Cell|临床级FFPE样本空间全转录组测序技术
2024年9月30日,耶鲁大学樊荣团队的白志亮博士等在Cell杂志上发表了题为SpatiallyexploringRNAbiologyinarchivalformalin-fixedparaffin-embeddedtissues的论文,报道了全球首个临床级FFPE样本空间全转录组测序技术——Patho-DBiT。该平台巧妙地利用FFPE样本中自然发生的RNA片段化,向广泛多样的RNA分子原位添加poly(A...
助力获取高质量时空转录组数据,华大去噪算法登Cell子刊封面
10月16日，北京华大生命科学研究院最新成果以封面文章形式发表于《细胞》子刊《细胞系统》（CellSystems）。该成果介绍了时空转录组去噪算法SpotGF，阐释了这套算法如何识别并过滤噪声基因，有效降低时空组数据中的噪声，并避免新的假阳性信号。CellSystems官网截图。据悉，在理想情况下，基因表达应在其原位被捕获。但...
Nature Methods 前沿:空间转移张量方法解析细胞状态转变
空间转录组学(SpatialTranscriptomics)和信使RNA剪接(MessengerRNASplicing)为细胞状态转变编码了丰富的时空信息,然而,如何从这些复杂的数据中重建细胞的转变路径,特别是考虑到细胞在空间上的分布和多稳态特性,仍然是一个亟需解决的问题。
王红阳/陈磊团队绘制肝细胞癌单细胞空间原位蛋白图谱,揭示肝细胞...
尽管空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的综合分析有助于理解多样化细胞类型之间的空间关系,但由于ST方法分辨率低、缺乏蛋白质分布信息以及样本量有限,仍难以破译负责TIME重塑的直接细胞间相互作用以及跨肿瘤样本的空间特征。2024年9月26日,王红阳/陈磊团队在NatureCancer期刊发表了题为:SpatialSingle...
Nature Genetics:赵方庆团队开发高通量三维空间转录组新技术
论文共同第一作者、中国科学院动物研究所博士后朱俊杰表示,常规基于测序的空间转录组技术为获取空间位置信息,要么依赖复杂昂贵的解码过程,要么通过精密液体工作站进行定位,而且通常采用“单点,单标记”的策略,即每个捕获点通常需要独立的条形码,如需处理多个样品或者增大捕获面积,其时间和成本也会成比例提升。DBiT-seq和...
Nature Genetics | 高通量空间转录组技术推动器官发生研究:MAGIC...
01NatureGenetics报道了一种名为MAGIC-seq的创新微流体技术辅助的网格芯片用于空间转录组测序,显著提升了条形码的标记效率(www.e993.com)2024年11月18日。02MAGIC-seq在降低成本的同时,实现了对多种组织类型的敏感、稳定且可重复的检测,具有高分辨率和通量优势。03该技术能够分析包括后生小鼠脑切片在内的复杂组织,达到接近单细胞分辨率的转录组解析...
系统学习单细胞多组学、空间转录组和机器学习单细胞分析应用线上...
2,从生信零基础开始到单细胞基础和高阶课程,最后到空间转录组和单细胞机器学习应用逐步提高,3,系统学学习,一次学到位,包教包会,4,连续一个月紧凑学习,精细化讲解将单细胞内容全部学懂、学会、学透彻、学以致用,5,了解单细胞测序基本概念及原理、测序分析的常用软件、测序数据的下载方法和研究思路、学会用...
Nat Methods | 基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较
单细胞转录组测序(scRNA-seq)在剖析细胞异质性方面发挥了重要作用,目前已被作为研究关键生物医学难题的重要手段。但scRNA-seq在获取组织结构、细胞相互作用和功能状态所必需的空间背景方面仍存在不足。为了解决这一挑战,空间转录组技术(Spatialtranscriptomics,sST)应运而生,现在已经成为一种关键的补充方法,其可以在...
「快讯」2024第五届单细胞技术应用研讨会暨空间组学前沿研讨会在...
接下来，分享的嘉宾是贝瑞基因高级产品经理伍露露女士，伍经理在单细胞测序领域深耕多年，拥有丰富的单细胞/空间/多组学等产品的产品开发、推广及优化经验，熟知单细胞转录组及空间转录组的应用场景，目前负责贝瑞基因单细胞、空间方向全产品的推广及应用，致力于给广大科研工作者提供最优的解决方案。她报告的主题是“从...
【CSCB2024】分会场回顾之重大疾病单细胞转录组与空间转录组分会场
肝脏是哺乳动物中再生能力最强的器官,但目前缺乏在脂肪肝等病理条件下肝脏再生的功能研究。魏绪勇医师团队对脂肪肝小鼠模型进行肝切除并刺激再生后,进行了单细胞转录组和空间转录组测序,描绘了脂肪肝部分切除后肝脏再生细胞亚群的时空表达图谱。最后,来自中国科学院动物研究所的冯桂海研究员同样就肝脏再生的调控机制研究...