干货分享 | 抗体从头测序的亮氨酸I和异亮氨酸L区分

随着质谱仪器和信息学的发展,质谱(MS)已经成为从头测序不可或缺的工具,几乎取代了Edman降解,被认为是蛋白质测序的金标准。单抗从头测序现在仅用少量的材料便可快速实现。该过程包括使用各种蛋白酶对单克隆抗体进行蛋白水解消化,通过使用多种蛋白酶以及高质量串联质谱和数据解析软件生成的重叠肽段,可以对未知氨基酸序列进...

他开创了AI蛋白质结构领域,现在要做比诺奖更大的事

功能性的蛋白质推动生物体内的机能与反应——帮助消化吸收的淀粉酶、脂肪酶,控制血糖的胰岛素,运输氧气的血红蛋白,存储铁的铁蛋白,传递信号的神经递质……一些蛋白质的大小对比。蛋白质分子的直径经常也就几纳米或者几十纳米,胰岛素只有51个氨基酸;助消化的胰蛋白酶有281个氨基酸;运氧气的血红蛋白有574个氨基酸;再...

AI蛋白质夺诺奖,清华聂再清:大模型解码生物语言 | 智者访谈

生物模态里面则有蛋白质分子、氨基酸序列、单细胞、活性小分子,等等。这里面的每一种生物数据,我们都会去打造一个编码器,比如我们会有一个蛋白质的编码器,也可以叫做蛋白质语言大模型,也有小分子的大模型,单细胞的大模型……对于这每一个大模型,我们也希望专家能够用自然语言去理解、去沟通,因为专家看到一个蛋白质...

分子之心许锦波再获权威大奖,AI蛋白质技术创新成果井喷

在持续推进AI算法创新的同时,分子之心也公布了多项经湿实验验证的AI从头设计的蛋白质成果,如功能与天然蛋白类似但氨基酸数量更少的蛋白质,或是能与某个特定小分子结合的蛋白质、与某个特定底物结合的酶等。比如,许锦波团队从头设计的绿色荧光蛋白(GFP),仅用110个氨基酸就实现了与238个氨基酸的天然GFP蛋白相似的功能...

基于171种猴痘病毒蛋白质的完整单点突变图谱,探索潜在疫苗及药物...

研究团队用ESCOTT和iGEMME方法计算了171种MPXV蛋白的单点突变图谱,分别获得了171个和169种蛋白质的完整突变图谱;使用PRESCOTT程序计算了171个基因的所有单点氨基酸突变的原始ESCOTT和iGEMME分数,并对其进行排序,进一步获得ESCOTT和iGEMME排序分数。如下示例为其中的一个输出,研究团队展示了病毒核心半胱氨酸蛋白酶(其主要...

人类提取的最古老蛋白质,来自中国甘肃的鸵鸟蛋,距今650万年

一、基于PCR扩增的蛋白质测序，就是拿细胞里表达的DNA或者RNA来做基因测序，之后再依据氨基酸密码子表把它转变成蛋白质的氨基酸序列，这从根本上说属于基因测序技术(www.e993.com)2024年11月20日。二、Edman降解测序呢，就是用化学手段从蛋白质的N端逐个把氨基酸降解掉，然后用高效液相色谱来鉴定氨基酸。这种方法有不少局限性，像是降解速度慢，...

2024化学诺奖接力青睐AI,蛋白质结构预测新工具获一半奖项

“今年获得认可的发现之一是关于构建非凡的蛋白质;另一个则实现了一个50年来的梦想:从氨基酸序列预测蛋白质结构。这两项发现为未来开辟了广阔的可能性,”诺贝尔化学委员会主席HeinerLinke说道。蛋白质通常由20种不同的氨基酸组成,这些氨基酸可以被视为生命的构建模块。2003年,大卫·贝克成功利用这些模块设计出一种与...

AI精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?颜宁等人点评

2020年第14届国际蛋白质结构预测竞赛(CASP14)共有84个常规(Regular)题目,其中有14个题目因为生物实验没给出确定结构等原因被取消或延缓,其他70个题目的单体和复合物蛋白质所含有的氨基酸个数从73到2180不等。19个国家的215个小组参加了CASP14。最终,谷歌旗下DeepMind公司的人工智能系统AlphaFold2在2018年的Alphafol...

诺贝尔化学奖:利用人工智能巧妙的解决了蛋白质难题

结果就是AlphaFold2,这是一种人工智能,可以通过氨基酸序列预测蛋白质的3D结构,准确度非常高。这是一个重大的科学突破。此后,AlphaFold预测了超过2亿种蛋白质的结构——基本上是迄今为止科学家们已经测序的所有蛋白质。这个庞大的蛋白质结构数据库现在可以免费使用,加速了生物学、医学和药物开发的研究。

从计算机跨界生物学,坐了10年冷板凳后,他开创蛋白质预测新范式

2年后，DeepMind推出AlphaFold2，用注意力机制网络取代卷积神经网络处理蛋白质序列，揭示了蛋白质内部氨基酸之间的空间关联，并在第14届CASP上刷新了预测精度的最高记录。或许有人会问，许锦波教授是第一个将卷积神经网络用于蛋白质结构预测的人，为什么没能将传奇延续到注意力机制网络的技术范式中？资源是一个主要门槛...