2024国自然热点—组蛋白乳酸化修饰在肿瘤研究中的思路
ChIP-seq和CUT&Tag是检测特定组蛋白修饰位点常用的技术,也是目前研究DNA表观的金标准。ChIP-seq是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术,通过组蛋白特异性抗体,将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来,从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序,即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况,从而确...
...Cell|Mrc1蛋白能够在DNA复制的滞后链和前导链之间移动组蛋白
02Mrc1是复制叉保护复合物(FPC)的一部分,能促进带有特定表观遗传标记的亲代组蛋白被再利用到新的DNA链上。03研究显示,Mrc1通过与组蛋白H3和H4形成的四聚体相互作用,作为亲代组蛋白传递的核心调节者。04通过改变哺乳动物同源物Claspin中的组蛋白结合位点,研究团队观察到了类似于Mrc1突变体的亲代组蛋白传递缺陷。0...
阿里巴巴取得转录因子结合位点的预测方法及装置专利,提升预测的...
获取所述待检测细胞的待检测细胞基因序列和目标组蛋白修饰信息;将待检测细胞基因序列和目标组蛋白修饰信息输入至结合位点预测模型,获得所述结合位点预测模型输出的预测结合位点信息,其中,所述结合位点预测模型用于预测细胞基因序列的转录
人早期胚胎发育的表观遗传调控(染色质组蛋白修饰+DNA甲基化
组蛋白修饰变化普遍存在,发生在不同的发育时期和不同类型的基因组区域之间。组蛋白修饰具有组合作用,大致可分为两类:(1)促进性染色质相关修饰,如启动子上的H3K4me3,增强子和其他基因间区域的H3K4me1,以及活性增强子和启动子上的H3K27ac;(2)抑制性染色质相关修饰,如H3K27me3和H3K9me3。每一种修饰又会招募下游...
左二伟/孙怡迪/魏武团队开发深度学习模型,提高碱基编辑预测准确性
通过系统比较碱基编辑器在外源整合靶位点及基因组内源靶位点的编辑效果差异,研究团队发现碱基编辑效果不仅受靶位点序列影响,而且也受靶位点区域的DNA甲基化、组蛋白修饰等表表观因素的影响,在此基础上开发了可准确预测腺嘌呤单碱基编辑器(ABE)和胞嘧啶单碱基编辑器(CBE)在基因组内源靶位点编辑效果的预测模型——BE_...
死亡预测准确率超88.9%,这家企业携手哈佛团队开发多组学衰老时钟...
表观遗传时钟是一种通过测量DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等表观遗传修饰测算生理年龄的方法,能够帮助研究者们理解生物体的衰老过程、揭示衰老机制,以及预测年龄相关性疾病风险、衡量生物体健康状况,并且测试延缓衰老的干预方式(www.e993.com)2024年10月17日。在HorvathClock推出的第10年,一个新的表观遗传时钟再次出现。
天津医科大石磊/艾玎解析组蛋白乙酰化介导相分离调控DNA损伤修复
首先,为了系统评估DNA损伤过程中组蛋白修饰变化,研究人员利用Label-freeLC-MS分析比较了辐照(Irradiation,IR)处理的HeLa细胞和匹配的未处理对照中组蛋白翻译后修饰变化,并采用景杰生物组蛋白乙酰化位点特异性抗体进行验证。结果显示组蛋白修饰H2AK5ac和H2AK9ac可以快速应答DNA损伤,在辐照处理后以组合形式改变:...
一种新型染色质免疫共沉淀测序技术研发成功—新闻—科学网
该研究开发了一种新型染色质免疫共沉淀测序技术——aChIP技术,可普遍适用于植物经济器官。研究以油菜为例,首次解析了作物种子休眠和萌发过程中组蛋白修饰景观的动态变化及其潜在功能。染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)被认为是鉴定全基因组组蛋白修饰和染色质相关蛋白结合位点的金标准。由于作物经济器官通常具有坚硬...
...| Danesh Moazed/李晴合作揭示真核DNA复制体介导的亲本组蛋白...
LG1位点(Laggingstrandsite1,LG1site):Mcm2组蛋白结合区域可以和FACT安置于Tof1/Swi1/TIMELESS13。LG2位点(Laggingstrandsite2,LG2site):Pol1组蛋白结构结合区域与FACT安置于Ctf4/Mcl1/AND-1。LD1位点(Leadingstrandsite1,LD1site):Dpb3-Dpb4安置于DNA复制酶ε。
NAR|中山大学杨建华/屈良鹄团队发表RMBase v3.0平台:解码RNA修饰...
图2.使用Sno2Psi鉴定由snoRNA引导的Ψ修饰位点。组蛋白修饰与RNA修饰的共定位研究研究团队利用基于多项式回归的“modHistone”流程对14种组蛋白修饰的ChIP-seq数据和12种不同细胞系的表观转录组测序数据进行综合分析。研究人员通过研究组蛋白修饰在RNA修饰位点附近的分布模式,推测了组蛋白修饰和RNA修饰之间的共定位关...