低调又迷人,它完成了DNA和蛋白质都无法做到的事 | 西湖大学付向东...
因为蛋白质没有储存遗传信息的功能,DNA没有表达遗传信息的功能,所以说大家就认为,大概这个世界最开始是从RNA开始的。黄雨佳:对对对。但是就像您刚刚提到的,酶催化可能只是RNA功能的一个方面,但现在大家对RNA功能的认知大概有哪些方面呢?付向东:对,我接着刚才的说。就是说从RNA的催化,大家很快就过渡到RNA的加...
...Metab | 改写教科书:刘兴国组发现线粒体基因编码第14个蛋白质
该研究发现并证实了线粒体基因细胞色素b(CYTB),作为唯一的呼吸链复合物III的线粒体编码基因,其信使RNA出线粒体而使用胞质核糖体的标准遗传密码编码全新的187个氨基酸长的蛋白质(CYTB-187AA),翻译后定位到线粒体基质中。这一新蛋白沉默的转基因敲入小鼠模型及细胞模型发现其调控早期发育。本工作发现了一种线...
Cell:北京大学李晴组揭示表观遗传信息继承新机制
2024年,和合作者(翟元梁/高宁/戴碧瓘团队)在《自然》杂志发表「Parentalhistonetransfercaughtatthereplicationfork」研究论文,捕获首个内源复制叉上亲代组蛋白递送的起始态,发现组蛋白分子伴侣FACT和复制体保护复合物(Tof1-Csm3)以及解旋酶亚基Mcm2一起捕获亲本组蛋白六聚体(H3-H4)2-(...
无需蛋白质,刘俊杰课题组开发基于RNA核酶的基因编辑工具
该元件通常编码一个兼具核酸酶和逆转录酶活性的蛋白质,以及一个RNA分子,通过形成蛋白核酸复合物(RNP)来执行在宿主基因组中的逆转座扩增。有趣的是,通过广泛的生物信息学筛选,刘俊杰(Jun-JieGogoLiu)课题组发现了许多不编码蛋白的、紧凑的二类C型内含子(ORF-lessGII-Cintron)在细菌基因组中存在多拷贝的现象。
「AlphaFold 3」要来了?DeepMind推出新一代蛋白质结构预测工具,已...
更进一步说,蛋白质和小分子复合物的结构预测,应该是结合了AI和CADD两种方法,即分别基于数据库和物理原理,第三大升级:预测核酸、以及翻译后修饰结构。核酸是关键遗传信息的携带者,并破译翻译后修饰--即蛋白质诞生后发生的化学变化。例如,在CasLambda与crRNA以及DNA结合的结构中,CasLambda共享CRISPR-...
超全拆解AlphaFold 3,上海交大钟博子韬:极致利用数据,以原子精度...
*能够准确预测配体(Ligand),即预测小分子在蛋白质中的结合位点;*能够预测蛋白质复合物(Proteincomplex)结构;*能预测蛋白质及核酸上的翻译后修饰(Post-translationalmodification)结构;*能够预测DNA和RNA的结构,以及DNA/RNA和蛋白质的复合物结构(www.e993.com)2024年10月18日。
在这迷人又壮美的科学领域,“中国玩家”能奋起直追吗?
安芬森教条意味着,应该有一种方法可以从氨基酸序列预测蛋白质的形状,这就是蛋白质折叠问题。分子生物学中的许多假设被称为教条(dogma),最著名的是中心法则(Thecentraldogmaofmolecularbiology),遗传信息的标准流程是DNA制造RNA,RNA制造蛋白质,中心法则指出,遗传信息传到蛋白质后,不会回流到核酸之中。蛋白质折叠...
周耀旗:AlphaFold 3的优势和短板在哪里?
5月9日,AlphaFold3重磅问世,能预测蛋白质与其他蛋白质、核酸、小分子、离子、修饰蛋白质残基的复合物,以及抗体-抗原的相互作用,准确性显著超过当前的预测工具。上周,我们发表了深圳湾实验室系统与物理生物学研究所副所长、资深研究员周耀旗老师,对AlphaFold3的看法:有关AlphaFold3,深圳湾实验室周耀旗:革命尚未成...
一月内两篇顶刊论文,是“赶巧”也是厚积薄发
3月28日凌晨,张余团队又在《自然》发表论文,解析了酵母细胞mRNA(信使核糖核酸)转录终止状态的复合物结构,揭示了核酸外切酶介导mRNA转录终止的分子机制,对进一步理解基因转录的工作机制具有重要意义。“如果将DNA比作‘硬盘’,存储在DNA上的遗传信息可看作‘数据’。遗传信息在基因上一条条整齐排布,聚合酶起作用时,像...
清华大学生命学院刘俊杰课题组开发基于RNA核酶的新型基因编辑工具
该元件通常编码一个兼具核酸酶和逆转录酶活性的蛋白质,以及一个RNA分子,通过形成蛋白核酸复合物(RNP)来执行在宿主基因组中的逆转座扩增。有趣的是,通过广泛的生物信息学筛选,刘俊杰(Jun-JieGogoLiu)课题组发现了许多不编码蛋白的、紧凑的二类C型内含子(ORF-lessGII-Cintron)在细菌基因组中存在多拷贝的现象...