Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...

第一种方法是将测序读数精确地映射到一组已知的、有注释的参考基因组序列上,以提供已知生物、基因和潜在功能的快速概览。MG-RAST就是擅长这类分析的系统之一。在第二种方法中,将大量读数从头组装为contigs/scaffolds,可以为了解以前未被描述的生物体及其基因构成提供宝贵的信息。最近在组装和分选工具方面取得的技术进步...

AlphaFold等对蛋白结构的搜索是否会取代对序列的搜索

因此,主要序列数据库中的每个蛋白质序列现在都带有一个3D折叠模型。虽然这不会影响(非编码)核苷酸序列,但它引出了一个问题:对3D蛋白质结构的搜索是否会取代对蛋白质序列的搜索。ProteinBLAST已经成为过去了吗?虽然BLAST搜索是功能预测的强大工具,但它的能力是有限的。序列经过处理可以显著降解,但仍然会折...

AI究竟是帮助医生还是损害医生的诊断?华人学者顶刊论文表明,这...

1.1全连接深度神经网络DNN在基因组学中的应用:讲解DNN的一些种类和用处,比如DNN可以用于预测基因表达量、识别基因变异与疾病之间的关系等。1.2卷积神经网络CNN在基因组学中的应用:讲解CNN如何被广泛应用于基因序列分析,如怎么去识别DNA序列中的调控元件和基因剪接位点。1.3循环神经网络RNN在基因组学中的应用:讲解...

2023年David Baker团队连发5篇Nature和Science论文,开启AI蛋白质...

1.1全连接深度神经网络DNN在基因组学中的应用:讲解DNN的一些种类和用处,比如DNN可以用于预测基因表达量、识别基因变异与疾病之间的关系等。1.2卷积神经网络CNN在基因组学中的应用:讲解CNN如何被广泛应用于基因序列分析,如怎么去识别DNA序列中的调控元件和基因剪接位点。1.3循环神经网络RNN在基因组学中的应用:讲解...

...Environ.:来自宿主相关和环境宏基因组的冠状病毒样短序列的...

除了基于同源性的注释方法,如BLASTn,还建立了包括Kraken2和Kaiju在内的几种生物信息学工具,以促进微生物群落的快速分析,其中也包括病毒组(Menzeletal.,2016;Woodetal.,2019年)。另一方面,上述方法证明了短序列读取组装策略的重要性,以促进可靠的病毒组分析(Suttonetal.,2019年)。在当前大流行的背景下,...

聚焦前沿技术 第六届逸仙临床生物信息培训班火热举办

邓舒韵博士通过OMIM、ClinVar和ClinGen数据库的简介和实操练习，指出OMIM主要包括基因和疾病两方面的信息：ClinVar可以查询变异相关的致病性评级，评级可靠性以及评级的证据；ClinGen可以帮助我们理解基因-疾病关联性、剂量敏感性、临床可操作性、变异的致病性以及基因变异对药物基因组学的影响(www.e993.com)2024年11月21日。此外，她还强调了这三个数据...

曙光生物基因序列研究解决方案

广泛使用的基因序列比对和搜索软件有Fasta,Blast,以及多序列搜索工具Clustalw,Clustalx,这些基因组信息学软件都已经在曙光服务器上得到部署和应用,并有相应的成功案例。曙光公司助力生物信息学的发展,可为基因组信息学研究提供系统的解决方案,包括相应的硬件平台和软件配置。

基因研究笔记

用候选基因的氨基酸序列,通过NCBI的在线比对Blastp(httpsblast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome)或获取蛋白结构域的注释和位置信息,也可通过蛋白结构域预测在线分析工具InterProScan(httpsebi.ac.uk/interpro/search/sequence-search)或PfamScan(...

从头开始做RNA干扰:这些你必须知道

2)将潜在的序列和相应的基因组数据库(人,或者小鼠,大鼠等等)进行比较,排除那些和其他编码序列/EST同源的序列;例如实验BLAST比对(httpsblast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi);3)选出合适的目标序列进行合成;通常一个基因需要设计多个靶序列的siRNA,以找到最有效的siRNA序列。

那些学术打假斗士,后来都怎么样了?

他们开发了一个论文查重程序Seek&Blastn,可以提取论文中提到的核苷酸序列,然后与核苷酸公共数据库进行交叉核对,检查它们是否和文中要标靶的人类基因相匹配,也就是检查作者使用的基因序列是否正确;对于每一个不匹配项再进行人工复核。httpscigendetection.imag.fr/TPD52/Vb/...