...中国科学院团队Transformer深度学习模型预测糖-蛋白质作用位点
糖在所有生物体的细胞表面普遍存在,它们与多种蛋白质家族如凝集素、抗体、酶和转运蛋白相互作用,调节免疫反应、细胞分化和神经发育等关键生物学过程。理解糖类与蛋白质的相互作用机制是开发糖类药物的基础。然而,糖类结构的多样性和复杂性,尤其是它们与蛋白质结合位点的多变性,给实验数据的获取和药物设计带来了挑战。
AlphaFold3迎来革命性进展!国内大佬手把手教授!|蛋白|蛋白质|多肽...
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
AlphaFold为什么能精准预测蛋白质结构?
在蛋白质结构预测的应用中,输入的氨基酸序列恰恰也是一种序列——氨基酸按顺序排列在一起,互相之间可以发生相互作用,这使得自注意力机制十分适用于这个场合。这也充分显示了Transformer的通用性,只要是可以表示为序列的数据,不管是文字、语音、图像,还是蛋白质序列,都可以使用Transformer来捕捉上下文信息。原始的Transformer...
人工智能如何彻底改变蛋白质科学,AlphaFold是起点,终点会在哪里?
1971年,蛋白质数据库作为蛋白质结构档案馆成立。该数据库免费开放,成为任何需要了解蛋白质结构以探究生物学问题的人的可靠工具。蛋白质数据库开放时,它保存了七种蛋白质的结构。近50年后,当GoogleDeepMind用它来训练AlphaFold2时,它已经存储了超过140,000个数据,每一个都由结构生物学家辛苦地解码。
...中心李栋/刘中扬团队建立升级版中药成分-人体靶标蛋白相互作用...
2016年,国家蛋白质科学中心(北京)联合北京中医药大学共同推出了BATMAN-TCM1.0(SciRep.2016,4:996),一个专为TCM药理研究而设计的中药成分靶蛋白相互作用(TTI)数据库。BATMAN-TCM1.0自推出以来受到了学界的广泛关注,已有超过640次引用和400,000次访问,为TCM研究领域做出了巨大贡献。但数据库有限的TTI网络覆盖...
蛋白质组学鉴定的优势:高效准确的蛋白质识别与分析
常用的数据库包括UniProt、NCBI和SWISS-PROT等(www.e993.com)2024年7月25日。2.3生物信息学工具:生物信息学工具如BLAST、MASCOT和SEQUEST等,可以进一步分析质谱数据,预测蛋白质的结构、功能和相互作用等信息。3.蛋白质组学鉴定的优势与应用3.1大规模蛋白质鉴定:蛋白质组学鉴定技术可以在较短时间内鉴定大量的蛋白质,包括已知和未知的蛋白质。
MIT团队揭晓雷特综合症新机制,相关神经元数据库已开源
其希望能够解释雷氏综合症相关的MECP2基因突变、和RNA聚合酶II蛋白之间的相互作用。同时,也希望为雷氏综合症小分子药物设计提供一定的分子结构基础。如前所述,刘毅开发了MECP2NeuroAtlas网站,后续他希望扩展这一模型,并能加入更多的基因测序数据。同时,其也将把开放数据平台做大做强,推动神经科学...
...综合症新机制,建立全基因组表观遗传学图谱,相关神经元数据库已...
其希望能够解释雷氏综合症相关的MECP2基因突变、和RNA聚合酶II蛋白之间的相互作用。同时,也希望为雷氏综合症小分子药物设计提供一定的分子结构基础。如前所述,刘毅开发了MECP2NeuroAtlas网站,后续他希望扩展这一模型,并能加入更多的基因测序数据。
向量数据库应用场景全面解读:大数据时代的数字化发展新风向
社交媒体分析:向量数据库在社交媒体分析领域支持相似性查询和聚合操作,能够快速识别和提取社交媒体数据中的模式和趋势,包括情感分析、主题建模和社区发现等。生物信息学:在基因序列分析和蛋白质相互作用预测等生物信息学领域,向量数据库有广泛应用。通过将基因序列和蛋白质表示为向量,实现高效的模式识别、聚类和预测。...
AI预测所有生命分子,谷歌AlphaFold 3模型登Nature,免费开放节省上...
免费提供分子预测服务,开放2亿蛋白质结构数据库。智东西5月9日报道,昨日晚间,谷歌推出革命性的模型AlphaFold3,登上国际顶刊《自然》(Nature)杂志。AlphaFold3能够预测所有生命分子的结构和相互作用。在预测蛋白质与其他分子的相互作用上,AlphaFold3相比现有方法至少提高了50%的准确率,针对一部分相互作用类别甚至...