从无数基因碎片中,寻找国人的“生命密码”
其次,首次成功构建的第一个完整单倍体人类基因组不仅源于欧洲人种,还是为单倍体22+X,缺乏Y染色体,为了更全面地反映中国人的基因,还应该构建完整的属于中国人的单倍体参考基因组(22+XY),以及完整的源于父母的二倍体参考基因组,以了解中国人种与高加索人种之间在基因组水平上究竟有哪些不同。中国科学院北京基因所研...
"基因敲除狗"是怎么造出来的
其中,向导RNA的设计并不是随机的,待编辑的区域附近需要存在相对保守的PAM序列(即三碱基序列NGG,其中N可以是任意碱基),而且向导RNA要与PAM上游的序列碱基互补配对。以基因敲除为例,如图3所示,在待敲除基因的上下游各设计一条向导RNA(向导RNA1,向导RNA2),将其与含有Cas9蛋白编码基因的质粒一同转入细胞中,向导RNA通过...
茭白MADS-box基因家族有哪些保守基序和基因结构特征?
将拟南芥和水稻的MADS-Box蛋白序列用作查询序列,通过BLASTP在茭白基因组中搜索MADS-Box基因家族成员,阈值设定为E<10^-5,序列比对一致性(%相似度)和比对区域长度(比对长度)的一致性分别设定为70%和50%。在去除重复序列后,通过在线工具和EMBL-EBI上的HMMER服务对候选基因进行进一步确认。还对所有候选MADS-Box基因在...
2024诺贝尔生理学或医学奖 | microRNA:揭开细胞发育之谜
他们通过逐步缩小染色体区域的“步行”策略,并迭代测试较小的基因组片段以恢复lin-4突变体的表型,最终确定了一个693bp的SalI限制性酶片段。经过多轮开放阅读框预测和克隆重测序以排除错误,他们开始怀疑lin-4基因可能是一个非编码RNA,因为它的开放阅读框非常短。引入C.elegans序列的移码突变并未影响lin-4功能,...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
因为不需要考虑外显子连接检测(exonjunction)和基因长度归一化,这一方法的数据分析也简化了(生信宝典注:其实也是需要考虑的,转录本末端或UTR区也会存在剪接,具体取决于测序读长和特定基因的结构。不过如果使用STAR/BWA等有soft-clip机制的比对工具也可以不考虑。)。但是,3??mRNA-seq方法可能会受到转录本序列...
【文献解读】利用Cas12a敲除技术探索跨物种lncRNA功能保守性
该研究使用CRISPR-Cas12a对人类细胞中预测有斑马鱼同源物的coPARSE-lncRNAs进行基因敲除以产生细胞增殖缺陷,通过功能救援实验(KO-rescue)将预测的斑马鱼同源物引入敲除人类lncRNA的细胞中尝试修复该缺陷,同时在斑马鱼胚胎中进行类似实验,证明lncRNAs在跨物种中的功能保守性,揭示lncRNAs在细胞增殖和发育中的功能,为癌症治疗...
...Plant Cell在线发文揭示调控瓜类果实发育的通用保守调控元件
进一步通过对保守非编码区域和染色质开放区域的综合分析,揭示了4431个6个葫芦科物种共有的共线性同源保守调控元件,其中1687个为葫芦科特异,其可能调控附近的757个共有同源基因的表达,这些应该是葫芦科物种共有的调控瓠果发育的关键调控元件和基因。在1687个葫芦科特异性的保守调控元件中,随机选择了2个在黄瓜中进行了...
Nature|239个灵长类动物基因组的比较揭示了CRE元件的进化
对非编码区域序列的分析能够帮助我们进一步理解基因组中涉及到的基因调控以及复杂疾病的致病机理。对进化水平上sequenceconstraint的测定,在一定程度上可以对功能调控元件在进化水平是否具有很高的保守性进行评估。然而对于如何鉴定灵长类动物中特有的存在sequenceconstraint元件仍旧存在以下难点:...
Nat Genet | 利用饱和基因组编辑分析抑癌基因BAP1编码序列中99%的...
研究发现,BAP1的保守N端UCH结构域对错义变化和密码子缺失的耐受性较低,而蛋白质中央区域的耐受性较高。密码子缺失精确地划定了关键结构域,突出显示了未表征的区域。在与临床数据进行比较之前,研究团队检测了每个变异的功能得分和功能分类的可重复性,通过比较独立基因组编辑实验的LFC值。总体而言,81%的变异(14,624...
历时近10年,中国科学家攻克马铃薯杂交难题
对研究团队来说,新的育种技术下,实验室的工作和田间的工作,几乎同样繁重,通过长时间大样本的筛选,以及对马铃薯基因的深入鉴定,团队找到了37万个有害突变,这些有害突变,只有三分之一是以前就知道的,三分之二是新发现的。2024年3月,法国科学院院士Lucas教授与尚轶(右二)在晋宁区甸头村马铃薯科技小院查看材料生长...