真迈生物:全平台实现“甲基化0%平衡文库掺入”高质量测序

全基因组甲基化测序文库(WGBS)的碱基比例严重失衡(GC%～20%),这给高质量的测序数据交付带来了极大的挑战。通常,我们采用掺入高比例的专用平衡文库(例如PhiX文库、E.coli文库)或与GC含量40%～50%的其他应用样本Pooling测序的方法来缓解失衡,提高测序质量。然而,这种方法不仅降低了生产效率,还增加了测序的成本和操作...

【Nature子刊】中国医学科学院刘芝华教授等合作揭示食管鳞状细胞...

采用WGBS评估每个参与者的cfDNA甲基化组,460个cfDNA样本约占参考基因组的89%,平均深度为9.51×。研究结果03本研究,我们对来自非转移性ESCC或癌前病变患者的460个cfDNA样本以及匹配的健康对照进行了全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)。我们开发了一个扩展的多模态分析(EMMA)框架,以同时识别cfDNAWGBS数据...

ctDNA甲基化测序分析(ctDNA-WGBS)用于

简化甲基化亚硫酸盐测序(RRBS)和全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)数据的覆盖度:RRBS~10%,WGBS~75%。WGBS样本覆盖率高于RRBS。正常样本中ctDNA的平均整体甲基化水平高于癌症样本。材料方法:患者队列训练集:招募38名早期/非转移性女性BC患者(平均年龄±标准差[SD]:50.87±11.05)。第一个重复队列(测试集1):招...

【陈巍学基因】视频:全基因组甲基化测序分析报告解读

全基因组甲基化测序(WGBS)分析报告包含大量的内容、图表、数据,不熟悉高通量测序的用户拿到这样一份报告后,读起来会很吃力。为此,把这个报告做了一个全面的解读,以帮助用户能够快速地掌握报告中的要点,读懂报告中的各种图表,并找到自己感兴趣的信息点。字幕内容大家好,今天我为以逆耳生物公司的《全基因组甲基化...

全基因组单碱基精度甲基化测序的甲基化数据库MethBank第4版

(1)数据:MethBank4.0数据库应用标准化处理流程整合了来自1,449个样本的高质量全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)数据,涵盖23个物种的236个组织/细胞系,涉及疾病、发育等15个生物学场景。利用高质量数据和标准化元数据,MethBank4.0提供了多层次的注释信息(图2)。相关的数据结果都可以直接进行下载和使用。

Genome Biology | 纳米孔测序可用于检测cfDNA的细胞起源和癌症...

研究团队在已发表的基于Illumina平台的全基因组甲基化测序(WGBS)研究和cfNano研究中分析了NKX2-1位点的血浆cfDNA甲基化水平(www.e993.com)2024年11月18日。在三个WGBS研究的健康样本和cfNano样本中,NKX2-1位点被完全甲基化,疾病组存在显著的去甲基化。全局DNA低甲基化是癌症表观基因组的特征之一,长期以来一直被认为是ctDNA的通用标记。研究人员...

DNA甲基化与NGS测序相结合,如何早发现癌症?

验证结果证明,相比于DNA突变水平检测,WGBS技术路线更适合应用于癌症早筛的研究领域[6]。GRAIL也同时公布了其结合机器学习算法的cfDNA的甲基化测序分析技术可以同时检测五十多种癌症类型,其检测的特异性>99%,并且对肿瘤信号组织来源的预测准确性>90%[6]。由于CCGA是一项病例对照研究,可能无法真实的反映该血液检测...

新纪录!一年可测5万人全基因组,华大智造发布全球通量最高测序仪

超低成本：个人全基因组测序成本低于100美元基于华大智造独有的DNBSEQ原理，DNBSEQ-T20×2采用了创新的浸没式生化反应技术，即直接将载片浸没在试剂槽中进行生化反应，反应均匀且稳定；同时试剂槽中的测序试剂可以支持载片的多次浸泡，从而实现了将耗材成本降到极致的目标。在完成5万例人全基因组测序基础上，将单...

刷新通量和单例成本纪录!华大智造发布超高通量测序仪DNBSEQ-T20×2

目前,基于T20平台可展开WGS、WGBS、单细胞测序和时空组学测序等多种应用,能更好地满足基于超高通量测序的科学研究与临床研究的需求,推动基因组学、多组学和时空组学的大规模测序研究项目的展开,为基因科技的未来提供更多可能。基于独有的DNBSEQ测序技术打造的超高通量测序平台,华大智造在全球范围内支撑、赋能多个国家...

干货:cfDNA甲基化测序实验怎么做,看完你就知道了

DNA甲基化的??物学作??已通过全基因组或简化基因组甲基化测序分析??法阐明,但这些??法不能有效地研究哺乳动物基因组中的??量??编码调控元件。全基因组甲基化测序(WGBS)是覆盖整个基因组范围,费??较??,效率相对较低。??简化甲基化测(RRBS)主要针对CpG富集区域进??甲基化测序,缺乏CpG岛以外的增强...