...Baker任科学顾问,初创公司发布世界最大蛋白质相互作用数据库...
生物技术初创公司A-AlphaBio发布世界上最大的蛋白质相互作用数据库AlphaSeq,包含超7.5亿条测量结果,并且每个月以3M-50M数据点的速度快速扩展,解决数据集匮乏问题。蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-ProteinInteractions,PPI)是细胞生命活动的重要组成部分,在调控和维持细胞的生理功能中(如细胞的信号传导...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项-虎嗅网
蛋白质拥有广泛的生物学功能,包括结构组分(胶原蛋白)、催化功能(酶)、调节作用(激素)、物质运输(血红蛋白)、机械收缩(肌动蛋白)、机体免疫(抗体)等,进而参与几乎所有生命过程,如分子水平的DNA复制和转录、蛋白质翻译、物质与能量代谢等,以及细胞层面的精卵融合、细胞增殖和分化、细胞凋亡和坏死、细胞衰老和细胞通信等...
2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项
1971年,在美国冷泉港实验室举办的一次蛋白质晶体学研讨会上,由布鲁克海文国家实验室汉密尔顿(W.Hamilton)倡导建立蛋白质数据库(ProteinDataBank,PDB),最初只包含7种蛋白质结构信息,是生命科学领域第一个开放获取的数字资源。磁共振波谱和冷冻电镜等新技术的发明和完善,大大加快了蛋白质结构解析的步伐,PDB内信息...
《食品科学》:宁夏大学剧柠教授等:原料乳冷藏过程中差异表达蛋白...
GO数据库是进行基因功能注释的重要数据库。基于Fisher精确检验,在d0vsd3比较组中,共有43种差异蛋白被注释到了94条显著富集的GO功能条目中(P<0.05);d3vsd6比较组中共有40种差异蛋白被注释到,其显著富集的基因功能条目高达215条(P<0.05)。可见,同一个差异蛋白质注释到了多个GO功能中,...
AI+合成生物学,世界最大蛋白质相互作用数据库!
每个新的AlphaSeq实验的数据都会被添加到一个不断增长的数据库中,该数据库包含数亿个蛋白质-蛋白质相互作用亲和力测量值,包括阴性数据。这些数据用于训练将蛋白质序列与结合亲和力的AI模型AlphaBind,然后使用表达、稳定性、溶解度和其他特性的计算工具筛选和设计药物。
AI蛋白质折叠:在生命宇宙中漫游,远眺生物经济的流光
DeepMind宣称,AlphaFold3能预测含有蛋白质数据库(ProteinDataBank)内几乎所有分子类型的复合物的结构,包括配体(小分子)、蛋白质、核酸(DNA和RNA)如何聚集在一起并相互作用,以及预测翻译后修饰和离子对这些分子系统的结构影响,从而帮助我们在原子水平上精确地观察生物分子系统的结构(www.e993.com)2024年10月17日。不过,这一全新版本暂时不开源代码...
蛋白质氨基酸序列测定方法
近年来,串联质谱已经成为蛋白质序列分析的主要手段。通过质谱,可以快速地确定蛋白质切片的质量,从而推测其氨基酸组成。2、DNA序列信息如果已知蛋白质编码的基因的DNA序列,那么可以直接从DNA序列推断蛋白质的氨基酸序列。3、数据库搜索对于已知的蛋白质,可以使用质谱数据或蛋白质片段的序列信息与数据库中的已知蛋白质...
智慧芽生物序列数据库再添利器,“化学修饰检索”功能上线
近日,科技创新与知识产权信息服务商智慧芽旗下生物序列数据库重磅推出“化学修饰序列检索”功能。“化学修饰检索”功能是继2023年智慧芽生物序列数据库推出“通式检索”功能后的全新突破。生物序列数据库以其卓越的功能和深度的数据覆盖,在生物信息学领域再次树立了新的里程碑。
Mol Cell:魏文胜团队实现人类蛋白质组中赖氨酸位点的功能解码
在这些突变位点中,有805个位点突变后会抑制细胞存活,然而对应的基因敲除却未对细胞存活产生影响或促进细胞存活。通过对国际癌症基因组联盟数据库(ICGC)的数据挖掘,研究者鉴定了若干具有临床意义的赖氨酸突变位点,包括已有报道的TP53-K120、BRAF-K601、PTEN-K13等位点,然而大多数赖氨酸位点的功能仍不为人知。
港中文李煜团队开发基于蛋白质语言模型和向量比对的超快速同源...
研究背景蛋白质同源序列检测是计算生物学中几乎所有序列相关研究的基础,也常常是进化分析、生物标志物预测和药物发现的首要步骤。随着下一代测序技术给生物序列数据库带来显著数量增长,传统的蛋白质同源序列搜索方法难以平衡速度和灵敏度,往往难以发现低相似度同源