超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用

AlphaFold3能够通过对药物分子(例如与蛋白质结合的配体和抗体)的预测,为药物设计赋能,从而改变人类健康和疾病过程中蛋白质的相互作用方式。AlphaFold3在预测药物相互作用方面达到了前所未有的准确度,包括蛋白质与配体的结合以及抗体与靶蛋白的结合。AlphaFold3在不使用任何结构信息的情况下,比最好的传统方法在PoseBusters...

打破AlphaFold大模型局限,世界最大蛋白质相互作用数据集AlphaSeq...

当这些蛋白质相互作用时,它们会导致细胞粘在一起,促进配对并形成二倍体细胞。AlphaSeq正是利用了这个自然过程。研究人员对酵母细胞进行基因改造,让相关的蛋白质暴露在细胞表面,MATa细胞搭载一组蛋白质,而MATα细胞搭载另一组蛋白质。将改造过的细胞进行混合时,它们配对的可能性就取决于表面蛋白质相互作用的强度。

AI+Science新视野:用物理信息引导AlphaFold 2预测蛋白质动力学

通过提供不同的共进化信息,即使是基于同样的输入序列,我们也可以利用AF2得到不同的预测结构,从而能够准确预测蛋白质的构象变化路径。3.应用案例:预测腺苷酸激酶的变构运动中的亚稳态下面将以腺苷酸激酶(AdK)为例,简要说明上述研究思路和方法,更多具体结果及其它案例请参考论文原文。AdK蛋白在细胞能量代谢中起着...

David Baker 任科学顾问,发布世界最大蛋白质相互作用数据库!

蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分，在调控和维持细胞的生理功能中（如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达）发挥着不可或缺的作用。然而目前PPl数据库中的数据相对较少，最新的结合亲和数据集(PDBbind+)只有3,176个数据。DynoTherapeutics的高级机器...

AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!|蛋白|蛋白质|多肽...

蛋白质-蛋白质相互作用预测:深度学习模型可以预测蛋白质和蛋白质之间的相互作用,从而帮助设计新的蛋白质复合物和抗体。蛋白质功能注释和预测:深度学习可以进行蛋白质功能注释和预测,识别蛋白质的功能域、结构域和功能位点等。这有助于预测蛋白质的功能和相应的生物学作用。

AlphaFold 3不开源,统一生物语言大模型阿里云先开了

单序列任务:GenusTax(属分类)、ncRNAFam(ncRNA家族分类)、ProtLoc(蛋白质亚细胞定位)、ProtStab(蛋白质热稳定性预测)(www.e993.com)2024年11月20日。同源序列对任务:InfA(流感血凝素分析)、PPI(蛋白质相互作用预测)。异源序列对任务:ncRPI(ncRNA-蛋白质相互作用预测)。为简化下游任务,研究人员使用了三种对应不同输入形式的简单网络架构:...

2024CMC-China博览会全日程曝光,贯通生物医药全产业链

AI技术蛋白质相互作用预测及其应用研窄常珊江苏理工学院生物信息与医药工程研究所所长◎10:30-11:00菌种筛选与优化◎11:00-11:30AI在生物合成领域的应用◎11:30-12:00从实验室到商业化中的挑战08/15PM会场二论坛三技术、工具

清华大学药学院学者开发基于蛋白质语言模型的结构与功能预测方法

基于语言模型的蛋白-DNA结合位点预测:DNA与蛋白质相结合是生物学中许多关键生物过程的基础,包括DNA转录、复制、表达等环节。转录因子是一类特殊的DNA结合蛋白质,它们通过与特定的DNA序列(基序)结合,调控基因的转录过程。因此二者的相互作用是维持生物体遗传信息传递的关键一步,现有一些计算方法主要分为从基于序列角度和...

登Nature子刊,拓扑Transformer模型多尺度蛋白质-配体互作预测

虽然这些模型可以仅根据药物和蛋白质的化学组成来预测一些相互作用,但它们也忽略了来自分子形状和三维或3D结构的重要相互作用。20世纪60年代化学家发现的布洛芬就是一个例子。有两种不同的布洛芬分子,它们具有相同的化学序列,但3D结构略有不同。只有一种排列方式可以与疼痛相关蛋白质结合并消除头痛。

AlphaFold 3问世:所有生命分子的结构和相互作用,都被AI预测了

据介绍,AlphaFold3以前所未有的精确度成功预测了所有生命分子(蛋白质、DNA、RNA、配体等)的结构和相互作用。与现有的预测方法相比,AlphaFold3发现蛋白质与其他分子类型的相互作用至少提高了50%,对于一些重要的相互作用类别,预测准确率甚至提高了一倍。