超越蛋白质结构,全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用
这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构。这种用计算机解析蛋白质与其他分子复杂相互作...
Nat Cancer | MD安德森癌症中心粱晗团队绘制蛋白质表达图谱,涵盖...
通过共表达分析并使用RPPA和mRNA数据确定潜在的相互作用对,这些对进一步映射到STRING数据库中注释的物理蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),最终共鉴定了136,832个PPI:59,695个由RPPA和mRNA共同确定,而50,269个仅由RPPA确定,这表明RPPA数据在检测PPI方面更敏感。相比于mRNA,RPPA推断的PPI出现在更多的癌症类型中,这表明基于R...
AI+合成生物学,世界最大蛋白质相互作用数据库!
每个新的AlphaSeq实验的数据都会被添加到一个不断增长的数据库中,该数据库包含数亿个蛋白质-蛋白质相互作用亲和力测量值,包括阴性数据。这些数据用于训练将蛋白质序列与结合亲和力的AI模型AlphaBind,然后使用表达、稳定性、溶解度和其他特性的计算工具筛选和设计药物。从管线布局上看,A-AlphaBio的平台主要开发免...
7.5亿条数据揭秘:AlphaSeq如何打破蛋白质相互作用的难题
这个由A-AlphaBio公司推出的数据库,不仅打破了AlphaFold的局限,还开辟了蛋白质相互作用(PPI)研究的新天地。AlphaFold虽然在蛋白质结构预测上取得了巨大成功,但在PPI预测上却显得力不从心。PPI预测的复杂性,就像是一道难以逾越的高墙。然而,A-AlphaBio公司的AlphaSeq数据库,就像是一位勇敢的攀登者,成功翻越了这座...
...中心李栋/刘中扬团队建立升级版中药成分-人体靶标蛋白相互作用...
2016年,国家蛋白质科学中心(北京)联合北京中医药大学共同推出了BATMAN-TCM1.0(SciRep.2016,4:996),一个专为TCM药理研究而设计的中药成分靶蛋白相互作用(TTI)数据库。BATMAN-TCM1.0自推出以来受到了学界的广泛关注,已有超过640次引用和400,000次访问,为TCM研究领域做出了巨大贡献。但数据库有限的TTI网络覆盖...
仅根据蛋白质序列便可预测相互作用界面,一种基于Transformer的...
为此,该团队基于最先进的ESM-2pLM创建了一个与结构无关的语言Transformer和肽优先级(SaLT&PepPr)模型,首先预测沿输入相互作用伙伴序列的相互作用位点,并通过与PPI数据库集成,实现输入靶蛋白的连续引导肽候选物的分离(www.e993.com)2024年10月17日。作为第一个概念验证,研究人员利用已知的相互作用信息来生成高亲和力、特异性肽引导的...
AlphaFold3来了!全面预测蛋白质与所有生命分子相互作用及结构...
该研究推出了AlphaFold3,这是一个强大的结构预测统一框架,涵盖了前所未有的广度和精确度,能够高准确性预测蛋白质与其他各种生物分子相互作用的结构。这一最新模型能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及...
...中国科学院团队Transformer深度学习模型预测糖-蛋白质作用位点
糖在所有生物体的细胞表面普遍存在,它们与多种蛋白质家族如凝集素、抗体、酶和转运蛋白相互作用,调节免疫反应、细胞分化和神经发育等关键生物学过程。理解糖类与蛋白质的相互作用机制是开发糖类药物的基础。然而,糖类结构的多样性和复杂性,尤其是它们与蛋白质结合位点的多变性,给实验数据的获取和药物设计带来了挑战。
2024 AI+蛋白质行业研究报告|智药研究
在蛋白质相关的人工智能算法领域,国内大部分公司在AI研发方面选择采用开源的算法底层框架,如TensorFlow、PyTorch等。常用的包含蛋白质信息的数据库,比如,蛋白质结构信息PDB数据库、蛋白质序列和注释信息UniProt数据库、蛋白质功能信息GeneOntology数据库、蛋白质-蛋白质相互作用信息STRING数据库等,为产业链的...
...人工智能揭示数百种小分子与数千种人类蛋白结合活性的作用方式
这项大规模研究揭示了数以万计的配体-蛋白的相互作用,如今可以利用这些相互作用开发化学工具和药物。此外,在机器学习和人工智能的驱动下,它还能对小分子与活的人体细胞中的蛋白相互作用进行无偏见的预测。本研究中生成的所有数据和模型都免费提供给科学界。