...Sci | 北京大学现代农业研究院宋宝兴课题组发表植物基因组序列...
但是在不同源的重复序列区域也会找到共有的k-mer,会产生假阳性的序列比对结果。当序列差异较大时,同源序列之间可能不存在共有的k-mer,最终不会被比对。这类广泛用于哺乳动物基因组序列比对的方法对于具有高度序列多样性以及大量重复元件的植物基因组的比对效果不好。因此应用在哺乳动物研究中广泛使用的基因组比对软件...
siRNA筛选技术精准打击HIV耐药毒株,开辟治疗新途径
2.保守序列的识别:研究成功识别了HIV-1病毒vpr基因中的保守序列。3.综合性筛选策略:通过综合性策略设计并筛选了多种针对HIV的siRNA。4.分子对接模拟技术:在精准找出最具疗效的siRNA方面发挥了关键作用。研究团队提出了一个全新的siRNA筛选系统,综合考虑了所有关键参数,特别是siRNA与Argonaute蛋白的关键功能区域...
Nature子刊:何川团队开发超快速精准检测微量DNA与RNA中5-甲基胞...
研究人员用UBS-seq对HeLa和HEK293T的mRNA进行了测序,发现了近两千多具有保守序列模式的位点(图2d)。随着NSUN2基因敲除,绝大多数m5C位点的修饰比例下降(图2e)。当把NSUN2的基因再转入敲除的细胞后,m5C位点的修饰比例又回升了(图2f)。这些结果证明了m5CUBS-seq方法不仅非常灵敏高效,而且非常准确。
基因组研究揭示鸟类特有保守序列
研究者首先猜测鸟类的特异性表型可能与其基因组特异性的保守DNA序列有关,即这些序列由于受到强烈的自然选择压力在所有鸟类中很少发生变化,但在其他脊椎动物里这些序列要么不存在,要么发生了很大的变化。研究团队通过比较48个已知鸟类物种的基因组和9个其它类群脊椎动物基因组(涵盖哺乳类、爬行类、两栖类和鱼类),发现大概...
科学家在人类身上发现155个新基因,都是“从0出现”
根据长期对比观察微蛋白,科学家们找到了一些sORF序列,这些序列具有高度保守性,被称为高度保守序列(highlyconserved)。高度保守序列,指在不同类型生物体中非常相似的DNA序列。研究认为这些跨物种的相似性,可以证明某个基因完成了不同生物中的共同基本功能,因此在进化过程中保留了这些序列。
曹议匀等Science突破:深度解析促癌肠菌的新型基因毒素|热心肠日报
(cMAGs,hifiasm_meta软件组装贡献度最大);②利用HiFi宏基因组测序,能够组装出准确且完整的基因组(即使是较大基因组,超6Mbp);③对一些人类肠道中无法单独培养的原核物种,利用HiFi测序也可组装出其完整的基因组;④相比二代短读长,HiFi测序还可组装出高度保守序列(rRNA)和可移动序列(基因岛),进而保证组装质量...
基因突变不是随机的?!Nature最新论文挑战进化论
有不少评论也提出了相似的观点,认为论文所说的的突变率更低的基因组区域,或许本来就是保守的,不易变异的区域。比如说保守序列(ConservedSequences)就是一种在进化过程中保留下来的特定序列,不易变异,一般可以上推到物种进化初期。而由于作者自己提出:我们的发现似乎与现有的“最早的突变随机”的理论相悖,有人还...
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
Cas9在进行基因组编辑的过程中需要识别、结合一段位于编辑位点靶DNA序列末端的保守NGG序列(该保守序列被称为PAM识别序列,N为碱基A/T/G/C中任意一种)。PAM识别序列的存在极大限制了Cas9在基因组范围内的打靶序列选择,尤其在进行单碱基编辑替换时,由于待编辑靶碱基位置是固定的,周边若无NGG序列的话,基本无法进行靶...
RNAi的应用(研究基因功能、信号传导通路和基因治疗)
1.研究基因功能的新工具已有研究表明RNAi能够在哺乳动物中灭活或降低特异性基因的表达,制作多种表型,而且抑制基因表达的时间可以随意控制在发育的任何阶段,产生类似基因敲除的效应。线虫和果蝇的全部基因组序列已测试完毕,发现大量未知功能的新基因,RNAi将大大促进对这些新基因功...
Cell | 朱雪峰/谢谢等揭示全新的线粒体基因调控机制
7SRNA已在哺乳动物(包括人类、大鼠和小鼠)以及其他脊椎动物(包括鱼类)中进行了实验鉴定。它的表达仅限于线粒体,并且没有关于细菌或哺乳动物细胞核中的7SRNA类似物的公开报道。7SRNA从LSP转录并跨越从启动子到保守序列元件的区域,保守序列块I(CSBI),位于TSS下游180bp。它还包含另外两个保守...