...Biol | 杨力组开发基于深度学习的计算分析框架实现RNA测序数据...
DEMINING流程首先通过严格的筛选标准去除转录组数据中的测序和比对错误(图1a),然后将获得的高可信度(DNA和RNA)突变位点信息作为输入,通过搭建的深度学习模型DeepDDR实现DNA突变和RNA编辑的精准区分(图1b)。在DeepDDR模型的训练过程中,研究团队从403个配套的RNA测序和DNA测序数据集中提取了122,872个高可信度的RNA编...
系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上...
5,了解单细胞测序基本概念及原理、测序分析的常用软件、测序数据的下载方法和研究思路、学会用R代码进行单细胞转录组分析并作图、熟悉CNS杂志单细胞转录组文章思路、熟悉零成本的单细胞相关课题设计思路、获得全套全自动化分析单细胞数据的流程脚本6,空间基础处理、多样本联合分析、单细胞空间联合分析、空间转录组通讯分析...
肺发育的奥秘,快来了解下吧!Cell Research,单细胞RNA测序解锁肺...
此外,空间转录组技术进一步增强了研究能力,它能够在保持细胞空间位置的同时分析其基因表达情况,这对于理解器官发育过程中细胞间的相互作用至关重要。值得注意的是,此前对于早期发育阶段的数据相对匮乏,而本研究选取了从第4周到第8周的胚胎期乃至早期假腺期的人类样本进行单细胞测序分析。相比之下,已有较多研究关注于...
上新| 转录组测序新突破:高效去除rRNA,解锁精准数据
在转录组测序过程中,rRNA(核糖体RNA)的高丰度问题总是令人头疼,占据了总RNA的绝大部分,浪费测序资源,同时掩盖其他低丰度转录本的信号,增加数据分析的复杂性和难度。诺唯赞推出升级版高频物种rRNA去除试剂盒RN416,能够特异性地识别并去除人、小鼠、大鼠等高频物种总RNA中的高丰度rRNA,不仅适用于高质量(完整)的总RN...
AI for Genomics丨空间转录组数据表征算法 SPACE,基因组学的人工...
因此,空间转录组分析的一个核心问题就是识别空间中不同的细胞类型或组织模块,这一任务统称为空间聚类(SpatialClustering)。这个任务包含2个子任务:一是识别细胞类型,二是识别组织模块(TissueModule)。前者较为直观,即识别空间转录组数据中各种细胞类型,如小鼠胚胎数据中的展示;而后者则相对抽象,涉及识别组织...
北京医院张瑞团队:首次揭示真实世界多中心转录组测序的研究结果
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径(www.e993.com)2024年10月18日。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。
Nature Methods | 全面评估长读长RNA测序:揭示转录组分析新前沿
LRGASP项目通过系统评估多种长读长RNA测序技术和分析工具,提供了对当前最佳实践的深入理解和未来改进的方向。长读长RNA测序技术(long-readRNA-seqtechnologies,lrRNA-seq)的兴起引发了对其全面评估的需求。为了评估长读长方法在转录组分析中的有效性,长读长RNA测序基因组注释评估项目(Long-readRNA-SeqGenome...
ATVB 蔡哲钧/宋伸/宋江平/杨劲合作利用单细胞转录组测序解析小鼠...
为了揭示炎症细胞之间的调控路径,研究人员应用CellChat分析,对小鼠单细胞测序数据进行分析,确定了不同时间点AAA组织中的细胞间相互作用。结果表明,炎症细胞在AAA诱导后的相互作用不断增加。通过多重免疫组化验证了人类动脉瘤组织中的相似发现,进一步支持了这些免疫细胞在AAA发病机制中的重要作用(图7)。
整合生命组学数据,揭示生命复杂系统构成原理
RNA测序(RNA-Seq):RNA-Seq是基于高通量测序技术,通过对cDNA文库进行深度测序,获取样本中RNA的序列信息。优点:灵敏度高,能检测未知和低丰度的转录产物,动态范围大。缺点:成本较高,数据处理复杂。三、转录组学的应用基因表达谱分析:通过比较不同条件下的基因表达差异,识别与特定生物学过程或疾病相关的基因。应用...
微生物组-宏基因组分析专题研讨会 (2024.11,线下+线上)
高通量测序所谓的大数据,都是在原始数据和分析过程中体积大,但结果不大。通常宏基因组分析会获得样品物种组成、功能组成表,这些表格是下游分析、高级分析以及个性分析的起点,绝大部分工作在我们的笔记本上是可以搞定的,只是很多人并不知道如何入手。其实你的个人电脑就是数据表(丰度矩阵)统计分析的利器。易生信团队独...