2024诺贝尔化学奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
FM又称从头计算方法,利用能量函数计算氨基酸空间相互作用,最终从所有可能结构中选取最佳形式,依靠分子动力学模拟获得蛋白质折叠方式,该法对小分子量蛋白质结构预测还算准确,但随着蛋白质复杂性增加逐渐变得无能为力。1994年,美国计算生物学家莫尔特(J.Moult)和菲德利斯(K.Fidelis)为推动蛋白质结构预测领域的...
David Baker:从头设计蛋白的“上帝之手 ”,极大地推动了蛋白质...
美国生化学家、华盛顿大学蛋白质设计研究所所长DavidBaker,因开发能够设计出在自然界从未见过的新型蛋白质的技术获得2020年科学突破奖生命科学奖。图源:httpsipd.uw.edu/david-baker/导读昨天,诺贝尔化学奖授予蛋白设计和蛋白预测领域的三位学者。来自华盛顿大学
...垂青AI:颁给DeepMind哈萨比斯和大卫·贝克等三位,表彰蛋白质...
诺贝尔化学奖委员会主席HeinerLinke表示:“今年获奖的一项发现与精妙的蛋白质构造有关。另一项发现则与实现50年前的梦想有关,即根据蛋白质的氨基酸序列预测其结构。这两项发现都开辟了广阔的可能性。”蛋白质通常由20种不同的氨基酸组成,而氨基酸可以说是生命的基石。2003年,DavidBaker成功利用这些基石设计...
中科大成果斩获图学习“世界杯”单项冠军,霸榜蛋白质功能预测任务...
由于原始节点属性通常是高维的文本、图像或蛋白质序列,常用的解决方法是从中提取出维的节点特征,如下所示:式中表示节点编码器(NE)的参数。由于大型的预训练模型(如:用于蛋白质序列的ESM2,用于文本的Bert)具有强大的特征提取能力,故将其作为节点编码器f。为了进一步编码图结构,图神经网络将节点特征和邻接矩...
Phytomedicine | CETSA和TPP策略用于天然产物的靶点鉴定和药物...
药物的相对效力可以通过另一个等温剂量-反应(ITDR)-CETSA实验来确定,在该实验中,在保持加热温度恒定的情况下,应用一系列药物浓度来评估药物的剂量依赖性热稳定性。因此,ITDR-CETSA可以通过比较其半最大有效剂量(EC50)来对一系列化合物与相同靶蛋白的结合能力进行排序(图1)。值得注意的是,实验温度点对ITDR-CETSA...
图特征工程实践指南:从节点中心性到全局拓扑的多尺度特征提取
在这种情况下,即使代表蛋白质的节点具有相同数量的连接,聚类系数也可以揭示生物系统中不同的局部网络结构(www.e993.com)2024年10月17日。可视化聚类系数特征的代码:比较中心性值比较不同的中心性值对网络分析非常有帮助,因为它提供了对节点在网络中角色的全面理解。以下是主要原因:
2024年动物源食品科学与人类健康国际研讨会--分会场十五∣博士...
LPxTG蛋白是一类存在于细胞壁表面的蛋白,具有增强乳杆菌肠道黏附力和提高对胃肠道消化酶抵抗力的作用。因此,可协助乳杆菌在肠道中定植。低聚果糖(fructooligosaccharides,FOS)在自然界中含量丰富,通常用作益生元。它们可以与益生菌结合使用,有效地减少肠道炎症并调节肠道菌群。研究表明,作为益生元的FOS可以促进乳酸菌...
【小优细节君】组织磷酸化蛋白很难做?细节要注意
结合文章和我们的经验,总结几点减少组织中蛋白质磷酸化改变的方法:01预冷PBS短暂保存以Tau蛋白为例,不同位点的磷酸化蛋白基本都是随PMI时间增加而表达减少,T212位点的磷酸化在2min后已经检测不到了。但是我们在实际取样过程中,尤其是大批量动物实验中,无法立即将组织放入-80度冰箱,这时我们可以将组织放入预冷...
超声波细胞破碎仪(粉碎机)科普和在蛋白质组学研究中的应用
在发酵工程中,研究人员可以使用该仪器破碎微生物细胞,释放胞内酶和其他代谢产物,为酶的生产和应用提供原料。在酶工程中,超声波细胞破碎仪可以用于酶的提取和纯化,为酶的结构和功能研究提供支持。在蛋白质工程中,研究人员可以使用该仪器破碎重组蛋白的表达细胞,为蛋白质的分离和纯化提供便利。
超声波细胞粉碎机(破碎仪)在分离核酸和蛋白质实验中发挥的作用
优化提取效果通过调整超声波的参数(如频率、功率和时间等),可以灵活地控制破碎程度,从而根据实验需求优化提取效果。这种可控性使得研究者能够更容易地获得高质量的核酸样品。二、在分离蛋白质实验中的作用破碎细胞释放蛋白质超声波细胞粉碎机同样能够有效地破碎细胞壁和细胞膜,释放出细胞内的蛋白质。这一过程对于后...