AI概念大热!诺贝尔化学奖授予蛋白质结构预测领域科学家

如今，AlphaFold2已对超过2亿种蛋白质进行了结构预测——几乎是科学界已知的所有蛋白质。这2亿种蛋白质的结构预测数据依然向公众免费开放，使研究人员能够像使用谷歌搜索信息一样搜索蛋白质的结构，为研究人员即时提供他们正在研究的任何蛋白质的预测模型，大大减少了他们曾经需要花在确定蛋白质结构上的时间。中国科学家...

分析蛋白质功能结构域的策略和步骤

1.序列比对使用如BLAST之类的工具,将目标蛋白序列与已知的蛋白数据库进行比对,寻找相似的已知结构或功能的区域。2.域预测使用专门的软件工具,如Pfam、InterPro、SMART等,来预测蛋白序列中可能存在的结构域或功能域。3.三维结构预测如果可行,可以使用如Phyre2、SWISS-MODEL等工具来预测蛋白质的三维结构。这可以...

Nature:蛋白质测序技术突破:PASTOR单分子水平精准解读蛋白质突变...

通过PASTOR技术,研究者绘制出了不同条件下蛋白质的磷酸化图谱,表明该技术能够精准量化并检测蛋白质分子上的多种磷酸化状态。PASTOR技术在读取折叠状态下的蛋白质结构域方面的能力(Credit:Nature)折叠蛋白质的读取示例:图a展示了使用PASTOR技术对折叠蛋白质结构域进行连续读取的实验设计。研究者选用了绿色荧光蛋白(GFP...

AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学

美国国家科学院院士、莱斯大学的PeterG.Wolynes教授(本文的合作者之一)及其同事在20世纪80年代提出的蛋白质能量面理论,为预测蛋白质结构与动力学提供了基本的物理学原理:蛋白质折叠可以被看作是在漏斗状的能量面内下降至能量最低点的过程,而这个最低点对应蛋白质最稳定的天然结构。Wolynes等人还提出了蛋白质折叠...

突破AlphaFold3预测局限,超算安腾让科学家看到动起来的蛋白质

通过AlphaFold的结构预测研究蛋白质与蛋白质(或其它分子)之间的相互作用,进而确认功能单位或者结构域,可以为遗传操作提供目标,为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据,同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。因此,AlphaFold提供的结构预测能力兼具极大的学术和商业价值,受到了全世界研究者的瞩目。

《食品科学》:集美大学朱艳冰教授等:N端非催化结构域对微泡菌ALW1...

微泡菌ALW1的褐藻胶裂解酶AlgL7基因(GenBank收录号OM831233)有1893个碱基对,预测编码630个氨基酸残基的蛋白质,理论等电点(pI)为4.40,理论分子质量为71.5kDa(www.e993.com)2024年11月8日。如图1a所示,系统发育分析显示,AlgL7与来自PL7家族的褐藻胶裂解酶处于同一分支,表明该褐藻胶裂解酶属于PL7家族。如图1b所示,保守结构域分析显示,AlgL...

...Science论文:利用AlphaFold2发现Cas13的祖先,并解析其结构和功能

该研究将基于AlphaFold2的人工智能的蛋白质结构预测与传统结构比对程序结合,开发出了一种自动化结构检索,发现了Cas13的祖先——Cas13an,并进一步解析了Cas13an的结构及其作用机制,还将Cas13的起源追溯到与防御相关的核糖核酸酶(ribonuclease)。近年来,在AlphaFold2等人工智能工具的帮助下,结构数据库迅速发展。这给了...

科学家利用AlphaFold-Multimer首次发现精卵结合的关键三聚体蛋白

这三种蛋白结构上都具有一个免疫球蛋白(Ig)样结构域,通过柔性结构连接到C端跨膜螺旋。Izumo1和Spaca6还具有一个N端的四螺旋束(4HB)。三个蛋白的结构AlphaFold-Multimer预测显示,Izumo1、Spaca6和Tmem81形成三聚体的可信度非常高,且在斑马鱼和小鼠中都成立。这促使研究者进一步验证Tmem81在生育中的作用。

Transformer大杀器进入蛋白质组学,一文梳理LLM如何助力生命科学...

严格的测试证明,这些蛋白质的功能与天然蛋白质一样好,甚至更好。具体来说,ProtGen能够:创建与天然蛋白质的能量效率和结构准确性相匹配的蛋白质生成特定蛋白质结构域的变体,这些变体被证明比随机变体更有效,这表明其在实际应用中具有很高的预测准确性和实用性。

从预测走向现实 AlphaFold 3如何赋能生命健康领域?

2018年，DeepMind推出第一代AlphaFold模型，开始公开其在蛋白质预测领域的工作，首代即达行业“天花板”高度，推进了蛋白质结构预测的前沿；2020年，DeepMind发布AlphaFold2，被认为是蛋白质结构预测领域的里程碑式突破。今年5月，DeepMind再次对该模型实现更新，推出AlphaFold3，直接登上Nature头条，引起业内广泛关注。IQ...