Cell Press Live:蛋白质结构与功能预测及设计
利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复杂拓扑结构的蛋白质,包括轮烷、纽结蛋白质、套索蛋白质、蛋白质索烃等。在此基础上,我们发展了单结构域蛋白质的拓扑改造方法,实现了一系列单结构域蛋白质拓扑异构体的选择性合成,并初步探讨了拓扑对构效关系的影...
西湖大学李子青/深圳湾实验室周耀旗等解读AI赋能的蛋白质结构与...
我们致力于拓展蛋白质的拓扑结构,以探索拓扑结构的构效关系以及生物医药应用。利用可基因编码的多肽标签-蛋白质化学反应,通过合理的设计及与蛋白质折叠的结合,我们已经合成了多种具有复杂拓扑结构的蛋白质,包括轮烷、纽结蛋白质、套索蛋白质、蛋白质索烃等。在此基础上,我们发展了单结构域蛋白质的拓扑改造方法,实现了一...
蛋白质测序结果图长什么样子
一、一般样式一般来说,蛋白质测序结果的展示图主要包括两部分:氨基酸序列和配对图。氨基酸序列通常以水平线条的形式展示,每一个氨基酸都对应一个特定的标记。标记的具体形式可以是氨基酸的单字母缩写,也可以是数字编号。在氨基酸序列之下,通常会有一张配对图。这张图显示了氨基酸之间的相互作用,包括氢键、离子键、疏水...
揭秘蛋白质一级结构测定:从序列到结构的基本程序
一、氨基酸序列的确定1.基因测序:通过DNA测序技术,确定编码蛋白质的基因序列。2.转录与翻译:将基因转录成mRNA,然后通过翻译作用,将mRNA转化为蛋白质的氨基酸序列。二、蛋白质序列数据库的查询1.公共数据库:如UniProt、NCBI等,其中包含了大量已知的蛋白质序列。2.比对算法:使用比对算法将待测定蛋白质序列...
深圳湾实验室周耀旗:填补AlphaFold 2缺口,开启所有蛋白质结构的高...
针对上述问题,周耀旗教授介绍,“我们发现,采用人工生成的、基于结构稳定性筛选的、并通过高通量测序所获得的同源序列,作为AlphaFold2的输入,可以实现蛋白质结构的高精度预测。”周耀旗教授实验结果表明:??仅一轮带有少量突变的大规模筛选,就足以实现结构的高精度预测。??对于实验的5个蛋白质中的4个,只进行了...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算...
首先,我们从IMG/M的26931个宏基因组数据集中剔除了所有与IMG数据库中超过10万个参考基因组或Pfam匹配的基因,从而确定了新的蛋白质空间(www.e993.com)2024年9月16日。接下来,我们将剩余的序列聚类为蛋白质家族,探索它们在分类学和生物群落中的分布,并在可能的情况下预测它们的三级(三维)结构。
对话复旦复杂体系多尺度研究院院长:蛋白质结构预测为何突破
“蛋白质结构预测不是一个新的领域,学术界已经做了50多年了,一直没有突破性成果,为什么谷歌旗下的DeepMind公司做到了?”10月31日,在世界顶尖科学家生命科学3.0与交叉研究论坛期间,复旦大学复杂体系多尺度研究院院长在接受澎湃新闻(thepaper)记者采访时表示,对这一问题的思考对我们非常有启发意义。
“诺奖风向标”——2023拉斯克奖揭晓,谷歌蛋白质结构预测模型获奖
在Evoformer尽可能多地解密结构部分后,它将它们传递给结构模块,结构模块会将它们组装成一个连贯的三维蛋白质。当结构模块在摆弄这些碎片时,它们继续变形。最初,它给每个氨基酸一个位置和一个方向,创建出一个无意义的、聚集在一起的物体。接着,它一步一步地旋转并移动氨基酸,但在这一步它仍然会忽略哪些是线性相...
专访腾讯AI Lab姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组...
我们的研究工作正是基于这一原理。基因测序技术的发展历程显示,DNA测序是相对容易的部分,而RNA和蛋白质的测序难度逐渐增加,因为它们需要更复杂的扩增和测量技术。从上个世纪70年代开始,人类基因组测序技术已经经历了几代的发展。最初,人类主要关注DNA信息的测序。大约10年前,单细胞技术开始兴起,最...
专访姚建华、杨帆:腾讯 AI Lab 为何瞄准单细胞蛋白质组学
1数据、建模、应用,「三管齐下」雷峰网:首先请两位介绍下,三篇论文的创新点,简要介绍技术实现形式,应用价值,以及对单细胞蛋白质组学这一研究领域的贡献(比如最适合哪些人/机构使用)。杨帆:单细胞测序技术已经取得了飞速发展,尽管单细胞转录组相关的测序技术和计算方法已经相当成熟,但转录水平与蛋白质水平的相关...