分(www.e993.com)2024年9月8日。另一份经过两次洗涤,进行单个细胞的SCRS鉴定,其中平均92.72%的SCRS被CNN...
猫源败血波氏杆菌的分离鉴定及致病性研究|细菌|菌株|毒力|阴性|病...
16SrRNA基因检测与测序结果表明,该菌株属于典型猫败血波氏杆菌,与标准菌株NBRC13691的同源性为99%,该细菌可以在鲍-姜氏平板上生长,菌落呈现圆形、光滑、边缘整齐。生化反应试验结果显示,该菌株符合波氏菌属细菌典型反应特征;药敏试验结果显示,该菌对氯霉素、新霉素、红霉素等敏感,对氨苄西林、链霉素、利福平、磷霉素和...
诺禾致源2023年年度董事会经营评述
基因测序属于技术密集型的行业,主要技术包括核酸提取、建库、测序技术以及对数据解读的生物信息分析技术。该行业核心技术壁垒高、生产工艺流程复杂、技术掌握和革新难度大、质量控制要求高,新进入者很难在短期内掌握各种技术并形成竞争力。此外,对大量的基因数据测序结果进行有针对性的分析与解读也将成为行业主要的竞争壁...
Nature Medicine | 从微生物组到癌症防治:肠道菌群与结直肠癌发展...
在具体实施中,首先通过高通量测序技术获得肠道微生物的16SrRNA基因序列数据,然后使用QIIME2(QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology)等生物信息学工具进行数据的初步处理,包括去噪、序列对齐和操作分类单元(OperationalTaxonomicUnits,OTUs)的挑选。处理后的数据输入到DM模型中,分析不同微生物在健康个体与癌症患...
成都中医药大学: 茱萸丸抑制氧化三甲胺介导的ROS/TXNIP/NLRP3信号...
每取1只小鼠粪便换1次镊子,以防交叉感染,影响肠道菌群结果,且夹取粪便放入冻存管中务必迅速,以防空气中暴露太久,导致感染。小鼠粪便样本送至武汉迈维生物科技有限公司进行16SrRNA测序,按试剂盒说明进行操作。2.8.1DNA提取和质检使用MoBioPowerSoilDNAIsolation试剂盒提取基因组DNA,使用纳米滴检验DNA...