Nature子刊:将Transformer模型应用于蛋白翻译过程

除了数据标准化以外,Riboformer还可以模拟mRNA序列突变对于核糖体分布的影响,从而找到能够导致核糖体翻译停滞的特定序列,对核糖体停滞位点进行更为精细的研究。作者将该方法应用于酵母和线虫衰老数据集中,通过对年轻和年老数据进行比对,揭示了mRNA结构,脯氨酸序列和氨基酸所带电荷等因素对于翻译延伸速率的影响,而原有的基于...

可发现药物靶点,哈佛等机构开发了一种对蛋白建模的深度学习方法

转录组的延伸率是由局部序列特征(例如mRNA二级结构、带电氨基酸簇和连续脯氨酸残基)与全局因素(例如细胞资源可用性和蛋白质质量控制)之间复杂的相互作用决定的。这些错综复杂的问题会影响翻译效率、共翻译蛋白质折叠和共价修饰。细胞必须微调延伸率,以达到每个mRNA的适当蛋白质输出水平,满足调节和蛋白质折叠的需求...

Nature子刊:带你认识甲状腺癌基因变异特征及临床管理|甲状腺癌|...

EIF1AX编码蛋白质翻译起始复合物的一个成员,在5%-20%的FTCs和约5%的滤泡型PTCs中发生突变,并诱导异常翻译。PTEN或EIF1AX突变也可发生于滤泡性腺瘤,这提示它们的癌症起始效能低于其他驱动事件(如BRAF突变)。然而,当与其他特异性MAPK激活事件结合时,PTEN或EIF1AX突变可促进甲状腺癌进展。DICER1基因编码参与microRNA...

Nature重磅综述:雷帕霉素这样用,副作用更少,抗衰效果更好!

蛋白质翻译错误累积对衰老的影响一直备受关注,mTORC1通过S6K1和4E-BPs在翻译调控中起着重要作用;然而,现代测定技术并未发现蛋白质翻译的错误随年龄增加而累积的证据,雷帕霉素对mTOR的抑制或S6K1基因敲除也并未显著减缓小鼠或细胞中的蛋白质翻译速率。对线虫的研究发现,缺乏真核翻译起始因子4E(eIF4E)使线虫寿命延长...

Nature子刊:黄硕团队首次通过纳米孔实现20种蛋白质氨基酸和翻译后...

该工作在孔道的收缩区域引入了一个镍离子-次氮基三乙酸(Ni-NTA)适配体,利用配位相互作用实现了全部蛋白质氨基酸的直接检测和区分,区分准确率高达98.8%,这是世界上第一个能完全分辨所有20种蛋白质氨基酸的纳米孔。在这项研究中,他们还采用了同种孔道,进而同时区分了4种常见的翻译后修饰氨基酸。

生物物理所揭示THF-II核糖开关识别配体和调控基因翻译的结构机制

核糖开关是主要位于细菌mRNA5’非翻译区的顺式作用RNA元件,结构通常可分为适配体结构域及下游的表达平台结构域(www.e993.com)2024年11月29日。核糖开关发挥生理功能通常不依赖于蛋白因子,适配体结构域可通过结合配体(如氨基酸/核苷酸及其衍生物、离子、tRNA等)或响应环境变化(温度,pH等)诱导表达平台结构域发生构象变化,进而在转录水平或翻译水平对...

...方显杨课题组揭示THF-II核糖开关识别配体和调控基因翻译的结构...

核糖开关是主要位于细菌mRNA5’非翻译区的顺式作用RNA元件,其结构通常可分为适配体结构域及其下游的表达平台结构域。核糖开关发挥生理功能通常不依赖于蛋白因子,其适配体结构域可通过结合配体(如氨基酸/核苷酸及其衍生物、离子、tRNA等)或响应环境变化(温度,pH等)诱导表达平台结构域发生构象变化,进而在转录水平或翻译...

...张文宏教授新著《2019冠状病毒病——从基础到临床》多语种翻译...

5′和3′末端非翻译区(untranslatedregion,UTR)的长度分别为265和229nt。其中5′UTR具有核糖体结合位点和转录起始信号,3′UTR具有转录终止信号,参与信使RNA(messageRNA,mRNA)转录和蛋白质翻译过程。同时两区内还存在多个茎环结构,参与调控病毒复制。

【学术前沿】陈国强组报道肿瘤抑制蛋白PTEN翻译变异体的促肿瘤效应

该研究发现，除了可以编码经典PTEN蛋白之外，PTEN基因还可以通过两个不同的非典型翻译起始点编码产生两种长形式的蛋白变体，称为PTENα和PTENβ，两者分别在经典PTEN蛋白的氨基端多了一段173和146个氨基酸的延伸序列。在本研究中，沈少明等以肝癌为研究对象，发现相较于癌旁组织，癌组织中PTEN和PTENα/β的蛋白水平...

衰老导致蛋白稳态失衡的分子机制

不出意外的是,研究人员发现了随着衰老数千个位点上的核糖体占位(即衡量核糖体停滞)增加,并且这些位点富集于与蛋白稳态和翻译相关的基因上,以及在共翻译泛素化的多肽链所对应的基因上。重要的是,核糖体停滞更偏好于脯氨酸(中性)、精氨酸(碱性)和赖氨酸(碱性)上。需要注意一点的是,既然核糖体停滞存在氨基酸偏好性,...